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- PDB-3u02: Crystal Structure of the tRNA modifier TiaS from Pyrococcus furio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u02
タイトルCrystal Structure of the tRNA modifier TiaS from Pyrococcus furiosus, Northeast Structural Genomics Consortium Target PfR225
要素Putative transcription-associated protein TFIIS
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNAIle2-agmatinylcytidine synthase / tRNA wobble cytosine modification / ligase activity, forming carbon-nitrogen bonds / nucleic acid binding / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2200 / Glycinamide Ribonucleotide Synthetase; Chain A, domain 4 - #20 / Domain of unknown function DUF1743 / tRNA(Ile2) 2-agmatinylcytidine synthetase TiaS / Domain of unknown function (DUF1743) / Glycinamide Ribonucleotide Synthetase; Chain A, domain 4 / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Alpha-Beta Plaits / Nucleic acid-binding, OB-fold ...Alpha-Beta Plaits - #2200 / Glycinamide Ribonucleotide Synthetase; Chain A, domain 4 - #20 / Domain of unknown function DUF1743 / tRNA(Ile2) 2-agmatinylcytidine synthetase TiaS / Domain of unknown function (DUF1743) / Glycinamide Ribonucleotide Synthetase; Chain A, domain 4 / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Alpha-Beta Plaits / Nucleic acid-binding, OB-fold / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸 / クエン酸 / tRNA(Ile2) 2-agmatinylcytidine synthetase TiaS
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.399 Å
データ登録者Kuzin, A. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Kuzin, A. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the tRNA modifier TiaS from Pyrococcus furiosus, Northeast Structural Genomics Consortium Target PfR225
著者: Kuzin, A. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2011年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative transcription-associated protein TFIIS
B: Putative transcription-associated protein TFIIS
C: Putative transcription-associated protein TFIIS
D: Putative transcription-associated protein TFIIS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,58123
ポリマ－117,4044
非ポリマー2,17719
水4,864270
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18350 Å2
ΔGint-301 kcal/mol
Surface area37740 Å2
手法PISA
2
A: Putative transcription-associated protein TFIIS
B: Putative transcription-associated protein TFIIS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,14614
ポリマ－58,7022
非ポリマー1,44412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6610 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area22880 Å2
手法PISA
3
C: Putative transcription-associated protein TFIIS
D: Putative transcription-associated protein TFIIS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4359
ポリマ－58,7022
非ポリマー7327
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area21580 Å2
手法PISA
4
A: Putative transcription-associated protein TFIIS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1237
ポリマ－29,3511
非ポリマー7726
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
B: Putative transcription-associated protein TFIIS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0247
ポリマ－29,3511
非ポリマー6726
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
C: Putative transcription-associated protein TFIIS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6034
ポリマ－29,3511
非ポリマー2523
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
D: Putative transcription-associated protein TFIIS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8315
ポリマ－29,3511
非ポリマー4804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.147, 135.805, 77.269
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細monomer,32.5 kD,82.8%

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Putative transcription-associated protein TFIIS


分子量: 29351.061 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 1-252 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF1855 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) + magic / 参照: UniProt: Q8TZX0

-
非ポリマー , 5種, 289分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸 / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: Ammonium Sulfate 0.8M, Citric Acid 0.1M, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月2日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.399→50 Å / Num. obs: 96855 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.399→43.898 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.68 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2417 2474 5.06 %
Rwork0.1793 --
obs0.1824 48926 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.702 Å2 / ksol: 0.379 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.3608 Å2-0 Å21.7456 Å2
2---3.8898 Å20 Å2
3----0.4709 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.399→43.898 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7632 0 125 270 8027
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087928
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09410725
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1053002
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711178
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051338
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3992-2.44540.3011200.23532495X-RAY DIFFRACTION96
2.4454-2.49530.2671250.20742558X-RAY DIFFRACTION99
2.4953-2.54950.27961400.19112599X-RAY DIFFRACTION100
2.5495-2.60880.28391550.20942523X-RAY DIFFRACTION99
2.6088-2.67410.26411450.18472570X-RAY DIFFRACTION100
2.6741-2.74640.26881370.17632599X-RAY DIFFRACTION100
2.7464-2.82720.29151480.18642554X-RAY DIFFRACTION100
2.8272-2.91840.23661230.18452594X-RAY DIFFRACTION100
2.9184-3.02270.28921370.18212558X-RAY DIFFRACTION100
3.0227-3.14370.30031410.19582582X-RAY DIFFRACTION100
3.1437-3.28670.2941460.19612573X-RAY DIFFRACTION100
3.2867-3.45990.26771490.17142597X-RAY DIFFRACTION100
3.4599-3.67660.21891620.16322578X-RAY DIFFRACTION100
3.6766-3.96030.1981260.15552585X-RAY DIFFRACTION100
3.9603-4.35850.19211220.15052628X-RAY DIFFRACTION100
4.3585-4.98850.19271210.14072613X-RAY DIFFRACTION100
4.9885-6.2820.22281420.19592606X-RAY DIFFRACTION100
6.282-43.90540.2411350.21612640X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.1483 Å / Origin y: 16.6304 Å / Origin z: -3.235 Å
111213212223313233
T0.1117 Å20.016 Å2-0.0003 Å2-0.0293 Å2-0.0026 Å2--0.091 Å2
L0.8135 °2-0.1067 °2-0.0279 °2-1.3205 °2-0.0684 °2--0.5888 °2
S0.0925 Å °0.0219 Å °0.0164 Å °-0.0925 Å °-0.1108 Å °-0.0007 Å °0.0012 Å °0.0198 Å °0.0011 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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