+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ulj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of apo Lin28B cold shock domain | ||||||
要素 | Lin28b, DNA-binding protein | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / beta barrel (Βバレル) / cold shock domain fold / nucleic acid binding (核酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Xenopus tropicalis | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.06 Å | ||||||
データ登録者 | Mayr, F. / Schuetz, A. / Doege, N. / Heinemann, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012 タイトル: The Lin28 cold-shock domain remodels pre-let-7 microRNA. 著者: Mayr, F. / Schutz, A. / Doge, N. / Heinemann, U. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ulj.cif.gz | 100.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3ulj.ent.gz | 78 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ulj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/3ulj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/3ulj | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9942.231 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 27-114 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus (Silurana) tropicalis (ネッタイツメガエル) 遺伝子: lin28b / プラスミド: pQLinkH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: B4F6I0 #2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.29 % |
---|---|
結晶化 | 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 詳細: 2.5 M sodium acetate, 0.1 M HEPES , pH 7.0, EVAPORATION |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.98141 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98141 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.06→32.3 Å / Num. all: 100674 / Num. obs: 100170 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.06→1.087 Å / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.61 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 312Z 解像度: 1.06→32.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.12 / SU B: 0.56 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 66.98 Å2 / Biso mean: 15.9469 Å2 / Biso min: 3.86 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.06→32.3 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.06→1.087 Å / Total num. of bins used: 20
|