PDB-3rf0: Crystal Structure of Exopolyphosphatase from Yersinia pestis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rf0

タイトル

Crystal Structure of Exopolyphosphatase from Yersinia pestis

要素

Exopolyphosphatase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta fold

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorus metabolic process / polyphosphate catabolic process /

exopolyphosphatase /

exopolyphosphatase activity /

pyrophosphatase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Kim, Y. / Zhou, M. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Exopolyphosphatase from Yersinia pestis
著者: Kim, Y. / Zhou, M. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2011年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rf0.cif.gz	199.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rf0.ent.gz	160.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rf0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/3rf0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/3rf0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u6zS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5pa7-2 2ipx-d 5h6l-1 3bxc-5 6hos-2 1wrb-2 4w7f-d 7ccj-2 5kzh-4 4py3-10 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP02550

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Exopolyphosphatase

B: Exopolyphosphatase

ヘテロ分子

49.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Exopolyphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Exopolyphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.412, 71.083, 60.195
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 118.29, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Exopolyphosphatase / / Putative exopolyphosphatase 分子量: 24789.637 Da / 分子数: 2 断片: chymotripsin-treated fragment, C-terminal fragment (UNP resiues 311-519) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: ppx, y1397, YPO2837, YP_2704 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic 参照: UniProt: Q7CJK2, UniProt: A0A5P8YHM7*PLUS, exopolyphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION / 硝酸塩分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.42 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M sodium nitrate, 0.1 M Bis-Tris-Propane pH 7.5, 20 % (v/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97942 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月12日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 41471 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 20.6 Å² / R_sym value: 0.101 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 2086 / R_sym value: 0.398 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDBID 1U6Z

1u6z

解像度: 1.8→30.191 Å / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	2033	5.04 %	random
R_work	0.177	-	-	-
all	0.179	40375	-	-
obs	0.179	40375	96.95 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.119 Å² / k_sol: 0.303 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.4832 Å²	0 Å²	-6.3566 Å²
2-	-	-4.247 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.2362 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30.191 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3320	0	11	466	3797

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3740
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.366	5113
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.007	1450
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.106	553
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	681

