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- PDB-3v3k: Human caspase 9 in complex with bacterial effector protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v3k
タイトルHuman caspase 9 in complex with bacterial effector protein
要素
  • Caspase-9カスパーゼ-9
  • Putative uncharacterized protein ECs1815
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Caspase 9 (カスパーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


カスパーゼ-9 / caspase complex / peptidase inhibitor activity / Formation of apoptosome / アポトソーム / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / leukocyte apoptotic process / glial cell apoptotic process / response to cobalt ion / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway ...カスパーゼ-9 / caspase complex / peptidase inhibitor activity / Formation of apoptosome / アポトソーム / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / leukocyte apoptotic process / glial cell apoptotic process / response to cobalt ion / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / Regulation of the apoptosome activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / fibroblast apoptotic process / AKT phosphorylates targets in the cytosol / epithelial cell apoptotic process / platelet formation / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / protein maturation / enzyme activator activity / signal transduction in response to DNA damage / cellular response to dexamethasone stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway / kidney development / response to ischemia / NOD1/2 Signaling Pathway / protein processing / SH3 domain binding / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to UV / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / response to estradiol / peptidase activity / neuron apoptotic process / host cell cytoplasm / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / positive regulation of apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / DNA damage response / protein kinase binding / protein-containing complex / ミトコンドリア / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ferritin - #90 / Effector protein NleF / NleF superfamily / NleF caspase inhibitor / CASP9, CARD domain / Caspase recruitment domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Rossmann fold - #1460 ...Ferritin - #90 / Effector protein NleF / NleF superfamily / NleF caspase inhibitor / CASP9, CARD domain / Caspase recruitment domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / フェリチン / Death-like domain superfamily / Up-down Bundle / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
カスパーゼ-9 / Effector protein NleF
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 3.494 Å
データ登録者Moertl, M. / Maskos, K. / Steuber, H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Human caspase 9 in complex with bacterial effector protein
著者: Moertl, M. / Maskos, K. / Steuber, H.
履歴
登録2011年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.22024年2月28日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-9
B: Putative uncharacterized protein ECs1815
C: Caspase-9
D: Putative uncharacterized protein ECs1815
E: Caspase-9
F: Putative uncharacterized protein ECs1815
G: Caspase-9
H: Putative uncharacterized protein ECs1815
I: Caspase-9
J: Putative uncharacterized protein ECs1815
K: Caspase-9
L: Putative uncharacterized protein ECs1815
M: Caspase-9
N: Putative uncharacterized protein ECs1815
O: Caspase-9
P: Putative uncharacterized protein ECs1815


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)394,26216
ポリマ－394,26216
非ポリマー00
水0
1
A: Caspase-9
B: Putative uncharacterized protein ECs1815


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2832
ポリマ－49,2832
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Caspase-9
D: Putative uncharacterized protein ECs1815


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2832
ポリマ－49,2832
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Caspase-9
F: Putative uncharacterized protein ECs1815


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2832
ポリマ－49,2832
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Caspase-9
H: Putative uncharacterized protein ECs1815


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2832
ポリマ－49,2832
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: Caspase-9
J: Putative uncharacterized protein ECs1815


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2832
ポリマ－49,2832
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: Caspase-9
L: Putative uncharacterized protein ECs1815


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2832
ポリマ－49,2832
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
M: Caspase-9
N: Putative uncharacterized protein ECs1815


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2832
ポリマ－49,2832
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
O: Caspase-9
P: Putative uncharacterized protein ECs1815


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2832
ポリマ－49,2832
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.703, 209.906, 317.231
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21E
31I
41M
12C
22G
32K
42O
13B
23F
33J
43N
14D
24H
34L
44P

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115A151 - 156
2115E151 - 156
3115I151 - 156
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1215A162 - 174
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3215I162 - 174
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1315A176 - 189
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3315I176 - 189
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4415M192 - 208
1515A211 - 216
2515E211 - 216
3515I211 - 216
4515M211 - 216
1615A217 - 219
2615E217 - 219
3615I217 - 219
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1715A220 - 239
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3715I220 - 239
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41115M347 - 395
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2625G217 - 219
3625K217 - 219
4625O217 - 219
1725C220 - 239
2725G220 - 239
3725K220 - 239
4725O220 - 239
1825C242 - 258
2825G242 - 258
3825K242 - 258
4825O242 - 258
1925C260 - 294
2925G260 - 294
3925K260 - 294
4925O260 - 294
11025C321 - 343
21025G321 - 343
31025K321 - 343
41025O321 - 343
11125C347 - 395
21125G347 - 395
31125K347 - 395
41125O347 - 395
1135B1 - 30
2135F1 - 30
3135J1 - 30
4135N1 - 30
1235B32 - 40
2235F32 - 40
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2335F42 - 56
3335J42 - 56
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1535B99 - 127
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1635B135 - 164
2635F135 - 164
3635J135 - 164
4635N135 - 164
1735B173 - 184
2735F173 - 184
3735J173 - 184
4735N173 - 184
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1245D32 - 40
2245H32 - 40
3245L32 - 40
4245P32 - 40
1345D42 - 56
2345H42 - 56
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4345P42 - 56
1445D58 - 98
2445H58 - 98
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1545D99 - 127
2545H99 - 127
3545L99 - 127
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1645D135 - 164
2645H135 - 164
3645L135 - 164
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1745D173 - 184
2745H173 - 184
3745L173 - 184
4745P173 - 184

