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万見
- PDB-3uza: Thermostabilised Adenosine A2A receptor in complex with 6-(2,6-Di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uza
タイトルThermostabilised Adenosine A2A receptor in complex with 6-(2,6-Dimethylpyridin-4-yl)-5-phenyl-1,2,4-triazin-3-amine
要素Adenosine receptor A2aAdenosine A2A receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / 7TM / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / G-PROTEIN (Gタンパク質) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / 知覚 / positive regulation of urine volume ...positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / 知覚 / positive regulation of urine volume / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / synaptic transmission, dopaminergic / synaptic transmission, cholinergic / inhibitory postsynaptic potential / negative regulation of vascular permeability / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / positive regulation of glutamate secretion / 循環器 / 中間径フィラメント / response to caffeine / eating behavior / presynaptic active zone / alpha-actinin binding / 脱分極 / regulation of calcium ion transport / asymmetric synapse / axolemma / response to inorganic substance / cellular defense response / prepulse inhibition / 食作用 / positive regulation of apoptotic signaling pathway / response to amphetamine / excitatory postsynaptic potential / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / locomotory behavior / regulation of mitochondrial membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / central nervous system development / positive regulation of long-term synaptic potentiation / astrocyte activation / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein secretion / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / 凝固・線溶系 / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / postsynaptic membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / calmodulin binding / response to xenobiotic stimulus / 炎症 / negative regulation of cell population proliferation / 樹状突起 / neuronal cell body / glutamatergic synapse / lipid binding / apoptotic process / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / アデノシン受容体 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) ...Adenosine A2A receptor / アデノシン受容体 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-T4G / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.273 Å
データ登録者Congreve, M. / Andrews, S.P. / Dore, A.S. / Hollenstein, K. / Hurrell, E. / Langmead, C.J. / Mason, J.S. / Ng, I.W. / Tehan, B. / Zhukov, A. ...Congreve, M. / Andrews, S.P. / Dore, A.S. / Hollenstein, K. / Hurrell, E. / Langmead, C.J. / Mason, J.S. / Ng, I.W. / Tehan, B. / Zhukov, A. / Weir, M. / Marshall, F.H.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Discovery of 1,2,4-Triazine Derivatives as Adenosine A(2A) Antagonists using Structure Based Drug Design
著者: Congreve, M. / Andrews, S.P. / Dore, A.S. / Hollenstein, K. / Hurrell, E. / Langmead, C.J. / Mason, J.S. / Ng, I.W. / Tehan, B. / Zhukov, A. / Weir, M. / Marshall, F.H.
履歴
登録2011年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine receptor A2a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7562
ポリマ－36,4791
非ポリマー2771
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.814, 111.896, 125.841
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Adenosine receptor A2a / Adenosine A2A receptor


分子量: 36479.102 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-317 / 変異: A54L T88A R107A K122A L202A L235A V239A S277A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADORA2A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29274
#2: 化合物 ChemComp-T4G / 6-(2,6-dimethylpyridin-4-yl)-5-phenyl-1,2,4-triazin-3-amine / 6-(2,6-ジメチル-4-ピリジル)-5-フェニル-1,2,4-トリアジン-3-アミン


分子量: 277.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.395047 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.201309 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 32-42% PEG1000, 0.25M MGCL2, 0.3% NG, 0.1%(W/V) 1-BUTANOL, 0.05% CYMAL-6, 0.1M TRIS-HCL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9777 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年5月12日
放射モノクロメーター: ACCEL FIXED EXIT DOUBLE CRYSTAL SI (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9777 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.273→49.4 Å / Num. all: 11568 / Num. obs: 11568 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 94.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 3.273→3.46 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 1566 / % possible all: 88.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.4_84)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PWH

