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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3v9w | ||||||
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タイトル | Crystal structure of RNase T in complex with a preferred ssDNA (TTA) with two Mg in the active site | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / DEDD nucleases family / exo-nucleases / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / tRNA 3'-end processing / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / 3'-5' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / DNA damage response ...rRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / tRNA 3'-end processing / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / 3'-5' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / DNA damage response / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.702 Å | ||||||
データ登録者 | Hsiao, Y.-Y. / Yuan, H.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012 タイトル: How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes 著者: Hsiao, Y.-Y. / Duh, Y. / Chen, Y.P. / Wang, Y.T. / Yuan, H.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3v9w.cif.gz | 199 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3v9w.ent.gz | 153.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3v9w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3v9w_validation.pdf.gz | 474.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3v9w_full_validation.pdf.gz | 485.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3v9w_validation.xml.gz | 41 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3v9w_validation.cif.gz | 60.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/3v9w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/3v9w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25646.973 Da / 分子数: 4 / 変異: E92G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL 参照: UniProt: P30014, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ #2: DNA鎖 | 分子量: 1495.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic construct #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-CO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.69 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 6%(v/v) Tacsimate, 0.1M MES monohydrate, 25%(w/v) Polyethylene glycol 4000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.9999 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月30日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 80910 / Num. obs: 80910 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.0054 / Net I/σ(I): 23.91 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.03 / Num. unique all: 8190 / Rsym value: 0.352 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3NGY 解像度: 1.702→26.394 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8523 / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.74 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.891 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 70.03 Å2 / Biso mean: 25.2441 Å2 / Biso min: 6.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.702→26.394 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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