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.8001-1.842	0.3227	141	0.2651	2498	2639	96
1.842-1.888	0.2978	136	0.2373	2623	2759	99
1.888-1.9391	0.2892	126	0.2073	2604	2730	99
1.9391-1.9961	0.278	144	0.2027	2593	2737	99
1.9961-2.0605	0.2473	126	0.1898	2600	2726	99
2.0605-2.1341	0.2445	157	0.1721	2566	2723	99
2.1341-2.2196	0.2279	137	0.1756	2608	2745	99
2.2196-2.3206	0.2442	126	0.1696	2577	2703	99
2.3206-2.4428	0.2256	147	0.1723	2585	2732	98
2.4428-2.5958	0.2259	153	0.1711	2582	2735	98
2.5958-2.7961	0.2508	130	0.1693	2570	2700	98
2.7961-3.0772	0.2273	131	0.1757	2544	2675	97
3.0772-3.5219	0.2097	118	0.1608	2482	2600	93
3.5219-4.435	0.1892	130	0.1534	2466	2596	92
4.435-30.1951	0.2082	131	0.1866	2444	2575	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1037	0.249	1.6532	1.2449	0.4424	1.8925	-0.0939	-0.3659	0.0896	0.1818	-0.0096	-0.0341	-0.2327	-0.4116	0.0939	0.1851	0.0432	0.0032	0.1365	-0.0025	0.1243	15.2383	18.3365	2.0274
2	0.1696	-0.3131	-0.2931	0.9607	-0.4232	0.879	-0.0634	-0.0073	-0.0037	0.1622	0.025	0.1007	-0.2402	-0.0938	-0.0059	0.0532	0.0007	0.0262	0.0596	-0.0021	0.0497	17.8877	4.1486	10.6544
3	0.1069	0.2652	0.0957	0.7878	-0.1545	0.3655	0.0264	0.0798	-0.0035	0.0936	-0.033	-0.0095	0.0137	-0.0195	-0.0041	0.0544	-0.0046	0.013	0.0906	0.0026	0.0578	18.971	9.0295	-7.1921
4	0.4749	0.3567	0.6065	1.1913	0.1499	0.3332	-0.2315	0.3919	-0.1515	-0.0965	0.1376	-0.2427	-0.0073	0.1976	0.0114	0.0687	0.0071	0.0091	0.1127	0.0133	0.0919	28.9596	3.3413	-1.1877
5	0.3666	0.0844	0.3179	0.4645	-0.1313	0.9548	-0.0375	0.0745	0.0971	0.0733	-0.0099	-0.0437	-0.0135	0.1212	0.0282	0.0926	0.0002	-0.0035	0.0566	0.0038	0.0843	23.6256	-2.1415	5.5719
6	0.3464	0.2681	0.0184	0.1846	-0.0971	0.9488	-0.0187	0.059	0.1078	-0.0091	-0.0045	0.1859	0.1846	-0.2161	-0.038	0.0812	-0.0068	0.0166	0.1513	-0.0147	0.1803	3.9701	-3.9031	5.9174
7	0.4781	0.0869	0.2134	0.0173	-0.0166	0.4024	-0.0162	-0.1306	-0.1163	-0.0311	0.0086	0.0407	0.2057	0.0434	-0.0215	0.1354	-0.0068	0.001	0.1174	-0.0138	0.1025	20.3776	-11.1718	12.9887
8	0.373	0.0774	0.1855	0.1057	-0.0882	0.551	0.266	-0.0083	-0.0199	-0.2019	-0.1609	-0.0559	0.5488	0.2282	-0.0129	0.1672	-0.1033	-0.0571	0.0061	-0.0343	0.0679	11.4663	-14.0744	2.2813
9	0.3773	0.0142	0.4308	0.5991	0.2792	0.5331	0.0687	0.3966	-0.196	0.751	-0.1913	-0.0372	0.1994	0.316	0.0021	0.1278	0.0494	0.0013	-0.1928	-0.0744	0.117	16.9587	-15.9405	10.2886
10	0.7465	-0.9753	0.6039	2.5333	-1.5347	1.2318	-0.1907	0.2008	0.1756	0.5459	0.1213	-0.8317	-0.1834	-0.1405	0.1037	0.1523	-0.0196	-0.0929	0.0292	-0.04	0.2005	19.8169	-21.4811	-27.194
11	0.4231	-0.2556	0.0592	0.6267	0.5484	0.5176	-0.0133	-0.0784	0.0424	0.0716	0.0467	-0.0991	0.0726	0.009	-0.0254	0.0901	-0.002	-0.0194	0.0877	-0.0061	0.0868	9.0063	-15.4874	-16.5763
12	0.312	-0.0652	0.1148	0.4279	0.2616	0.7837	-0.0634	0.0386	0.0183	-0.0396	-0.0355	-0.0826	-0.037	0.007	0.0467	0.0626	0.0087	-0.0003	0.0549	-0.0106	0.0642	7.1061	-22.761	-32.1372
13	0.8464	-0.1144	0.0134	0.0033	-0.0526	1.0181	0.1176	0.1207	-0.211	-0.1366	-0.078	0.0976	0.3942	0.0756	-0.0224	0.1787	-0.0087	-0.0314	0.0555	-0.0215	0.1147	-2.1451	-26.6205	-24.1196
14	0.7429	-0.1817	-0.0159	0.2766	-0.4766	1.5228	-0.0161	-0.0563	0.011	0.2042	-0.0185	-0.0718	-0.2978	-0.1096	0.0118	0.0727	-0.0024	0.0087	0.0418	-0.0012	0.0446	-0.8337	-8.4856	-17.5906
15	0.5925	-0.382	-0.2265	0.5365	-0.4464	1.7674	-0.1517	0.065	-0.0723	0.0831	0.0824	0.1671	-0.2108	-0.4714	0.0012	0.0713	0.018	0.0184	0.1269	-0.0055	0.0902	-9.1007	-8.2405	-20.4206

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 4:22)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 23:62)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 63:91)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 92:121)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 122:138)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 139:150)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 151:164)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 165:188)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 189:202)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 3:22)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 23:62)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 63:103)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 104:121)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 122:172)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 173:200)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)