3pwh


解像度: 3.273→19.773 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.46 / σ(F): 0.51 / 位相誤差: 42.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3347 548 4.81 %RANDOM
Rwork0.2932 ---
obs0.2952 11401 91.57 %-
all-11401 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.161 Å2 / ksol: 0.22 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 298.15 Å2 / Biso mean: 154.8989 Å2 / Biso min: 67.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--72.3092 Å2-0 Å20 Å2
2--7.0546 Å2-0 Å2
3---45.6694 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.273→19.773 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2250 0 21 0 2271
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022333
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4663180
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031377
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002390
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.809789
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2726-3.60020.4261180.3952599271788
3.6002-4.1170.39341580.33162703286194
4.117-5.17160.29661360.26072736287293
5.1716-19.77380.30741360.26382815295192
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.573-0.4859-1.29810.69370.73333.38591.5321-0.4203-1.14290.99760.2253-0.08870.577-0.186200.7974-0.0532-0.19111.05420.08912.253429.860119.878741.9416
20.02860.02310.02680.02250.03210.04380.40981.6802-0.2703-1.7773-0.02950.71180.72851.241501.02640.06090.0491.4670.36442.703611.691821.22829.8354
30.57880.2259-0.69520.7159-0.09230.90070.00761.18040.88420.3159-0.6586-1.0298-0.05110.1067-00.84030.061-0.3570.91010.42262.366933.554617.756433.5287
40.1244-0.08540.00670.4084-0.21170.1322-0.0765-0.15890.3099-1.22460.1678-0.4967-0.88821.05360.00010.71630.3037-0.07331.09930.18593.322951.88957.670331.7134
50.29770.18650.03560.43110.59911.00821.42280.9274-0.4301-1.5677-0.1297-0.11541.3687-0.1525-01.00130.3537-0.21940.84430.48231.099232.824321.618223.9034
60.1467-0.1602-0.19240.18250.21120.2377-0.25072.0818-0.5415-2.182-0.15030.26940.59720.989901.0868-0.0266-0.19591.90580.45453.531912.854727.173114.2424
70.12480.1442-0.10950.65090.47130.81490.48542.2377-0.3539-1.70630.0087-0.75880.52350.6693-01.20260.039-0.24141.4771-0.12812.140332.888114.60519.5265
80.01510.04740.01750.26130.17710.151-2.56380.1327-0.4075-1.5054-0.03110.49752.55040.7844-0.00021.3244-0.24370.15191.35390.13643.643456.542713.955721.6676
90.4984-0.178-0.2810.69210.85971.07691.42551.7188-0.1189-0.88740.4692-0.87771.19282.178200.96510.0355-0.22681.4727-0.17993.104655.80413.4629.5073
100.77460.83540.44270.90380.24861.8450.0479-0.69060.75350.0033-0.20910.41720.2613-0.219700.89170.2854-0.16351.31730.19181.680630.386434.614117.7844
110.041-0.0084-0.06770.00340.01670.11-0.73671.31590.4136-0.611.4132-0.2355-0.71381.069801.1082-0.0152-0.44061.60250.52013.47132.223745.738218.7634
120.4526-0.02720.92061.8293-1.14232.38941.53040.97971.9018-1.1397-0.4916-0.46690.1125-0.48650.00010.84410.0149-0.04330.6548-0.1771.784331.488333.980626.7093
130.35720.20180.0750.41960.47690.64871.53422.2205-0.4853-0.0984-1.70011.2596-1.0689-0.45210.00110.93640.113-0.18161.1418-0.03472.773758.320132.621430.1614
140.3439-0.06560.24720.14610.59521.68670.0402-0.5240.24770.1374-0.1282-0.2133-0.3508-0.62760.59791.0619-0.13170.19120.1901-1.2089-0.629234.46829.229737.1336
150.15630.21010.0870.39440.11070.04080.3952-0.89740.22060.0266-0.12581.8021-1.7608-3.0972-01.11350.032-0.0761.8098-0.16462.067413.531725.89142.3899
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 7:33A7 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 34:40A34 - 40
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 41:68A41 - 68
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resid 69:76A69 - 76
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resid 77:104A77 - 104
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and resid 105:118A105 - 118
7X-RAY DIFFRACTION7chain A and resid 119:141A119 - 141
8X-RAY DIFFRACTION8chain A and resid 142:149A142 - 149
9X-RAY DIFFRACTION9chain A and resid 158:175A158 - 175
10X-RAY DIFFRACTION10chain A and resid 176:211A176 - 211
11X-RAY DIFFRACTION11chain A and resid 212:220A212 - 220
12X-RAY DIFFRACTION12chain A and resid 221:258A221 - 258
13X-RAY DIFFRACTION13chain A and resid 259:267A259 - 267
14X-RAY DIFFRACTION14chain A and resid 268:292A268 - 292
15X-RAY DIFFRACTION15chain A and resid 293:305A293 - 305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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