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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3st3 | ||||||
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タイトル | Dreiklang - off state | ||||||
要素 | Dreiklang | ||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / GFP-like / beta barrel (Βバレル) / Reversibly switchable fluorescent protein / Anthozoa (花虫綱) / fluorescent dyes (蛍光色素) / luminescent protein (生物発光) | ||||||
機能・相同性 | 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Βバレル / Mainly Beta / リン酸塩 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.702 Å | ||||||
データ登録者 | Brakemann, T. / Weber, G. / Andresen, M. / Stiel, A.C. / Jakobs, S. / Wahl, M.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2011 タイトル: A reversibly photoswitchable GFP-like protein with fluorescence excitation decoupled from switching. 著者: Brakemann, T. / Stiel, A.C. / Weber, G. / Andresen, M. / Testa, I. / Grotjohann, T. / Leutenegger, M. / Plessmann, U. / Urlaub, H. / Eggeling, C. / Wahl, M.C. / Hell, S.W. / Jakobs, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3st3.cif.gz | 310.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3st3.ent.gz | 264.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3st3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/3st3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/3st3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28558.262 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) プラスミド: pQE31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 15 % (w/v) PEG 3350, 0.2M KH2PO4, 3% (w/v) D-trehalose dihydrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月16日 |
放射 | モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 83041 / Num. obs: 82517 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1.79 / Observed criterion σ(I): 1.79 / Rmerge(I) obs: 0.071 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.79 / Num. unique all: 12905 / % possible all: 97 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.702→41.292 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.19 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.508 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.702→41.292 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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