PDB-3ug7: Crystal Structure of Get3 from Methanocaldococcus jannaschii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ug7

タイトル

Crystal Structure of Get3 from Methanocaldococcus jannaschii

要素

arsenical pump-driving ATPase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / tail-anchored /

membrane protein (膜タンパク質) / targeting factor / ATP-binding / GET3 / TRC40 /

ATPase (ATPアーゼ) / ARSA / nucleotide-binding /

protein targeting /

protein transport

機能・相同性

機能・相同性情報

arsenite-transporting ATPase / ATPase-coupled arsenite transmembrane transporter activity /

ATP hydrolysis activity /

ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.901 Å

データ登録者

Suloway, C.J.M. / Rome, M.E. / Clemons Jr., W.M.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: Tail-anchor targeting by a Get3 tetramer: the structure of an archaeal homologue.
著者: Suloway, C.J. / Rome, M.E. / Clemons, W.M.

履歴

登録	2011年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2012年2月15日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ug7.cif.gz	506.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ug7.ent.gz	425.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ug7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/3ug7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/3ug7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ug6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ug6-d 5yg2-d 5xms-d 4k24-d 5xmv-d 5gvm-d 5yg0-d 5izk-d 5yg4-d 5gvp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: arsenical pump-driving ATPase

B: arsenical pump-driving ATPase

C: arsenical pump-driving ATPase

D: arsenical pump-driving ATPase

ヘテロ分子

162 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: arsenical pump-driving ATPase

D: arsenical pump-driving ATPase

ヘテロ分子

A: arsenical pump-driving ATPase

D: arsenical pump-driving ATPase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
162 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: arsenical pump-driving ATPase

C: arsenical pump-driving ATPase

ヘテロ分子

B: arsenical pump-driving ATPase

C: arsenical pump-driving ATPase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
162 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.947, 149.636, 72.888
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.24, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-404- ZN
2	1	C-404- ZN
3	1	D-404- ZN

#1: タンパク質	arsenical pump-driving ATPase / ATPase Get3 / Arsenical resistance ATPase / Arsenite-translocating ATPase / Arsenite-transporting ATPase 分子量: 39977.574 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: MJ1142 / プラスミド: pET33b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58542, EC: 3.6.3.16
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10% PEG3350, 0.2 M sodium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.736→149.636 Å / Num. all: 40502 / Num. obs: 24806

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
Blu-Ice		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.901→43.282 Å / SU ML: 0.99 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 33.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	1254	5.06 %
R_work	0.2693	-	-
obs	0.2706	24795	72.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 23.653 Å² / k_sol: 0.308 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.7418 Å²	0 Å²	-1.423 Å²
2-	-	6.5896 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.8478 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.901→43.282 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9794	0	116	0	9910

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	10097
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.086	13519
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.208	3973
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	1506
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1699

