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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rj6 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Horse heart ferric myoglobin; K45E/K63E/K96E mutant | ||||||
要素 | Myoglobin | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.23 Å | ||||||
データ登録者 | Smith, S.M. / Rosenzweig, A.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016 タイトル: Charge-Disproportionation Symmetry Breaking Creates a Heterodimeric Myoglobin Complex with Enhanced Affinity and Rapid Intracomplex Electron Transfer. 著者: Trana, E.N. / Nocek, J.M. / Woude, J.V. / Span, I. / Smith, S.M. / Rosenzweig, A.C. / Hoffman, B.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3rj6.cif.gz | 82.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3rj6.ent.gz | 62.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3rj6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3rj6_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3rj6_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3rj6_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3rj6_validation.cif.gz | 25.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/3rj6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/3rj6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16983.316 Da / 分子数: 2 / 変異: K45E, K63E, K96E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68082 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 3.3 M ammonium sulfate, 0.02 M tris, 0.001 M EDTA, , pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07809 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07809 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.23→61.78 Å / Num. all: 66112 / Num. obs: 64506 / % possible obs: 97.57 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % |
反射 シェル | 解像度: 1.23→1.261 Å / % possible all: 92.85 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.23→61.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 0.618 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.034 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.23→61.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.23→1.261 Å / Total num. of bins used: 20
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