[日本語] English
万見
- PDB-3u0s: Crystal Structure of an Enzyme Redesigned Through Multiplayer Onl... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u0s
タイトルCrystal Structure of an Enzyme Redesigned Through Multiplayer Online Gaming: CE6
要素Diisopropyl-fluorophosphataseジイソプロピルフルオロホスファターゼ
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / HYDROLASE (加水分解酵素) / protein engineering (タンパク質工学) / computer-aided design / computationally-directed design / multiplayer online gaming / crowdsourcing / Foldit (Foldit) / Diels-Alder (ディールス・アルダー反応) / enzyme design / active site redesign / substrate specificity / beta-propeller (Βプロペラドメイン) / helix-loop-helix (塩基性ヘリックスループヘリックス) / loop remodel
機能・相同性
機能・相同性情報


ジイソプロピルフルオロホスファターゼ / diisopropyl-fluorophosphatase activity / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / TolB, C-terminal domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / ノイラミニダーゼ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ジイソプロピルフルオロホスファターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Loligo vulgaris (イカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bale, J.B. / Shen, B.W. / Stoddard, B.L.
引用
ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2012
タイトル: Increased Diels-Alderase activity through backbone remodeling guided by Foldit players.
著者: Eiben, C.B. / Siegel, J.B. / Bale, J.B. / Cooper, S. / Khatib, F. / Shen, B.W. / Players, F. / Stoddard, B.L. / Popovic, Z. / Baker, D.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Computational design of an enzyme catalyst for a stereoselective bimolecular Diels-Alder reaction.
著者: Siegel, J.B. / Zanghellini, A. / Lovick, H.M. / Kiss, G. / Lambert, A.R. / St Clair, J.L. / Gallaher, J.L. / Hilvert, D. / Gelb, M.H. / Stoddard, B.L. / Houk, K.N. / Michael, F.E. / Baker, D.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of diisopropylfluorophosphatase from Loligo vulgaris.
著者: Scharff, E.I. / Koepke, J. / Fritzsch, G. / Lucke, C. / Ruterjans, H.
履歴
登録2011年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月22日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Diisopropyl-fluorophosphatase
B: Diisopropyl-fluorophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,53618
ポリマ－74,8852
非ポリマー1,65216
水4,324240
1
A: Diisopropyl-fluorophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2458
ポリマ－37,4421
非ポリマー8037
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Diisopropyl-fluorophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,29110
ポリマ－37,4421
非ポリマー8499
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.002, 87.002, 163.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Diisopropyl-fluorophosphatase / ジイソプロピルフルオロホスファターゼ / DFPase


分子量: 37442.449 Da / 分子数: 2
変異: E21T, I72S, A74I, N120A, D121Y, Y144F, R146I, M148L, Q149R, F173C, N175A, T195Q, E225K, D229A, S271A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Loligo vulgaris (イカ) / 遺伝子: DFPASE / プラスミド: pET29b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7SIG4, ジイソプロピルフルオロホスファターゼ

-
非ポリマー , 5種, 256分子

#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細RESIDUES 36-44 (AMINO ACIDS PEVEVNGKP) OF THE WILD-TYPE REFERENCE PROTEIN Q7SIG4 WERE REPLACED WITH ...RESIDUES 36-44 (AMINO ACIDS PEVEVNGKP) OF THE WILD-TYPE REFERENCE PROTEIN Q7SIG4 WERE REPLACED WITH A COMPLETELY NEW 22 RESIDUE DESIGNED SEQUENCE (AMINO ACIDS SPLSEALTKANSPAEAYKASRG)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES pH 7.5, 2% v/v PEG-400, 2.0M (NH4)2SO4; 25mM HEPES pH 7.25, 100mM NaCl, 5% glycerol (mother liquor); A solution was prepared of CE6 (15mg/ml) in protein buffer with a 1:10,000 ...詳細: 100mM HEPES pH 7.5, 2% v/v PEG-400, 2.0M (NH4)2SO4; 25mM HEPES pH 7.25, 100mM NaCl, 5% glycerol (mother liquor); A solution was prepared of CE6 (15mg/ml) in protein buffer with a 1:10,000 molar ratio of Bovine Pancreatic Trypsin (Sigma T1426) added about 25 minutes prior to setting drops (protein buffer), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日
放射モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 37384 / Num. obs: 37384 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.016 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.6-2.699.90.41637020.9811100
2.69-2.810.30.30337561.0581100
2.8-2.9310.70.23337081.0691100
2.93-3.0811.30.15837371.0591100
3.08-3.2812.20.11737101.0831100
3.28-3.5314.30.08537461.0331100
3.53-3.8814.90.07637190.9991100
3.88-4.4514.80.06837511.0231100
4.45-5.614.90.05137550.9561100
5.6-50150.04238000.9391100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 38.17 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.6 Å14.94 Å
Translation2.6 Å14.94 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→46.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.198 / WRfactor Rwork: 0.1705 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.19 / FOM work R set: 0.8737 / SU B: 14.251 / SU ML: 0.139 / SU R Cruickshank DPI: 0.2962 / SU Rfree: 0.2083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19805 1870 5 %RANDOM
Rwork0.17051 ---
all0.17194 37337 --
obs0.17194 37337 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 147.09 Å2 / Biso mean: 44.9428 Å2 / Biso min: 26.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3----0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5090 0 98 240 5428
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225513
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3481.9677476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5465698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.16624.72250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.15215943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0131527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2766
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5481.53360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10525436
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.86632153
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.224.52032
LS精密化 シェル解像度: 2.598→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 135 -
Rwork0.264 2622 -
all-2757 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.32340.26910.3470.7004-0.11861.1848-0.0118-0.07190.1333-0.07950.0026-0.01520.1012-0.02430.00920.09770.0367-0.02580.0166-0.03660.07432.1854-16.96055.2634
21.2556-0.2874-0.42920.6728-0.13741.2450.00140.0765-0.14050.0819-0.0041-0.0186-0.107-0.02540.00270.091-0.03540.02660.0172-0.03690.083545.6758-26.537814.4281
30.9009-0.08910.35980.0983-0.01880.0613-0.0271-0.02940.0332-0.0318-0.0031-0.0082-0.04-0.01410.03020.1716-0.00170.0140.1111-0.02670.10224.8708-20.918610.8831
47.14220.34960.5994-2.8154-0.42480.21350.44650.5037-1.11120.128-0.46750.0685-0.2058-0.06560.0210.7478-0.10660.01390.76520.02430.495136.1651-20.31059.4631
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 327
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 327
3X-RAY DIFFRACTION3A345 - 462
4X-RAY DIFFRACTION3B347 - 468
5X-RAY DIFFRACTION4A338 - 344
6X-RAY DIFFRACTION4B338 - 346

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る