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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3riy | ||||||
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タイトル | Sirt5 is an NAD-dependent protein lysine demalonylase and desuccinylase | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / desuccinylase / demalonylase / posttranslational modification / Zn-binding domain / Rossmann fold domain (ロスマンフォールド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein demalonylation / protein deglutarylation / regulation of ketone biosynthetic process / peptidyl-lysine demalonylation / protein desuccinylation / peptidyl-lysine desuccinylation / protein-glutaryllysine deglutarylase activity / protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity ...protein demalonylation / protein deglutarylation / regulation of ketone biosynthetic process / peptidyl-lysine demalonylation / protein desuccinylation / peptidyl-lysine desuccinylation / protein-glutaryllysine deglutarylase activity / protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein deacetylation / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / NAD+ binding / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / mitochondrion organization / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / response to nutrient levels / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / HCMV Late Events / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / ミトコンドリア / HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / 遺伝子発現 / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / transferase activity / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / ミトコンドリアマトリックス / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / protein-containing complex / ミトコンドリア / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Zhou, Y. / Hao, Q. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2011 タイトル: Sirt5 is a NAD-dependent protein lysine demalonylase and desuccinylase 著者: Du, J. / Zhou, Y. / Su, X. / Yu, J.J. / Khan, S. / Jiang, H. / Kim, J. / Woo, J. / Kim, J.H. / Choi, B.H. / He, B. / Chen, W. / Zhang, S. / Cerione, R.A. / Auwerx, J. / Hao, Q. / Lin, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3riy.cif.gz | 267.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3riy.ent.gz | 213.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3riy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/3riy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/3riy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29674.795 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 34-302 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIR2L5, SIRT5 / プラスミド: pDEST-F1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 R2 参照: UniProt: Q9NXA8, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1335.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: histone 3 (residue 4-15) was chemically synthesized. 参照: UniProt: P68431*PLUS #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.63 % / Mosaicity: 0.6 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 16% PEG 4000, 6% Glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月11日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 83831 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.979 / Net I/σ(I): 13.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3RIG 解像度: 1.55→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.1867 / WRfactor Rwork: 0.145 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8951 / SU B: 2.511 / SU ML: 0.042 / SU R Cruickshank DPI: 0.093 / SU Rfree: 0.0777 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 55.82 Å2 / Biso mean: 16.6283 Å2 / Biso min: 3.86 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
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