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- PDB-3smk: Crystal structure of human 14-3-3 sigma C38V/N166H in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3smk
タイトルCrystal structure of human 14-3-3 sigma C38V/N166H in complex with TASK-3 peptide and stabilizer Cotylenin A
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • TASK-3 peptide
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Helical protein / Phosphoprotein / Adapter protein
機能・相同性
機能・相同性情報


TWIK-releated acid-sensitive K+ channel (TASK) / Phase 4 - resting membrane potential / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / outward rectifier potassium channel activity / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / potassium ion import across plasma membrane / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development ...TWIK-releated acid-sensitive K+ channel (TASK) / Phase 4 - resting membrane potential / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / outward rectifier potassium channel activity / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / potassium ion import across plasma membrane / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ケラチン / potassium channel activity / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / protein kinase A signaling / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / potassium ion transmembrane transport / protein export from nucleus / negative regulation of innate immune response / protein sequestering activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / potassium ion transport / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / シナプス小胞 / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / cadherin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Potassium channel subfamily K member 9 / Two pore domain potassium channel, TASK family / Two pore domain potassium channel / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Potassium channel domain / イオンチャネル / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site ...Potassium channel subfamily K member 9 / Two pore domain potassium channel, TASK family / Two pore domain potassium channel / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Potassium channel domain / イオンチャネル / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3タンパク質 / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3タンパク質 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cotylenin A / 14-3-3 protein sigma / Potassium channel subfamily K member 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Anders, C. / Schumacher, B. / Ottmann, C.
引用ジャーナル: Chem. Biol. / 年: 2013
タイトル: A semisynthetic fusicoccane stabilizes a protein-protein interaction and enhances the expression of K+ channels at the cell surface.
著者: Anders, C. / Higuchi, Y. / Koschinsky, K. / Bartel, M. / Schumacher, B. / Thiel, P. / Nitta, H. / Preisig-Muller, R. / Schlichthorl, G. / Renigunta, V. / Ohkanda, J. / Daut, J. / Kato, N. / Ottmann, C.
履歴
登録2011年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: TASK-3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0674
ポリマ－27,4202
非ポリマー6472
水1,65792
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: TASK-3 peptide
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: TASK-3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1348
ポリマ－54,8404
非ポリマー1,2944
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area21840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.290, 111.780, 63.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-245-

HOH

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26562.947 Da / 分子数: 1 / 変異: C38V N166H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HME1, SFN / プラスミド: pPROEX HTB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド TASK-3 peptide


分子量: 856.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPC2*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-CW7 / Cotylenin A / (1R,3aR,5R,6R,9aR,10aS)-6-({(1S,2R,4S,5S,6R,8S,9S)-5-hydroxy-2-(methoxymethyl)-9-methyl-9-[(2S)-oxiran-2-yl]-3,7,10,11-tetraoxatricyclo[6.2.1.0~1,6~]undec-4-yl}oxy)-1-(methoxymethyl)-9a-methyl-4-methylidene-7-(propan-2-yl)-1,2,3,3a,4,5,6,8,9,9a,10,10a-dodecahydrodicyclopenta[a,d][8]annulene-1,5-diol


分子量: 622.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H50O11
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.095M HEPES Na-Salt pH7.4, 25.6% PEG 400, 0.19M CaCl2, 5% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection数: 67249 / Rmerge(I) obs: 0.064 / D res high: 2.1 Å / Num. obs: 17095 / % possible obs: 99.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
1019.34416283.510.016
61062010010.022
46178899.910.027
34340999.910.04
2.53427299.910.111
2.22.5467799.810.212
2.12.2216799.610.353
反射解像度: 2.1→19.34 Å / Num. all: 17156 / Num. obs: 17095 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.93 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 17.64
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.20.4563.95199.6
2.2-2.50.2126.52199.8
2.5-30.11111.84199.9
3-40.0428.9199.9
4-60.02741.68199.9
6-100.02246.991100
10-19.3440.01660.13183.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345softwareデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 3LW1

3lw1


解像度: 2.1→19.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 4.664 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23706 855 5 %RANDOM
Rwork0.18675 ---
obs0.18928 16240 100 %-
all-16240 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.207 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.38 Å20 Å20 Å2
2---1.49 Å20 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1826 0 45 92 1963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222097
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8932.0142880
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3535280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.37524.14199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.93715.036414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9111518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1441.51238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.05422018
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2213859
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7924.5828
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 61 -
Rwork0.211 1162 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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