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.901-3.0169	0.4649	11	0.4191	282	X-RAY DIFFRACTION	8
3.0169-3.1542	0.449	47	0.4049	788	X-RAY DIFFRACTION	22
3.1542-3.3204	0.3759	92	0.3693	1923	X-RAY DIFFRACTION	53
3.3204-3.5284	0.3904	189	0.3381	3321	X-RAY DIFFRACTION	93
3.5284-3.8007	0.3228	156	0.3032	3460	X-RAY DIFFRACTION	95
3.8007-4.1829	0.3119	164	0.2738	3401	X-RAY DIFFRACTION	95
4.1829-4.7875	0.2913	194	0.2396	3474	X-RAY DIFFRACTION	97
4.7875-6.0291	0.2995	188	0.2588	3456	X-RAY DIFFRACTION	96
6.0291-43.2872	0.2123	213	0.2194	3436	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2164	3.578	0.3014	4.3335	1.8859	7.4577	0.1974	1.3428	-0.7185	-0.2636	0.1666	-1.3087	0.8709	1.0829	-0.1431	0.6051	0.2604	0.1906	0.5615	0.1272	1.1626	-17.7562	20.118	-21.5573
2	4.8695	0.8696	0.2036	6.3858	-0.5552	2.1592	-0.5622	-1.2942	-0.1153	1.9179	-0.4102	-2.3082	0.2277	0.6535	0.4879	-0.0895	0.636	1.1898	0.5396	-0.1287	-0.7064	-18.847	21.843	-3.1024
3	2.1971	3.0016	2.0234	2.0088	7.5885	6.9505	0.6236	0.122	-0.7149	1.2332	-0.2475	-0.369	1.4779	0.0216	-0.2632	1.1447	0.0137	-0.3645	0.2303	-0.2569	1.0001	-20.4668	43.833	10.2176
4	1.5651	-0.9597	-1.7395	3.8854	0.8627	2.8365	0.0187	-0.0275	0.5303	0.0323	-0.0423	-0.2397	0.2338	0.1806	0.0252	0.1415	-0.0677	-0.0334	0.2397	0.0218	0.334	-29.0312	44.8708	-5.4265
5	2.0067	2.6025	0.732	9.8694	0.5174	2.0026	-0.0258	0.6084	1.0907	0.516	-0.0401	-0.6863	-0.8557	1.5597	0.101	0.6287	0.0068	-0.1026	0.8668	0.013	1.0511	-33.2119	79.1341	-8.4833
6	5.1416	2.0323	-0.8771	2.4253	-1.5195	3.567	-0.5523	-0.0867	0.8254	-0.8383	-0.5691	-0.4359	-0.6159	0.4987	0.6854	0.5324	0.0399	-0.0989	0.4996	0.1993	-0.0206	-26.6164	40.1404	-15.7065
7	2.1778	-1.6719	-0.9598	8.6335	-1.8117	2.7882	-0.3426	0.6988	-1.1841	-0.7875	0.2975	1.2281	0.9968	-0.847	0.2717	0.9663	-0.0984	0.2762	0.6512	-0.3619	0.9136	-38.1264	10.4064	-12.7511
8	1.005	-0.1403	0.0361	1.4488	-0.0554	1.294	-0.3468	-0.581	-1.1601	0.8067	-0.2784	-0.3758	0.6361	0.739	0.2602	1.2156	0.3013	0.7576	-0.1552	-0.0147	1.3109	-22.7891	7.3055	-5.979
9	0.9168	0.2979	-1.2758	0.2567	-0.1926	2.0969	-0.2239	-0.1019	-0.3513	-0.0986	0.1389	1.3464	0.8707	-1.4022	-0.0076	0.3621	-0.0816	0.3961	0.8759	-0.1104	1.4475	-26.1132	61.6027	-34.4772
10	1.5896	-0.5666	-0.6823	5.0066	-0.7662	6.715	-0.4948	-0.5994	0.0538	1.0581	-0.6642	1.1049	-0.3243	-0.1351	0.8361	0.4824	0.1505	-0.0611	0.7735	-0.3557	0.8539	-11.2829	68.3329	-26.1191
11	3.0414	1.6105	2.2915	4.0165	-2.2173	5.4205	-0.161	-0.7169	0.4242	0.4639	-0.2671	0.5783	-0.57	0.2003	0.408	1.4499	0.3134	0.4354	0.829	-0.1391	0.8054	-0.5931	45.6619	-17.9378
12	2.4596	-1.0544	0.8401	2.7306	-0.4289	0.9141	-0.2334	-0.4759	-0.5524	0.533	0.3248	0.5579	0.3789	-0.4506	-0.1074	0.5867	-0.0449	0.0841	0.431	0.0948	0.471	-6.0796	45.2386	-35.1475
13	2.6069	1.0329	-0.5558	7.7094	-0.8949	2.0022	1.1511	-0.8002	0.1702	0.2489	-0.0523	0.2669	0.4586	-1.3628	-1.1419	0.517	0.0089	-0.0489	0.8225	0.093	1.2045	-5.6516	11.03	-40.3452
14	4.5586	0.0492	-0.3808	3.234	1.8991	4.0949	-0.6276	-0.3831	-1.0836	0.8024	-0.6316	1.5774	1.085	-0.7712	0.5491	0.0211	-0.0178	-0.1728	0.5449	0.2246	0.8653	-15.1904	50.0665	-40.4312
15	3.2339	-0.5067	-3.4736	2.2646	0.7195	4.6012	0.4112	0.7824	1.4457	-0.8306	0.3165	-0.1841	-0.6794	0.2363	-1.119	0.9042	0.0934	-0.4807	0.6169	0.1154	1.0857	-5.0072	79.7859	-46.7079
16	2.4897	0.4062	0.5135	1.4081	-1.4577	1.8603	0.0185	-1.1333	1.0707	0.0933	-0.3008	0.1118	-0.8788	-0.2136	0.2797	0.9592	0.1909	0.1131	0.4082	-0.2269	1.2158	-10.6516	82.8861	-30.9461
17	6.0064	-1.4528	1.1254	0.5387	-0.0723	2.61	0.6664	1.0189	-0.2418	-0.6718	-0.3056	1.7406	0.3747	-0.322	-0.3024	1.039	-0.2203	-0.1812	0.5467	-0.0666	1.9307	-14.1577	-14.1445	-41.3793
18	0.9852	1.4106	-0.2665	3.5183	-0.8146	1.4521	-0.0599	0.2065	0.0663	0.3775	-0.1517	-0.0095	-0.2907	-0.0853	0.2617	1.9538	-0.1105	-0.1089	1.2122	0.1278	1.5789	-6.4392	8.1301	-53.1067
19	1.6696	0.2933	0.7076	2.8477	0.3561	3.1528	-0.0911	-0.1065	-0.531	0.4335	0.0992	0.9774	0.2926	-0.6468	0.0364	0.5576	-0.0129	0.3075	0.3963	0.0816	0.7725	-5.9499	8.6904	-34.8068
