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- PDB-3r7t: Crystal Structure of Adenylosuccinate Synthetase from Campylobact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r7t
タイトルCrystal Structure of Adenylosuccinate Synthetase from Campylobacter jejuni
要素Adenylosuccinate synthetaseアデニロコハク酸シンターゼ
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta fold / cytosol (細胞質基質)
機能・相同性
機能・相同性情報


アデニロコハク酸シンターゼ / adenylosuccinate synthase activity / 'de novo' AMP biosynthetic process / GTP binding / magnesium ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Adenylosuccinate Synthetase, subunit A; domain 2 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 2 / Adenylosuccinate Synthetase; Chain A, domain 1 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 1 / Adenylosuccinate Synthetase; Chain A, domain 3 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 3 / Adenylosuccinate synthase, active site / Adenylosuccinate synthetase active site. / Adenylosuccinate synthase, GTP-binding site / Adenylosuccinate synthetase, domain 2 ...Adenylosuccinate Synthetase, subunit A; domain 2 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 2 / Adenylosuccinate Synthetase; Chain A, domain 1 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 1 / Adenylosuccinate Synthetase; Chain A, domain 3 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 3 / Adenylosuccinate synthase, active site / Adenylosuccinate synthetase active site. / Adenylosuccinate synthase, GTP-binding site / Adenylosuccinate synthetase, domain 2 / Adenylosuccinate synthetase, domain 3 / Adenylosuccinate synthetase GTP-binding site. / アデニロコハク酸シンターゼ / Adenylosuccinate synthetase, domain 1 / アデニロコハク酸シンターゼ / アデニロコハク酸シンターゼ / Alpha-Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / アデニロコハク酸シンターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kim, Y. / Gu, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Adenylosuccinate Synthetase from Campylobacter jejuni
著者: Kim, Y. / Gu, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylosuccinate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7128
ポリマ－46,8801
非ポリマー8327
水4,197233
1
A: Adenylosuccinate synthetase
ヘテロ分子

A: Adenylosuccinate synthetase
ヘテロ分子

A: Adenylosuccinate synthetase
ヘテロ分子

A: Adenylosuccinate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,85032
ポリマ－187,5214
非ポリマー3,32928
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
Buried area14920 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area67720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.232, 127.232, 122.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-465-

HOH

21A-540-

HOH

31A-608-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenylosuccinate synthetase / アデニロコハク酸シンターゼ / AMPSase / AdSS / IMP-aspartate ligase


分子量: 46880.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
株: jejuni NCTC 11168 / 遺伝子: Cj1498c, purA / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic
参照: UniProt: Q9PMG4, アデニロコハク酸シンターゼ

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非ポリマー , 6種, 240分子

#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.63 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 40 % (v/v) PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 26582 / Num. obs: 26582 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 23.5 % / Biso Wilson estimate: 42.4 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 23.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.75 / Num. unique all: 1295 / Rsym value: 0.779 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXS位相決定
MLPHARE位相決定
BUCCANEERモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→35.175 Å / SU ML: 0.29 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.34 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 1320 5.04 %random
Rwork0.176 ---
all0.178 26176 --
obs0.178 26176 98.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.477 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.4497 Å2-0 Å2-0 Å2
2--3.4497 Å20 Å2
3----6.8994 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.175 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3190 0 54 233 3477
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013428
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.414632
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6811312
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.102502
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009606
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.3-2.39210.29251460.23322698284499
2.3921-2.50090.26991540.21122707286199
2.5009-2.63270.25661450.19772704284999
2.6327-2.79760.26731470.20162701284898
2.7976-3.01350.26011340.20072695282998
3.0135-3.31660.21591370.19792756289399
3.3166-3.7960.19841610.17382755291699
3.796-4.78060.1751450.13952836298199
4.7806-35.17960.18221510.170130043155100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.06070.2078-0.08710.084-0.10240.0312-0.03410.06810.0655-0.16950.07640.07850.18430.024-00.31080.0009-0.00930.2219-0.04860.28787.628614.03666.6657
20.45380.0606-0.12920.18510.0271-0.01780.02910.05480.0327-0.12930.0334-0.09130.0917-0.1327-00.3058-0.03760.00010.1405-0.02070.184272.943313.00337.8617
30.3929-0.27690.13260.2523-0.07410.2624-0.0913-0.06720.0406-0.11180.09470.0364-0.0512-0.0323-00.2873-0.0355-0.03160.1609-0.01210.247361.225620.430619.7184
40.03010.12350.14970.03480.00550.07760.04090.0342-0.02570.0389-0.024-0.02730.05530.117300.24780.00020.02360.1514-0.02220.24286.28249.714515.9899
50.2406-0.15290.32320.52950.36370.5066-0.07760.0784-0.0072-0.07460.0625-0.0301-0.1130.126600.2041-0.05040.01430.2329-0.01480.201991.610729.39081.3698
60.3330.08060.15570.2616-0.34020.6183-0.15090.1899-0.0668-0.11830.1529-0.1185-0.03020.4042-00.2432-0.04520.10630.4416-0.05680.2645100.472323.0539-7.9685
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:41)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 42:117)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 118:196)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 197:224)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 225:356)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 357:416)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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