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万見
- PDB-3rnt: CRYSTAL STRUCTURE OF GUANOSINE-FREE RIBONUCLEASE T1, COMPLEXED WI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rnt
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF GUANOSINE-FREE RIBONUCLEASE T1, COMPLEXED WITH VANADATE(V), SUGGESTS CONFORMATIONAL CHANGE UPON SUBSTRATE BINDING
要素RIBONUCLEASE T1
キーワードHYDROLASE(ENDORIBONUCLEASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


hyphal tip / ribonuclease T1 activity / ribonuclease T1 / cell septum / endonuclease activity / lyase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / リボヌクレアーゼ / Microbial ribonucleases / Ribonuclease/ribotoxin / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
VANADATE ION / Guanyl-specific ribonuclease T1
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kostrewa, D. / Choe, H.-W. / Heinemann, U. / Saenger, W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: Crystal structure of guanosine-free ribonuclease T1, complexed with vanadate (V), suggests conformational change upon substrate binding.
著者: Kostrewa, D. / Choe, H.W. / Heinemann, U. / Saenger, W.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Three-Dimensional Structure of Ribonuclease T1 Complexed with Guanylyl-2(Prime),5(Prime)-Guanosine at 1.8 Angstroms Resolution
著者: Koepke, J. / Maslowska, M. / Heinemann, U. / Saenger, W.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Ribonuclease T1(Asterisk)2(Prime)-Gmp Complex at 1.9-Angstroms Resolution
著者: Arni, R. / Heinemann, U. / Tokuoka, R. / Saenger, W.
#3: ジャーナル: Fresenius Z.Anal.Chem. / 年: 1987
タイトル: Struktur Und Funktion Des Enzyms Ribonuclease T1 (German)
著者: Arni, R. / Heinemann, U. / Saenger, W.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1987
タイトル: Restrained Least-Squares Refinement of the Crystal Structure of the Ribonuclease T1(Asterisk)2(Prime)-Guanylic Acid Complex at 1.9 Angstroms Resolution
著者: Arni, R. / Heinemann, U. / Maslowska, M. / Tokuoka, R. / Saenger, W.
#5: ジャーナル: Pure Appl.Chem. / 年: 1985
タイトル: Mechanism of Guanosine Recognition and RNA Hydrolysis by Ribonuclease T1
著者: Heinemann, U. / Saenger, W.
#6: ジャーナル: Trends Biochem.Sci.(Pers. Ed.) / 年: 1983
タイトル: The Structural and Sequence Homology of a Family of Microbial Ribonucleases
著者: Hill, C. / Dodson, G. / Heinemann, U. / Saenger, W. / Mitsui, Y. / Nakamura, K. / Borisov, S. / Tischenko, G. / Polyakov, K. / Pavlovsky, S.
#7: ジャーナル: Jerusalem Symp.Quantum Chem.Biochem. / 年: 1983
タイトル: Ribonuclease T1. Mechanism of Specific Guanine Recognition and RNA Hydrolysis
著者: Heinemann, U. / Saenger, W.
#8: ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 1983
タイトル: Crystallographic Study of Mechanism of Ribonuclease T1-Catalysed Specific RNA Hydrolysis
著者: Heinemann, U. / Saenger, W.
#9: ジャーナル: Nature / 年: 1982
タイトル: Specific Protein-Nucleic Acid Recognition in Ribonuclease T1-2(Prime)-Guanylic Acid Complex. An X-Ray Study
著者: Heinemann, U. / Saenger, W.
#10: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1980
タイトル: Crystallization of a Complex between Ribonuclease T1 and 2(Prime)-Guanylic Acid
著者: Heinemann, U. / Wernitz, M. / Paehler, A. / Saenger, W. / Menke, G. / Rueterjans, H.
履歴
登録1989年5月31日処理サイト: BNL
改定 1.01989年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE T1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2503
ポリマ－11,0951
非ポリマー1552
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.820, 46.530, 41.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: RESIDUES 39 AND 55 ARE CIS PROLINES.

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE T1 /


分子量: 11094.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: P00651, EC: 3.1.27.3
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION / バナジン酸塩


分子量: 114.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.65 %
結晶化
*PLUS
pH: 5 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11-2 %(w/v)RNaseT11drop
210 mMsodium acetate1reservoir
32 mM1reservoirCaCl2
41 mM1reservoirNaN3
555 %(v/v)MPD1drop

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 7134 / % possible obs: 77 % / Observed criterion σ(F): 1 / Num. measured all: 11536
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 59 %

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解析

ソフトウェア名称: PROFFT / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.8→10 Å / σ(I): 0 /
Rfactor反射数
obs0.137 7070
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数786 0 6 162 954
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0250.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0610.05
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0670.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.1232
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.6983
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.7064.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it6.0346
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0120.015
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2490.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1310.15
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1380.15
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1580.15
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor1.93
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor2015
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor22.820
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
σ(I): 1 / Rfactor obs: 0.137
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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