+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3v4t | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | E. cloacae C115D MURA liganded with UNAG | ||||||
要素 | UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / MURA / CLOSE ENZYME STATE / CELL WALL (細胞壁) / BIOGENESIS/DEGRADATION / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS (ペプチドグリカン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / 細胞周期 / 細胞分裂 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacter cloacae (エンテロバクター・クロアカ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, J.-Y. / Yang, Y. / Schonbrunn, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Functional Consequence of Covalent Reaction of Phosphoenolpyruvate with UDP-N-acetylglucosamine 1-Carboxyvinyltransferase (MurA). 著者: Zhu, J.Y. / Yang, Y. / Han, H. / Betzi, S. / Olesen, S.H. / Marsilio, F. / Schonbrunn, E. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 999 | IAS67 FORMS AN ISOPEPTIDIC BOND AND IS A RESULT OF POSTTRANSLATIONAL MODIFICATION OF ASN67 |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3v4t.cif.gz | 637.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3v4t.ent.gz | 527.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3v4t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/3v4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/3v4t | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44841.352 Da / 分子数: 8 / 変異: C115D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (エンテロバクター・クロアカ) 株: ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCDC 279-56 / 遺伝子: ECL_04571, murA, murZ / プラスミド: PET9D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P33038, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-UD1 / #3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.06 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / pH: 7.5 詳細: 20 MG/ML MURA C115D, 2.5 MM UNAG, 25 MM HEPES PH 7.5, 50 MM BIS-TRIS PH 5.5, 100 MM AMMONIUM ACETATE, 12.5 % PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 110457 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 37.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 19.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.305 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3SU9 解像度: 2.5→19.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 3644161.9 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.99 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.4 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.77 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
|