20	8.2704	2.5775	-1.1765	6.388	-3.8971	7.742	-0.538	0.884	-0.3152	-0.0773	0.8565	1.1932	0.6826	-1.0821	-0.3237	0.8906	0.0132	0.3147	0.7095	0.1413	0.6619	-3.8727	42.729	-30.1175
21	2.6973	-1.1193	0.6981	2.9161	0.2458	3.9866	0.0758	0.1168	-0.5354	-0.0973	-0.4801	1.0417	-0.1609	-1.2854	0.0964	0.7698	-0.1603	0.7644	0.4489	0.1878	1.1015	-12.9534	3.908	-26.9252
22	1.2558	3.0681	-0.2804	7.7727	-1.0113	0.7963	0.102	-0.0104	-1.5839	1.4887	0.2562	0.4556	1.4401	0.0716	0.4113	1.1461	-0.057	0.2235	0.7972	0.0221	1.322	-1.4697	-25.8212	-24.0929
23	1.2811	0.818	0.2852	1.7661	-0.2084	0.8944	0.7068	0.4816	-0.5039	-0.3431	0.1635	0.5008	0.1969	-0.1361	-0.8238	1.6107	-0.2666	-0.2811	0.4862	0.1815	2.2077	-11.8116	-28.893	-37.2885
24	3.7163	0.7415	-0.8269	0.7163	0.9726	5.1648	-0.3257	1.3096	0.559	-1.5166	-0.4333	-0.6674	-1.309	-0.4476	0.4279	1.637	0.1829	0.2789	0.8991	0.377	1.224	-27.7297	104.107	-15.4981
25	2.9624	-0.0186	0.6016	9.8784	-1.0948	9.4592	0.5406	0.7568	-0.007	0.4038	0.3824	0.3255	-0.7224	-0.2309	-0.8607	0.611	-0.1301	-0.2295	0.8269	0.2035	1.0036	-41.4256	81.4886	-18.1246
26	1.529	-0.6111	0.4765	2.2947	0.1596	1.553	0.1525	0.3679	0.5311	-0.2631	-0.2661	-0.4159	-0.5222	0.2215	0.1204	0.8078	-0.0559	0.0534	0.3734	0.0923	0.9644	-28.7685	81.2337	-5.0206
27	2.0109	2.2563	-3.367	8.3724	4.1392	5.3706	-0.1404	1.0138	0.29	-0.3435	0.2697	-0.0241	0.3843	-0.4539	-0.1839	0.6352	-0.1098	-0.2366	0.5086	0.1522	0.383	-26.8189	47.2152	0.0293
28	3.1291	-0.9367	-0.0163	2.9351	1.8984	5.3666	0.4061	0.6584	0.548	-0.5787	-0.627	-1.1519	-0.1714	0.6059	0.1424	0.5138	-0.1087	0.2258	0.3904	0.3031	1.2162	-18.1869	86.0545	-4.5241
29	0.1981	0.4538	-0.4725	5.4978	-1.3454	1.4189	0.6224	-0.4532	1.1971	0.4208	-0.1517	-1.1945	-1.2594	0.0664	-0.4034	1.1399	-0.2738	0.0478	0.7057	-0.0359	1.5297	-24.2887	115.8062	5.6096
30	1.4407	-0.9912	0.3938	1.8247	0.3146	0.3943	0.4344	0.6383	0.1856	-0.4455	-0.3524	0.0232	-0.5242	-0.0148	-0.072	2.2617	-0.3221	0.0678	0.5847	0.5395	1.7138	-26.4958	118.8719	-11.0019

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 10:27)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 28:94)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 95:111)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 112:192)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 193:202)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 210:244)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 245:308)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 309:333)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 22:27)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 28:94)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 95:111)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 112:192)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 193:202)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 210:244)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 245:308)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 309:333)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain C and resid 26:94)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain C and resid 95:111)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain C and resid 112:192)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain C and resid 193:202)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain C and resid 210:244)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain C and resid 245:308)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain C and resid 309:333)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain D and resid 26:94)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain D and resid 95:111)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain D and resid 112:192)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain D and resid 193:202)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain D and resid 210:244)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain D and resid 245:308)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain D and resid 309:333)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)