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- PDB-3tkb: crystal structure of human uracil-DNA glycosylase D183G/K302R mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tkb
タイトルcrystal structure of human uracil-DNA glycosylase D183G/K302R mutant
要素Uracil-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / glycosidase / alpha/beta protein
機能・相同性
機能・相同性情報


base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / depyrimidination / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / クラススイッチ / uracil DNA N-glycosylase activity / ribosomal small subunit binding / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine ...base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / depyrimidination / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / クラススイッチ / uracil DNA N-glycosylase activity / ribosomal small subunit binding / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / 塩基除去修復 / damaged DNA binding / negative regulation of apoptotic process / ミトコンドリア / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase family 1 / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily ...Uracil-DNA glycosylase family 1 / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
イミダゾール / Uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Assefa, N.G. / Niiranen, L. / Willassen, N.P. / Smalas, A.O. / Moe, E.
引用ジャーナル: Comp.Biochem.Physiol. B: Biochem.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Thermal unfolding studies of cold adapted uracil-DNA N-glycosylase (UNG) from Atlantic cod (Gadus morhua). A comparative study with human UNG.
著者: Assefa, N.G. / Niiranen, L. / Willassen, N.P. / Smalas, A. / Moe, E.
履歴
登録2011年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月7日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6523
ポリマ－25,5141
非ポリマー1382
水6,179343
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.530, 39.710, 66.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.910, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Uracil-DNA glycosylase / / UDG


分子量: 25514.115 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytical domain, UNP residues 94-313 / 変異: D183G, K302R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UNG, DGU, UNG1, UNG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13051, uracil-DNA glycosylase
#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.77 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 18% PEG 4000, 0.041M ammonium sulfate, 0.05M sodium chloride, 0.1M imidazole/maleate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.399→34.04 Å / Num. all: 30634 / Num. obs: 30527 / % possible obs: 69.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.567 % / Biso Wilson estimate: 18.012 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.021 / Net I/σ(I): 42.29
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.5-1.582.30.04117.8455519510.04138.4
1.58-1.682.50.03918.4740430050.03962.6
1.68-1.792.90.03519.41124838940.03585.7
1.79-1.9440.02823.31695842840.02899.4
1.94-2.124.20.02328.21636139300.023100
2.12-2.374.20.0232.11491735770.02100
2.37-2.744.20.01833.31326131760.018100
2.74-3.354.20.01832.41124027020.018100
3.35-4.744.10.01833.4843220790.01899.2
4.74-34.043.80.01538418410940.01591.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1AKZ

1akz


解像度: 1.5→34.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.213 / WRfactor Rwork: 0.169 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.8987 / SU B: 1.042 / SU ML: 0.041 / SU R Cruickshank DPI: 0.0845 / SU Rfree: 0.0882 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 1464 4.9 %RANDOM
Rwork0.1515 ---
obs0.1535 29680 83.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 45.02 Å2 / Biso mean: 12.8287 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å20.08 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→34.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1806 0 10 343 2159
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0211980
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.511.9362700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3745246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.80523.69692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.2315328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.017159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211578
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.931.51183
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50621929
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3353797
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8364.5771
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 47 -
Rwork0.163 797 -
all-844 -
obs--32.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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