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- PDB-3sos: Benzothiazinone inhibitor in complex with FXIa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sos
タイトルBenzothiazinone inhibitor in complex with FXIa
要素Coagulation factor XI第XI因子
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / hydrolase (加水分解酵素) / serine protease (セリンプロテアーゼ) / coagulation factor (凝固・線溶系) / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


第XI因子 / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / 凝固・線溶系 / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space ...第XI因子 / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / 凝固・線溶系 / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Apple domain. / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. ...Apple domain. / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(2S)-1-({2-[5-CHLORO-2-(1H-TETRAZOL-1-YL)PHENYL]ETHYL}AMINO)-1-OXO-3-PHENYLPROPAN-2-YL]-3-OXO-3,4-DIHYDRO-2H-1,4-BENZOTHIAZINE-7-CARBOXAMIDE / クエン酸 / Chem-O61 / 第XI因子
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Fradera, X. / Kazemier, B. / Oubrie, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: High-resolution crystal structures of factor XIa coagulation factor in complex with nonbasic high-affinity synthetic inhibitors.
著者: Fradera, X. / Kazemier, B. / Carswell, E. / Cooke, A. / Oubrie, A. / Hamilton, W. / Dempster, M. / Krapp, S. / Nagel, S. / Jestel, A.
履歴
登録2011年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Other
改定 1.22013年1月23日Group: Database references
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor XI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7334
ポリマ－26,8561
非ポリマー8763
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.114, 59.548, 66.755
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Coagulation factor XI / 第XI因子 / FXI / Plasma thromboplastin antecedent / PTA / Coagulation factor XIa heavy chain / Coagulation ...FXI / Plasma thromboplastin antecedent / PTA / Coagulation factor XIa heavy chain / Coagulation factor XIa light chain


分子量: 26856.496 Da / 分子数: 1 / 変異: C500S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F11 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P03951, 第XI因子
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-O61 / N-[(2S)-1-({2-[5-chloro-2-(1H-tetrazol-1-yl)phenyl]ethyl}amino)-1-oxo-3-phenylpropan-2-yl]-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzothiazine-7-carboxamide


タイプ: peptide-likeペプチド, Peptide-likeペプチド
クラス: 酵素阻害剤酵素阻害剤 / 分子量: 562.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H24ClN7O3S
参照: N-[(2S)-1-({2-[5-CHLORO-2-(1H-TETRAZOL-1-YL)PHENYL]ETHYL}AMINO)-1-OXO-3-PHENYLPROPAN-2-YL]-3-OXO-3,4-DIHYDRO-2H-1,4-BENZOTHIAZINE-7-CARBOXAMIDE
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.77 %
結晶化温度: 293 K
詳細: Co-crystallization by adding seeds to the crystal drops using a Hampton seed hair. crystal. solutin: 0.1 M citrate pH 4.5 - 5.25, 22 - 24 % PEG4000. cryoprotectant: 75 % mother liquor + 25 % ...詳細: Co-crystallization by adding seeds to the crystal drops using a Hampton seed hair. crystal. solutin: 0.1 M citrate pH 4.5 - 5.25, 22 - 24 % PEG4000. cryoprotectant: 75 % mother liquor + 25 % Glycerol, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.73→44.46 Å / Num. obs: 7446 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
REFMAC5.6.0117精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: proprietary FXIa structure

解像度: 2.58→44.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 12.052 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.384 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27814 362 4.6 %RANDOM
Rwork0.19904 ---
obs0.20278 7446 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.253 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.09 Å20 Å20 Å2
2---1.24 Å20 Å2
3----0.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→44.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1875 0 60 82 2017
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.022036
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021391
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4141.9632773
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8523.0053375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3145249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.40423.80492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.89615346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7341513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022259
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02423
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.2909
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2080.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2790.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2530.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2481.51530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.21.5495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53821930
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.28631024
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3414.5836
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.647 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.501 24 -
Rwork0.309 465 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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