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万見
- PDB-3ren: CPF_2247, a novel alpha-amylase from Clostridium perfringens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ren
タイトルCPF_2247, a novel alpha-amylase from Clostridium perfringens
要素Glycosyl hydrolase, family 8グリコシダーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / (alpha/alpha)6-barrel fold / alpha-amylase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / membrane => GO:0016020 / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 8 / Glycosyl hydrolases family 8 / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / グリコシルトランスフェラーゼ / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycosyl hydrolase, family 8 / Glycosyl hydrolase, family 8
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ficko-Blean, E. / Stuart, C.P. / Boraston, A.B.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Structural analysis of CPF_2247, a novel alpha-amylase from Clostridium perfringens.
著者: Ficko-Blean, E. / Stuart, C.P. / Boraston, A.B.
履歴
登録2011年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年9月4日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl hydrolase, family 8
B: Glycosyl hydrolase, family 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,30121
ポリマ－81,1332
非ポリマー1,16819
水10,665592
1
A: Glycosyl hydrolase, family 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,14511
ポリマ－40,5661
非ポリマー57910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glycosyl hydrolase, family 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,15510
ポリマ－40,5661
非ポリマー5899
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.350, 75.060, 158.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glycosyl hydrolase, family 8 / グリコシダーゼ


分子量: 40566.289 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 43-371 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
遺伝子: CPF_2247 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0TNX0, UniProt: A0A0H2YP60*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 49752 / Num. obs: 49752 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0072 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 3.909 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22383 2524 5.1 %RANDOM
Rwork0.16931 ---
obs0.17208 47079 92.64 %-
all-49752 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.047 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20 Å20 Å2
2---0.67 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5363 0 70 592 6025
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225546
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4571.9647479
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3215693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.45925.589263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.96315976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6731514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2819
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024143
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8631.53360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.59925404
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.66532186
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2364.52063
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 134 -
Rwork0.23 2456 -
obs--66.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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