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- PDB-3rlh: Crystal structure of a class II phospholipase D from Loxosceles i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rlh
タイトルCrystal structure of a class II phospholipase D from Loxosceles intermedia venom
要素Sphingomyelin phosphodiesterase D LiSicTox-alphaIA1a
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / class II PLD / TIM beta/alpha-barrel superfamily / PLC-like phosphodiesterase / phospholipase D / venom (毒液)
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoric diester hydrolase activity / lipid catabolic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / toxin activity / killing of cells of another organism / lyase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Dermonecrotic toxin LiSicTox-alphaIA1a
類似検索 - 構成要素
生物種Loxosceles intermedia (クモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Giuseppe, P.O. / Ullah, A. / Veiga, S.S. / Murakami, M.T. / Arni, R.K.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2011
タイトル: Structure of a novel class II phospholipase D: Catalytic cleft is modified by a disulphide bridge.
著者: de Giuseppe, P.O. / Ullah, A. / Silva, D.T. / Gremski, L.H. / Wille, A.C. / Chaves Moreira, D. / Ribeiro, A.S. / Chaim, O.M. / Murakami, M.T. / Veiga, S.S. / Arni, R.K.
履歴
登録2011年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sphingomyelin phosphodiesterase D LiSicTox-alphaIA1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4549
ポリマ－36,7311
非ポリマー7238
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.810, 49.300, 56.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Sphingomyelin phosphodiesterase D LiSicTox-alphaIA1a / Dermonecrotic protein 1 / LiRecDT1 / Sphingomyelin phosphodiesterase D 1 / SMD 1 / SMase D 1 / ...Dermonecrotic protein 1 / LiRecDT1 / Sphingomyelin phosphodiesterase D 1 / SMD 1 / SMase D 1 / Sphingomyelinase D 1


分子量: 36731.105 Da / 分子数: 1 / 断片: mature phospholipase D / 変異: E277D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Loxosceles intermedia (クモ) / プラスミド: pET-14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P0CE80, EC: 3.1.4.41

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非ポリマー , 5種, 192分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, 40%(v/v) PEG200, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.458 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→54.165 Å / Num. all: 28077 / Num. obs: 28041 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 6
反射 シェル解像度: 1.72→1.81 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4040 / Rsym value: 0.468 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.87 Å23.74 Å
Translation1.87 Å23.74 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XX1

1xx1


解像度: 1.72→54.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.2192 / WRfactor Rwork: 0.1743 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.864 / SU B: 2.364 / SU ML: 0.076 / SU R Cruickshank DPI: 0.1147 / SU Rfree: 0.1138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2143 1408 5 %RANDOM
Rwork0.1718 ---
all0.174 29434 --
obs0.174 28026 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 49.3 Å2 / Biso mean: 17.8137 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.62 Å20 Å20.63 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3----1.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→54.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2188 0 47 184 2419
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.931.9453125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1765289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.84224.915118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.2515370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5911512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2151.51392
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9722238
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2063920
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8164.5880
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.765 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.466 116 -
Rwork0.353 1920 -
all-2036 -
obs--99.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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