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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3v9b | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the catalytic domain of PDE4D2 with (S)-N-(3-{1-[1-(3-Cyclopropylmethoxy-4-difluoromethoxyphenyl)-2-(1-oxypyridin-4-yl)-ethyl]-1H-pyrazl-3-yl}phenyl)acetamide | ||||||
要素 | cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / hydrolase (加水分解酵素) / 3' / 5'-Cyclic-AMP Phosphodiesterases / Cyclic nucleotide / phosphodiesterases (ホスホジエステラーゼ) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / regulation of cardiac muscle cell contraction / establishment of endothelial barrier / negative regulation of cAMP-mediated signaling / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / regulation of cardiac muscle cell contraction / establishment of endothelial barrier / negative regulation of cAMP-mediated signaling / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / positive regulation of heart rate / heterocyclic compound binding / adrenergic receptor signaling pathway / voltage-gated calcium channel complex / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / cAMP catabolic process / calcium channel regulator activity / cAMP-mediated signaling / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / DARPP-32 events / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cAMP binding / cellular response to cAMP / cellular response to epinephrine stimulus / calcium channel complex / positive regulation of interleukin-2 production / regulation of heart rate / positive regulation of type II interferon production / ATPase binding / T cell receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events / scaffold protein binding / transmembrane transporter binding / apical plasma membrane / 中心体 / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / シグナル伝達 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, H.T. / Chang, H.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Stereoselective synthesis of novel pyrazole derivatives using tert-butansulfonamide as a chiral auxiliary 著者: Park, C.M. / Jeon, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3v9b.cif.gz | 281.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3v9b.ent.gz | 226.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3v9b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/3v9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/3v9b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3sl8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41394.773 Da / 分子数: 4 / 断片: catalytic domain, UNP residues 381-740 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase #2: 化合物 | ChemComp-IHM / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.64 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 3350, 25%(v/v) ethylene glycol, 10%(v/v) isopropanol, 100mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月5日 |
放射 | モノクロメーター: double mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 288261 / Num. obs: 97786 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 14.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 14.58 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / Num. unique all: 8984 / Rsym value: 0.408 / % possible all: 87.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3SL8 解像度: 2.1→35.41 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 239640.86 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.546 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→35.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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