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万見
- PDB-3sd5: Crystal Structure of PI3K gamma with 5-(2,4-dimorpholinopyrimidin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sd5
タイトルCrystal Structure of PI3K gamma with 5-(2,4-dimorpholinopyrimidin-6-yl)-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-amine
要素Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Lipid Kinase (キナーゼ) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


secretory granule localization / negative regulation of triglyceride catabolic process / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / regulation of calcium ion transmembrane transport / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / T cell chemotaxis ...secretory granule localization / negative regulation of triglyceride catabolic process / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / regulation of calcium ion transmembrane transport / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / T cell chemotaxis / negative regulation of fibroblast apoptotic process / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / dendritic cell chemotaxis / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / PI3キナーゼ / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / mast cell degranulation / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / regulation of cell adhesion mediated by integrin / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / regulation of angiogenesis / T cell proliferation / cellular response to cAMP / GPVI-mediated activation cascade / ephrin receptor binding / T細胞 / 好中球 / positive regulation of endothelial cell migration / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cytokine production / positive regulation of MAP kinase activity / 血小板 / エンドサイトーシス / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / kinase activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / 血管新生 / 獲得免疫系 / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / 免疫応答 / 炎症 / G protein-coupled receptor signaling pathway / リン酸化 / protein serine kinase activity / 自然免疫系 / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / C2ドメイン / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. ...PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / C2ドメイン / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / C2 domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-like (UB roll) / Αソレノイド / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SD5 / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Knapp, M.S. / Elling, R.A.
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2012
タイトル: Identification and Characterization of NVP-BKM120, an Orally Available Pan-Class I PI3-Kinase Inhibitor.
著者: Maira, S.M. / Pecchi, S. / Huang, A. / Burger, M. / Knapp, M. / Sterker, D. / Schnell, C. / Guthy, D. / Nagel, T. / Wiesmann, M. / Brachmann, S. / Fritsch, C. / Dorsch, M. / Chene, P. / ...著者: Maira, S.M. / Pecchi, S. / Huang, A. / Burger, M. / Knapp, M. / Sterker, D. / Schnell, C. / Guthy, D. / Nagel, T. / Wiesmann, M. / Brachmann, S. / Fritsch, C. / Dorsch, M. / Chene, P. / Shoemaker, K. / De Pover, A. / Menezes, D. / Martiny-Baron, G. / Fabbro, D. / Wilson, C.J. / Schlegel, R. / Hofmann, F. / Garcia-Echeverria, C. / Sellers, W.R. / Voliva, C.F.
履歴
登録2011年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,1672
ポリマ－110,7561
非ポリマー4101
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.264, 67.848, 106.633
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform / PI3-kinase subunit gamma / PI3K-gamma / PtdIns-3-kinase subunit gamma / Phosphatidylinositol-4 / 5- ...PI3-kinase subunit gamma / PI3K-gamma / PtdIns-3-kinase subunit gamma / Phosphatidylinositol-4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit gamma / PtdIns-3-kinase subunit p110-gamma / p120-PI3K


分子量: 110756.164 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 144-1102 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CG
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P48736, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
#2: 化合物 ChemComp-SD5 / 5-[2,6-di(morpholin-4-yl)pyrimidin-4-yl]-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-amine / ブパルリシブ


分子量: 410.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H21F3N6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Q459R CONFLICT IN UNP ENTRY P48736

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.49 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAIN FRIEDEL PAIRS
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Sodium Acetate, 0.1M Sodium Citrate, 0.1M TRIS pH8.5, 16-19% (w/v)PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月6日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→106 Å / Num. obs: 54055 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 59.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.319 / Num. unique all: 2369 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3P2B

3p2b


解像度: 3.2→54.167 Å / SU ML: 0.99 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 25.72 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2614 1629 5.06 %RANDOM
Rwork0.2126 ---
obs0.2151 17166 97.02 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.157 Å2 / ksol: 0.305 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.6118 Å20 Å20.562 Å2
2--6.2017 Å20 Å2
3----1.5899 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→54.167 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6380 0 29 11 6420
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026543
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5968895
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4932344
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451029
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021145
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.29430.34621290.28972540X-RAY DIFFRACTION97
3.2943-3.40060.31231230.28042554X-RAY DIFFRACTION97
3.4006-3.52210.36021290.27622537X-RAY DIFFRACTION96
3.5221-3.66310.26421290.24052558X-RAY DIFFRACTION97
3.6631-3.82980.281330.21652539X-RAY DIFFRACTION97
3.8298-4.03160.25311270.21712540X-RAY DIFFRACTION97
4.0316-4.28410.27211480.17922544X-RAY DIFFRACTION97
4.2841-4.61480.21571400.1682569X-RAY DIFFRACTION98
4.6148-5.07890.21721580.1742535X-RAY DIFFRACTION97
5.0789-5.8130.26551430.19472540X-RAY DIFFRACTION97
5.813-7.3210.24141430.21852550X-RAY DIFFRACTION97
7.321-54.17470.24891270.20582529X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8283-0.30340.26451.7056-0.03811.72710.160.4669-0.775-0.27870.14030.07980.27060.07480.07070.35970.0456-0.12290.1925-0.1140.406231.9409-18.570317.9994
21.0681-0.8638-0.53730.8350.24432.0844-0.0925-0.6236-0.55080.16910.02250.28440.299-0.6548-0.37840.1192-0.05070.09790.52650.23510.31646.4575-11.101737.9121
31.7957-0.48410.11461.00850.0341.42670.12010.70520.017-0.23640.0033-0.1942-0.16590.8478-0.0050.37890.05280.12020.822-0.07580.1959.0951-8.467715.1969
42.3917-0.18261.24640.72490.05472.1150.0850.1518-0.1601-0.08270.0633-0.12790.15810.48470.3065-0.04850.11110.1280.0039-0.0028-0.12749.9758-9.925132.4928
52.04820.05680.19441.48380.2121.8563-0.08010.24260.4443-0.06810.05210.3446-0.5008-0.36350.07730.02530.17440.0501-0.0004-0.0681-0.135121.70865.975921.6031
62.6653-0.56011.38431.0663-0.16110.8474-0.3176-0.39490.84650.20180.01540.0414-0.7698-0.3623-0.3530.53360.1509-0.04820.1296-0.07070.338729.479315.377437.4579
73.162-1.26061.08632.3253-0.25312.5396-0.3553-0.40471.03760.05760.0491-0.178-0.7677-0.22960.18360.6419-0.0557-0.14880.3855-0.22440.786538.156619.63237.9671
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 144:208)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 209:308)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 309:477)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 478:688)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 689:941)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 942:1037)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 1038:1092)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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