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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3t5d | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Septin 7 in complex with GDP | ||||||
要素 | Septin-7セプチン | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / GTP-binding protein (Gタンパク質) / cytoskeleton (細胞骨格) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of embryonic cell shape / sperm annulus / septin complex / positive regulation of non-motile cilium assembly / セプチン / cytoskeleton-dependent cytokinesis / non-motile cilium / cell division site / axoneme / 分裂溝 ...regulation of embryonic cell shape / sperm annulus / septin complex / positive regulation of non-motile cilium assembly / セプチン / cytoskeleton-dependent cytokinesis / non-motile cilium / cell division site / axoneme / 分裂溝 / cilium assembly / stress fiber / MAPK6/MAPK4 signaling / 動原体 / spindle / microtubule cytoskeleton / midbody / 精子形成 / 細胞分化 / molecular adaptor activity / cadherin binding / GTPase activity / GTP binding / structural molecule activity / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Zent, E. / Wittinghofer, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Structural and biochemical properties of Sept7, a unique septin required for filament formation. 著者: Zent, E. / Vetter, I. / Wittinghofer, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3t5d.cif.gz | 105.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3t5d.ent.gz | 81.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3t5d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/3t5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/3t5d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 30 - 295 / Label seq-ID: 7 - 272
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31349.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPT7, CDC10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16181 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 0.2M sodium chlorid, 1.1M ammonium sulfate, 0.1M CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99986 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年8月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99986 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→71.25 Å / Num. all: 12190 / Num. obs: 12079 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 8.9 % |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.4 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 3.85 / Num. unique all: 1007 / Rsym value: 0.596 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→71.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU B: 86.942 / SU ML: 0.653 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.619 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.02 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→71.25 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.3→3.386 Å / Total num. of bins used: 20
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