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質
Caspase-9 / カスパーゼ-9 / CASP-9 / Apoptotic protease Mch-6 / Apoptotic protease-activating factor 3 / APAF-3 / ICE-like ...CASP-9 / Apoptotic protease Mch-6 / Apoptotic protease-activating factor 3 / APAF-3 / ICE-like apoptotic protease 6 / ICE-LAP6 / Caspase-9 subunit p35 / Caspase-9 subunit p10


分子量: 30416.570 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP Residues 141-416 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP9, MCH6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55211, カスパーゼ-9
#2: タンパク質
Putative uncharacterized protein ECs1815


分子量: 18866.186 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP Residues 25-189 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: ECs1815, Z6020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8XAL7
配列の詳細THE Q221R MUTATION IS A NATURAL VARIANT OF THE PROTEIN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0015 / 波長: 1.0015 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年12月15日
放射モノクロメーター: Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0015 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.49→174.08 Å / Num. all: 86121 / Num. obs: 86121 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 3.49→3.77 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: その他 / 解像度: 3.494→174.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 28.541 / SU ML: 0.426 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.498 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25949 1689 2 %RANDOM
Rwork0.23923 ---
all0.248 84730 --
obs0.23963 83041 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.695 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.83 Å20 Å20 Å2
2---2.09 Å20 Å2
3----1.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.494→174.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25428 0 0 0 25428
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02124986
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0217195
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9321.95533831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.931341374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.19553213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.99723.7971056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.477154017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.03215137
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.23822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02128201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025180
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.745216073
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.05926563
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.402325685
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.02948913
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.84868146
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1163MEDIUM POSITIONAL0.080.5
12E1163MEDIUM POSITIONAL0.10.5
13I1163MEDIUM POSITIONAL0.090.5
14M1163MEDIUM POSITIONAL0.080.5
11A1388LOOSE POSITIONAL0.35
12E1388LOOSE POSITIONAL0.315
13I1388LOOSE POSITIONAL0.35
14M1388LOOSE POSITIONAL0.235
11A1163MEDIUM THERMAL0.092
12E1163MEDIUM THERMAL0.082
13I1163MEDIUM THERMAL0.092
14M1163MEDIUM THERMAL0.082
11A1388LOOSE THERMAL0.0910
12E1388LOOSE THERMAL0.0810
13I1388LOOSE THERMAL0.0910
14M1388LOOSE THERMAL0.0710
21C1163MEDIUM POSITIONAL0.090.5
22G1163MEDIUM POSITIONAL0.10.5
23K1163MEDIUM POSITIONAL0.090.5
24O1163MEDIUM POSITIONAL0.10.5
21C1395LOOSE POSITIONAL0.35
22G1395LOOSE POSITIONAL0.365
23K1395LOOSE POSITIONAL0.35
24O1395LOOSE POSITIONAL0.255
21C1163MEDIUM THERMAL0.092
22G1163MEDIUM THERMAL0.082
23K1163MEDIUM THERMAL0.082
24O1163MEDIUM THERMAL0.092
21C1395LOOSE THERMAL0.0910
22G1395LOOSE THERMAL0.0710
23K1395LOOSE THERMAL0.0710
24O1395LOOSE THERMAL0.0910
31B841MEDIUM POSITIONAL0.080.5
32F841MEDIUM POSITIONAL0.090.5
33J841MEDIUM POSITIONAL0.10.5
34N841MEDIUM POSITIONAL0.080.5
31B965LOOSE POSITIONAL0.115
32F965LOOSE POSITIONAL0.145
33J965LOOSE POSITIONAL0.145
34N965LOOSE POSITIONAL0.125
31B841MEDIUM THERMAL0.062
32F841MEDIUM THERMAL0.072
33J841MEDIUM THERMAL0.062
34N841MEDIUM THERMAL0.082
31B965LOOSE THERMAL0.0710
32F965LOOSE THERMAL0.0710
33J965LOOSE THERMAL0.0610
34N965LOOSE THERMAL0.0910
41D836MEDIUM POSITIONAL0.080.5
42H836MEDIUM POSITIONAL0.10.5
43L836MEDIUM POSITIONAL0.080.5
44P836MEDIUM POSITIONAL0.080.5
41D905LOOSE POSITIONAL0.125
42H905LOOSE POSITIONAL0.145
43L905LOOSE POSITIONAL0.135
44P905LOOSE POSITIONAL0.135
41D836MEDIUM THERMAL0.062
42H836MEDIUM THERMAL0.12
43L836MEDIUM THERMAL0.082
44P836MEDIUM THERMAL0.072
41D905LOOSE THERMAL0.0610
42H905LOOSE THERMAL0.110
43L905LOOSE THERMAL0.0710
44P905LOOSE THERMAL0.0710
LS精密化 シェル解像度: 3.494→3.585 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 148 -
Rwork0.323 5933 -
obs--96.62 %

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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