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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3v1m | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the S112A/H265Q mutant of a C-C hydrolase, BphD from Burkholderia xenovorans LB400, after exposure to its substrate HOPDA | ||||||
要素 | 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / C-C bond hydrolase / Alpha/beta hydrolase fold / BPHD / ALPHA/BETA HYDROLASE / PCB DEGRADATION / META CLEAVAGE PRODUCT HYDROLASE / MCP HYDROLASE / 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYL-HEXA-2 / 4-DIENOATE HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-hydroxy-6-oxonona-2,4-dienedioate hydrolase activity / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase activity / : 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Burkholderia xenovorans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å | ||||||
データ登録者 | Ghosh, S. / Bolin, J.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012 タイトル: Identification of an Acyl-Enzyme Intermediate in a meta-Cleavage Product Hydrolase Reveals the Versatility of the Catalytic Triad. 著者: Ruzzini, A.C. / Ghosh, S. / Horsman, G.P. / Foster, L.J. / Bolin, J.T. / Eltis, L.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3v1m.cif.gz | 74 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3v1m.ent.gz | 54.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3v1m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/3v1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/3v1m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32042.633 Da / 分子数: 1 / 変異: S112A,H265Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (バクテリア) 株: LB400 / 遺伝子: bphD, Bxeno_C1120, Bxe_C1186 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a 参照: UniProt: P47229, 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MLI / |
#3: 化合物 | ChemComp-HPK / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | WATER 379 MAY BE A CATION SUCH AS NA+ BUT THIS WAS NOT TESTED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.24 % |
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結晶化 | 温度: 298 K 手法: vapor diffusing, シッティングドロップ法, microseeding pH: 7 詳細: 2.4 M Sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSING, SITTING DROP, MICROSEEDING, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月6日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.92→82.79 Å / Num. obs: 23211 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 10.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 32.11 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.92→82.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.227 / WRfactor Rwork: 0.1803 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8357 / SU B: 3.516 / SU ML: 0.103 / SU R Cruickshank DPI: 0.1593 / SU Rfree: 0.1475 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 57.01 Å2 / Biso mean: 24.7694 Å2 / Biso min: 14.03 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.92→82.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.922→1.972 Å / Total num. of bins used: 20
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