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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tli | ||||||
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タイトル | THERMOLYSIN (10% ISOPROPANOL SOAKED CRYSTALS) | ||||||
要素 | THERMOLYSINテルモリシン | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / METALLOPROTEINASE (金属プロテアーゼ) / ORGANIC SOLVENT (溶媒) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 テルモリシン / metalloendopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 同系置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | English, A.C. / Done, S.H. / Groom, C.R. / Hubbard, R.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 1999 タイトル: Locating interaction sites on proteins: the crystal structure of thermolysin soaked in 2% to 100% isopropanol. 著者: English, A.C. / Done, S.H. / Caves, L.S. / Groom, C.R. / Hubbard, R.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3tli.cif.gz | 78.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3tli.ent.gz | 58.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3tli.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/3tli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/3tli | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 34362.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, テルモリシン |
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-非ポリマー , 5種, 157分子 A
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
構成要素の詳細 | THE ACTIVE SITE CLEFT OF THERMOLYSI |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.34 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 24568 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.08 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.268 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 95 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 同系置換 / 解像度: 1.95→30 Å / SU B: 3.08 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.15 詳細: THIS ENTRY FORMS PART OF A SERIES OF STRUCTURES GENERATED FROM SOAKING CRYSTALS OF THERMOLYSIN IN ISOPROPANOL. AT THIS CONCENTRATION (10% ISOPROPANOL) TWO MOLECULES OF ISOPROPANOL ARE PROTEIN ...詳細: THIS ENTRY FORMS PART OF A SERIES OF STRUCTURES GENERATED FROM SOAKING CRYSTALS OF THERMOLYSIN IN ISOPROPANOL. AT THIS CONCENTRATION (10% ISOPROPANOL) TWO MOLECULES OF ISOPROPANOL ARE PROTEIN BOUND. ONE MOLECULE OF ISOPROPANOL IS LOCATED IN THE S1(PRIME) SUBSITE.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.4 Å2 / Baniso 23: 0 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.213 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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