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- PDB-3t9k: Crystal Structure of ACAP1 C-portion mutant S554D fused with inte... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 3t9k
タイトルCrystal Structure of ACAP1 C-portion mutant S554D fused with integrin beta1 peptide
要素Arf-GAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1,Peptide from Integrin beta-1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ArfGAP domain / ANK repeat / zinc-binding module
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alpha8-beta1 complex / integrin alpha3-beta1 complex / integrin alpha5-beta1 complex / integrin alpha7-beta1 complex / integrin alpha10-beta1 complex / integrin alpha11-beta1 complex / myoblast fate specification / positive regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / regulation of inward rectifier potassium channel activity / regulation of collagen catabolic process ...integrin alpha8-beta1 complex / integrin alpha3-beta1 complex / integrin alpha5-beta1 complex / integrin alpha7-beta1 complex / integrin alpha10-beta1 complex / integrin alpha11-beta1 complex / myoblast fate specification / positive regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / regulation of inward rectifier potassium channel activity / regulation of collagen catabolic process / integrin alpha9-beta1 complex / cell-cell adhesion mediated by integrin / integrin alpha4-beta1 complex / cardiac cell fate specification / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha1-beta1 complex / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha2-beta1 complex / regulation of synapse pruning / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / reactive gliosis / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / formation of radial glial scaffolds / Other semaphorin interactions / CD40 signaling pathway / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / calcium-independent cell-matrix adhesion / integrin alphav-beta1 complex / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / Fibronectin matrix formation / basement membrane organization / myelin sheath abaxonal region / CHL1 interactions / cardiac muscle cell myoblast differentiation / Laminin interactions / germ cell migration / MET interacts with TNS proteins / leukocyte tethering or rolling / cardiac muscle cell differentiation / cell projection organization / Platelet Adhesion to exposed collagen / myoblast fusion / Elastic fibre formation / mesodermal cell differentiation / axon extension / cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of fibroblast migration / wound healing, spreading of epidermal cells / regulation of spontaneous synaptic transmission / myoblast differentiation / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / dendrite morphogenesis / Basigin interactions / Molecules associated with elastic fibres / sarcomere organization / lamellipodium assembly / muscle organ development / cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of Rho protein signal transduction / MET activates PTK2 signaling / negative regulation of vasoconstriction / leukocyte cell-cell adhesion / Syndecan interactions / maintenance of blood-brain barrier / positive regulation of neuroblast proliferation / positive regulation of wound healing / cell-substrate adhesion / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / establishment of mitotic spindle orientation / glial cell projection / 分裂溝 / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / fibronectin binding / neuroblast proliferation / RHOG GTPase cycle / negative regulation of anoikis / negative regulation of neuron differentiation / ECM proteoglycans / 介在板 / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / Integrin cell surface interactions / laminin binding / cellular defense response / coreceptor activity / 食作用 / ruffle / RAC1 GTPase cycle / protein tyrosine kinase binding / cell adhesion molecule binding / GTPase activator activity / cell-matrix adhesion / B cell differentiation / filopodium / Signal transduction by L1 / synaptic membrane / integrin-mediated signaling pathway / RHO GTPases Activate Formins
類似検索 - 分子機能
ArfGAP ACAP1/2/3-like / Arf GTPase activating protein / BAR domain of APPL family / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / BAR domain / ARFGAP/RecO-like zinc finger ...ArfGAP ACAP1/2/3-like / Arf GTPase activating protein / BAR domain of APPL family / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / BAR domain / ARFGAP/RecO-like zinc finger / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Annexin V; domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / EGF-like domain, extracellular / EGF様ドメイン / AH/BAR domain superfamily / Integrin domain superfamily / Ankyrin repeat-containing domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / PH domain / von Willebrand factor A-like domain superfamily / PH domain profile. / EGF-like domain signature 1. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / PH-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta-1 / Arf-GAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sun, F. / Pang, X. / Zhang, K. / Ma, J. / Zhou, Q.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Mechanistic insights into regulated cargo binding by ACAP1 protein
著者: Bai, M. / Pang, X. / Lou, J. / Zhou, Q. / Zhang, K. / Ma, J. / Li, J. / Sun, F. / Hsu, V.W.
履歴
登録2011年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月16日Group: Database references
改定 1.22017年6月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arf-GAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1,Peptide from Integrin beta-1
B: Arf-GAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1,Peptide from Integrin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5276
ポリマ－83,2042
非ポリマー3234
水3,153175
1
A: Arf-GAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1,Peptide from Integrin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7633
ポリマ－41,6021
非ポリマー1612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Arf-GAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1,Peptide from Integrin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7633
ポリマ－41,6021
非ポリマー1612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.258, 164.871, 41.665
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Arf-GAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1,Peptide from Integrin beta-1 / Centaurin-beta-1 / Cnt-b1 / Fibronectin receptor subunit beta / Glycoprotein IIa / GPIIA / VLA-4 subunit beta


分子量: 41601.969 Da / 分子数: 2 / 変異: S554D / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fusion protein of ACAP1 C-portion mutant S554D (UNP residues 378-740 from Q15027), LINKER (GSSNSGSNSG), peptide from integrin beta-1 (UNP residues 758-769 from P05556)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ACAP1, CENTB1, KIAA0050, ITGB1, FNRB, MDF2, MSK12
プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15027, UniProt: P05556
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.95 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 14% PEG 3350, 0.1M Sodium Citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 38344 / Num. obs: 37309 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / % possible all: 83.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3jue

3jue


解像度: 2.3→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 12.967 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2254 1710 5.1 %RANDOM
Rwork0.18866 ---
all0.19056 32447 --
obs0.19056 31931 98.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.692 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.17 Å20 Å20 Å2
2---2.3 Å20 Å2
3---3.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4114 0 12 175 4301
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0214196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3511.9565694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5575548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.07524.457175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.00815677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4311526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5411.52745
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03724353
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.78431451
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.914.51341
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 102 -
Rwork0.219 2044 -
obs--87.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.9961-0.2387-0.79056.5859-1.47323.8050.25580.02780.3719-0.9231-0.1862-0.27790.41590.2231-0.06960.27120.08560.01640.0628-0.01330.040832.0099-35.7193-26.4029
28.0097-4.6705-2.89514.26021.86234.3097-0.1621-0.26120.05410.10350.12720.16040.1852-0.25060.03490.1249-0.0071-0.01010.0925-0.06460.119517.4559-16.2831-14.4295
37.1715-1.03781.76588.2683-2.22024.0250.0661-0.3484-0.32410.03810.25420.87680.0997-0.2541-0.32030.0761-0.012-0.04390.10490.07810.144317.8685-50.2718-5.3813
48.0223-3.21162.85024.2522-1.08333.9270.0034-0.211-0.2189-0.01540.18310.1857-0.12530.0343-0.18640.1328-0.0077-0.0160.08750.10980.163333.9115-69.19835.4511
50.6251-0.41720.131.9762-0.89850.42790.0625-0.0973-0.0029-0.1671-0.0050.02690.09240.0078-0.05750.2630.0269-0.05970.2698-0.05050.166626.942-39.9235-13.1658
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A405 - 528
2X-RAY DIFFRACTION1A999
3X-RAY DIFFRACTION2A568 - 725
4X-RAY DIFFRACTION2A201
5X-RAY DIFFRACTION3B405 - 525
6X-RAY DIFFRACTION3B999
7X-RAY DIFFRACTION4B567 - 721
8X-RAY DIFFRACTION4B202
9X-RAY DIFFRACTION5A1 - 175
10X-RAY DIFFRACTION5B3 - 172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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