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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3s61 | ||||||
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タイトル | Reduced Form of Ornithine Hydroxylase (PvdA) from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
要素 | L-ornithine 5-monooxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / N5-L-Ornithine monooxygenase / reduced form / class B flavin dependent N-hydroxylating monooxygenase / ornithine hydroxylase / bacterial cytosol | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-ornithine N5-monooxygenase (NADPH) / ornithine N5-monooxygenase activity / pyoverdine biosynthetic process / intracellular iron ion homeostasis / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.03 Å | ||||||
データ登録者 | Olucha, J. / Lamb, A.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Two Structures of an N-Hydroxylating Flavoprotein Monooxygenase: ORNITHINE HYDROXYLASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA. 著者: Olucha, J. / Meneely, K.M. / Chilton, A.S. / Lamb, A.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3s61.cif.gz | 180.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3s61.ent.gz | 142 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3s61.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/3s61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/3s61 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | AUTHORS STATE THAT DYNAMIC LIGHT SCATTERING EXPERIMENTS HAVE SHOWN PVDA BEHAVES AS A MONOMER IN SOLUTION (MENEELY, K.M. AND LAMB, A.L., BIOCHEMISTRY, 2007, 46 (42), 11930-11937). |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51711.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA2386, pvd-1, pvdA / プラスミド: pET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: Q51548, 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 1分子の酸素を取り込む #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.85 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 9.5% PEG 8000, 25% glycerol, 60 mM potassium phosphate monobasic, Reducing agent Sodium Dithionite, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å |
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検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月18日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.03→39.26 Å / Num. all: 27042 / Num. obs: 26002 / % possible obs: 96 % |
反射 シェル | 解像度: 3.03→3.19 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 96 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Oxidized form of PvdA 解像度: 3.03→39.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 18.131 / SU ML: 0.332 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.46 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.172 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.03→39.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.03→3.108 Å / Total num. of bins used: 20
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