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- PDB-3tzr: Structure of a Riboswitch-like RNA-ligand complex from the Hepati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tzr
タイトルStructure of a Riboswitch-like RNA-ligand complex from the Hepatitis C Virus Internal Ribosome Entry Site
要素
  • 5'-R(*CP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*CP*C)-3'
  • 5'-R(*GP*GP*UP*CP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*UP*CP*GP*G)-3'
キーワードRNA (リボ核酸) / internal loop / regulatory motif / aminobenzimidazole binding
機能・相同性Chem-SS0 / リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.212 Å
データ登録者Dibrov, S.M. / Ding, K. / Brunn, N. / Parker, M.A. / Bergdahl, B.M. / Wyles, D.L. / Hermann, T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a Riboswitch in the Hepatitis C Virus Internal Ribosome Entry Site
著者: Hermann, T. / Dibrov, S. / Ding, K. / Brunn, N. / Parker, M. / Bergdahl, M. / Wyles, D.
履歴
登録2011年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*CP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*CP*C)-3'
B: 5'-R(*GP*GP*UP*CP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*UP*CP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,23012
ポリマ－11,4652
非ポリマー76510
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area6260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.054, 33.582, 81.046
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 5'-R(*CP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*CP*C)-3'


分子量: 6319.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: HCV IRES subdomain IIa chain A / 由来: (合成) Hepatitis C virus (ウイルス)
#2: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*UP*CP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*UP*CP*GP*G)-3'


分子量: 5145.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: HCV IRES subdomain IIa chain B / 由来: (合成) Hepatitis C virus (ウイルス)

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非ポリマー , 4種, 91分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-SS0 / (8R)-8-[(dimethylamino)methyl]-1-[3-(dimethylamino)propyl]-1,7,8,9-tetrahydrochromeno[5,6-d]imidazol-2-amine


分子量: 331.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H29N5O
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.34 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10 mM magnesium sulfate, 50 mM sodium cacodylate, 2.0 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年5月31日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→16.8 Å / Num. all: 4704 / Num. obs: 4664 / % possible obs: 99.15 % / Observed criterion σ(F): 1.35 / Observed criterion σ(I): 1.35 / 冗長度: 6.7 %
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.5 % / % possible all: 75.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NOK

2nok


解像度: 2.212→16.791 Å / SU ML: 0.83 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 211 4.52 %
Rwork0.179 --
obs0.1815 4664 99.15 %
all-4704 -
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.079 Å2 / ksol: 0.404 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7418 Å2-0 Å20 Å2
2---2.4473 Å20 Å2
3---1.7055 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.212→16.791 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 757 45 81 883
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006881
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3131365
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.89436
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00737
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2121-2.7850.3745960.23022160X-RAY DIFFRACTION98
2.785-16.79150.19581150.16152293X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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