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万見
- PDB-3rr3: Structure of (R)-flurbiprofen bound to mCOX-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rr3
タイトルStructure of (R)-flurbiprofen bound to mCOX-2
要素Prostaglandin G/H synthase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / flurbiprofen / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / hair cycle / cellular response to homocysteine / Nicotinamide salvaging ...Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / hair cycle / cellular response to homocysteine / Nicotinamide salvaging / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / positive regulation of fibroblast growth factor production / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / cellular response to lead ion / response to nematode / positive regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of synaptic plasticity / positive regulation of smooth muscle contraction / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / cyclooxygenase pathway / response to fatty acid / response to fructose / positive regulation of fever generation / response to vitamin D / prostaglandin secretion / cellular response to fluid shear stress / nuclear outer membrane / response to angiotensin / response to manganese ion / nuclear inner membrane / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of smooth muscle contraction / cellular response to ATP / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / maintenance of blood-brain barrier / bone mineralization / negative regulation of calcium ion transport / positive regulation of vasoconstriction / decidualization / negative regulation of cell cycle / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / response to tumor necrosis factor / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / brown fat cell differentiation / response to glucocorticoid / keratinocyte differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / learning / response to cytokine / caveola / regulation of blood pressure / peroxidase activity / cellular response to mechanical stimulus / memory / positive regulation of protein import into nucleus / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / response to estradiol / cellular response to hypoxia / regulation of cell population proliferation / cellular response to heat / angiogenesis / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / neuron projection / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / heme binding / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain ...: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2-(3-fluoro-4-phenyl-phenyl)propanoic acid / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Prostaglandin G/H synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.842 Å
データ登録者Duggan, K.C. / Hermanson, D.J. / Musee, J. / Prusakiewicz, J.J. / Scheib, J. / Carter, B.D. / Banerjee, S. / Oates, J.A. / Marnett, L.J.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: (R)-Profens are substrate-selective inhibitors of endocannabinoid oxygenation by COX-2.
著者: Duggan, K.C. / Hermanson, D.J. / Musee, J. / Prusakiewicz, J.J. / Scheib, J.L. / Carter, B.D. / Banerjee, S. / Oates, J.A. / Marnett, L.J.
履歴
登録2011年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin G/H synthase 2
B: Prostaglandin G/H synthase 2
C: Prostaglandin G/H synthase 2
D: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,08634
ポリマ－257,3494
非ポリマー8,73730
水4,342241
1
A: Prostaglandin G/H synthase 2
B: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,04317
ポリマ－128,6752
非ポリマー4,36815
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11830 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area41200 Å2
手法PISA
2
C: Prostaglandin G/H synthase 2
D: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,04317
ポリマ－128,6752
非ポリマー4,36815
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11810 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area41210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.615, 134.549, 122.775
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 33:583 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 33:583 )
311CHAIN C AND (RESSEQ 33:583 )
411CHAIN D AND (RESSEQ 33:583 )

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Prostaglandin G/H synthase 2 / Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / ...Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / Macrophage activation-associated marker protein P71/73 / PES-2 / PHS II / Prostaglandin H2 synthase 2 / PGH synthase 2 / PGHS-2 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 2 / TIS10 protein


分子量: 64337.332 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptgs2, Cox-2, Cox2, Pghs-b, Tis10
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase

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糖 , 2種, 22分子

#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 3種, 249分子

#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-FLR / (2R)-2-(3-fluoro-4-phenyl-phenyl)propanoic acid / Flurbirprofen, R-form / (R)-フルルビプロフェン


分子量: 244.261 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H13FO2 / コメント: 抗炎症剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.56 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.842→29.925 Å / Num. all: 67187 / Num. obs: 62162 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.842→29.925 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2444 3131 5.04 %
Rwork0.1966 --
obs0.199 62160 87.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 1.87 Å2 / ksol: 0.242 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--22.0269 Å20 Å20 Å2
2--23.1975 Å2-0 Å2
3----1.1706 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.842→29.925 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17896 0 588 241 18725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00919044
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23225842
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5257070
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0822742
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053296
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A4474X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B4474X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.041
13C4474X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.034
14D4474X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.04
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.842-2.88620.40761140.30931999X-RAY DIFFRACTION66
2.8862-2.93350.3931240.29382299X-RAY DIFFRACTION76
2.9335-2.9840.29481070.27792367X-RAY DIFFRACTION78
2.984-3.03820.35371420.26152352X-RAY DIFFRACTION79
3.0382-3.09660.31741120.27142393X-RAY DIFFRACTION79
3.0966-3.15980.30041320.25892515X-RAY DIFFRACTION82
3.1598-3.22840.34421450.25122531X-RAY DIFFRACTION84
3.2284-3.30340.29091290.23992590X-RAY DIFFRACTION85
3.3034-3.38590.27241400.22862613X-RAY DIFFRACTION87
3.3859-3.47730.27941240.2192646X-RAY DIFFRACTION87
3.4773-3.57950.27691510.20662706X-RAY DIFFRACTION89
3.5795-3.69480.24261470.18132733X-RAY DIFFRACTION90
3.6948-3.82660.20971360.16752758X-RAY DIFFRACTION90
3.8266-3.97950.18481590.15442807X-RAY DIFFRACTION92
3.9795-4.16010.18131620.15072847X-RAY DIFFRACTION94
4.1601-4.37880.19841710.14612918X-RAY DIFFRACTION95
4.3788-4.65220.1981630.14062939X-RAY DIFFRACTION96
4.6522-5.00990.16741610.14652966X-RAY DIFFRACTION96
5.0099-5.51130.21581620.17012961X-RAY DIFFRACTION96
5.5113-6.30230.2491500.18572977X-RAY DIFFRACTION95
6.3023-7.91580.22981610.17573030X-RAY DIFFRACTION96
7.9158-29.92660.26551390.23733084X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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