PDB-3ukq: Crystal structure of R327K UDP-galactopyranose mutase from Asperg...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ukq

タイトル

Crystal structure of R327K UDP-galactopyranose mutase from Aspergillus fumigatus in complex with UDPgalp

要素

UDP-galactopyranose mutase

UDP-ガラクトピラノースムターゼ

キーワード

ISOMERASE (異性化酵素) /

FLAVOENZYME (フラボタンパク質) / FAD

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-ガラクトピラノースムターゼ /

UDP-galactopyranose mutase activity /

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus fumigatus (アスペルギルス・フミガーツス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Van Straaten, K.E. / Sanders, D.A.R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Insight into the Unique Substrate Binding Mechanism and Flavin Redox State of UDP-galactopyranose Mutase from Aspergillus fumigatus.
著者: van Straaten, K.E. / Routier, F.H. / Sanders, D.A.

履歴

登録	2011年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月7日	Group: Database references
改定 1.2	2012年7月18日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ukq.cif.gz	408.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ukq.ent.gz	335.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ukq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/3ukq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/3ukq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ukaC 3ukfC 3ukhC 3ukkC 3uklC 3ukpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ukl-2 3ukf-2 3ukl-1 3ukh-2 3ukp-2 4u8p-d 3utf-d 3ukf-1 3ukp-1 3ukh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-galactopyranose mutase

B: UDP-galactopyranose mutase

C: UDP-galactopyranose mutase

D: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

233 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-galactopyranose mutase

C: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

B: UDP-galactopyranose mutase

D: UDP-galactopyranose mutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
233 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.540, 135.480, 176.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'A' and (resseq 2:511 ) and (not element H) and (not element D)
2	1	1	chain 'B' and (resseq 2:511 ) and (not element H) and (not element D)
3	1	1	chain 'C' and (resseq 2:511 ) and (not element H) and (not element D)
4	1	1	chain 'D' and (resseq 2:511 ) and (not element H) and (not element D)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.999912, 0.011208, 0.007157), (-0.010576, 0.99649, -0.083044), (-0.008062, 0.082961, 0.99652)	-1.60081, -62.312698, -26.935699
2	given	(-0.934719, 0.060723, -0.350162), (-0.036387, -0.996469, -0.075669), (-0.353521, -0.057988, 0.933628)	134.656998, 111.362, 28.551901
3	given	(-0.940522, 0.036682, -0.337747), (-0.025687, -0.998986, -0.036968), (-0.338761, -0.026093, 0.940511)	139.143005, 178.255005, 10.4004

#1: タンパク質	UDP-galactopyranose mutase / UDP-ガラクトピラノースムターゼ分子量: 56913.293 Da / 分子数: 4 / 変異: R327K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (アスペルギルス・フミガーツス) 株: CBS 144-89 / 遺伝子: glf, glfA / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) GOLD 参照: UniProt: Q4W1X2, UDP-ガラクトピラノースムターゼ
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-GDU / GALACTOSE-URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-D-GALACTOPYRANOSE / UDP-ガラクト-ス分子量: 566.302 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₁₇P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.77 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Bis-Tris-Propane pH 7.5-8.5, 0.1-0.2M sodium citrate, 15-20% PEG 3350, microbatch, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月3日 / 詳細: collimating mirror

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.86→44.4 Å / Num. obs: 71880 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.198 / R_sym value: 0.198 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.86-2.93	0.02	1.15	1	98.8
2.93-3.01	0.02	1.31	1	98.3
3.01-3.1	0.02	2.1	1	98.4
3.1-3.2	0.02	2.5	1	99.6
3.2-3.3	0.02	3.43	1	99.7
3.3-3.42	0.02	4.15	1	99.7
3.42-3.55	0.02	5.33	1	99.9
3.55-3.69	0.02	6.94	1	99.8
3.69-3.86	0.02	8.17	1	99.6
3.86-4.04	0.02	9.19	1	99.8
4.04-4.26	0.02	11	1	99.8
4.26-4.52	0.02	13.55	1	99.9
4.52-4.83	0.02	13.99	1	99.7
4.83-5.22	0.02	14.23	1	99.9
5.22-5.72	0.02	13.65	1	99.9
5.72-6.4	0.02	13.36	1	100
6.4-7.38	0.02	15.2	1	100
7.38-9.04	0.02	21.19	1	100
9.04-12.79	0.02	27.72	1	99.9
12.79-44.4	0.02	25.67	1	97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MxDC		データ収集
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: reduced AfUGM:UDPgalp structure

最高解像度: 3.15 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.4 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2482	2705	5 %
R_work	0.2116	-	-
obs	0.2135	54080	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.493 Å² / k_sol: 0.355 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-24.5503 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	38.359 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-14.0976 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 最高解像度: 3.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16008	0	356	69	16433

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	16788
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.738	22880
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.583	6464
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	2480
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2916

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	4002	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	4002	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.239
1	3	C	4002	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.283
1	4	D	4002	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.287

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1501-3.2627	0.3074	267	0.2854	5070	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2627-3.3933	0.3219	265	0.2654	5056	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3933-3.5476	0.3157	267	0.2407	5064	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5476-3.7346	0.2504	267	0.2238	5094	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7346-3.9685	0.2548	269	0.2036	5095	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9685-4.2748	0.2416	269	0.1947	5108	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2748-4.7046	0.2172	270	0.1844	5120	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7046-5.3846	0.2065	272	0.1814	5166	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3846-6.7812	0.2499	275	0.2071	5221	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7812-48.6986	0.2285	284	0.2069	5381	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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