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- PDB-3uyw: Crystal structures of globular head of 2009 pandemic H1N1 hemaggl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uyw
タイトルCrystal structures of globular head of 2009 pandemic H1N1 hemagglutinin
要素Hemagglutininヘマグルチニン
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Influenza virus (オルトミクソウイルス科) / subunit vaccine / hemagglutinin (HA)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
タウリン / ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.903 Å
データ登録者Xuan, C.L. / Shi, Y. / Qi, J.X. / Xiao, H.X. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2011
タイトル: Structural vaccinology: structure-based design of influenza A virus hemagglutinin subtype-specific subunit vaccines
著者: Xuan, C.L. / Shi, Y. / Qi, J.X. / Zhang, W. / Xiao, H.X. / Gao, G.F.
履歴
登録2011年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7996
ポリマ－96,5484
非ポリマー2502
水14,790821
1
A: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2622
ポリマ－24,1371
非ポリマー1251
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hemagglutinin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1371
ポリマ－24,1371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2622
ポリマ－24,1371
非ポリマー1251
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Hemagglutinin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1371
ポリマ－24,1371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.670, 65.916, 79.485
Angle α, β, γ (deg.)94.46, 89.97, 94.88
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Hemagglutinin / ヘマグルチニン


分子量: 24137.064 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 65-278 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: swl A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: HA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: C3W5S1
#2: 化合物 ChemComp-TAU / 2-AMINOETHANESULFONIC ACID / タウリン / タウリン


分子量: 125.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7NO3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 821 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG 6000, 5% MPD, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月26日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 59386 / Num. obs: 59386 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3AL4

3al4


解像度: 1.903→35.134 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.8704 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 20.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1983 2943 5.06 %Random
Rwork0.1842 ---
all0.1849 58137 --
obs0.1849 58137 95.04 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.099 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 187.55 Å2 / Biso mean: 27.8911 Å2 / Biso min: 7.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.0046 Å21.7181 Å2-0.9276 Å2
2---5.0213 Å22.175 Å2
3----0.9833 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.903→35.134 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6811 0 14 821 7646
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0167052
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3029567
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3952516
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.126990
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071230
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9032-1.93440.21841210.2007233382
1.9344-1.96780.22321330.2021243091
1.9678-2.00360.2381330.2078255891
2.0036-2.04210.27281240.2069255792
2.0421-2.08380.22731430.1914251593
2.0838-2.12910.23251450.1933262794
2.1291-2.17860.19971380.192257894
2.1786-2.23310.211410.191261595
2.2331-2.29340.21741460.2265995
2.2934-2.36090.18511200.201267096
2.3609-2.43710.22351410.202266996
2.4371-2.52420.24041390.2021268697
2.5242-2.62520.21331450.2027265697
2.6252-2.74460.23351330.2102273597
2.7446-2.88930.22471460.1982262397
2.8893-3.07020.19181490.1933272198
3.0702-3.30710.17811440.1758273798
3.3071-3.63960.17511580.1588268398
3.6396-4.16550.15691330.1483274598
4.1655-5.24530.151630.142269398
5.2453-35.13960.18341480.1867270498
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.5222 Å / Origin y: -17.6252 Å / Origin z: 32.2131 Å
111213212223313233
T0.0605 Å20.0034 Å20.0076 Å2-0.0953 Å2-0.0026 Å2--0.0959 Å2
L0.0146 °20.0146 °20.031 °2-0.139 °2-0.068 °2--0.2313 °2
S-0.0155 Å °0.0025 Å °0.0129 Å °-0.0035 Å °-0.0005 Å °-0.0174 Å °-0.0033 Å °-0.0102 Å °0.0129 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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