PDB-3r6d: Crystal structure of NAD-dependent epimerase/dehydratase from Vei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r6d

タイトル

Crystal structure of NAD-dependent epimerase/dehydratase from Veillonella parvula DSM 2008 with Cz-methylated lysine

要素

NAD-dependent epimerase/dehydratase

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

ISOMERASE (異性化酵素) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / NAD-dependent epimerase/dehydratase /

Veillonella parvula / reductive methylation

機能・相同性

NAD(P)H-binding / NAD(P)-binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily /

nucleotide binding /

ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / NAD-dependent epimerase/dehydratase

機能・相同性情報

生物種

Veillonella parvula DSM 2008 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Chang, C. / Hatzos-Skintges, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of NAD-dependent epimerase/dehydratase from Veillonella parvula DSM 2008 with Cz-methylated lysine
著者: Chang, C. / Hatzos-Skintges, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年3月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3r6d.cif.gz	119.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3r6d.ent.gz	100.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3r6d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/3r6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/3r6d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3gwn-d 6ecf-2 5nls-d 6ecb-d 4hnh-1 6y1x-2 5qa6-2 4s2p-2 4y7d-2 1y1e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC100850

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NAD-dependent epimerase/dehydratase

25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.446, 60.721, 69.612
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NAD-dependent epimerase/dehydratase 分子量: 24996.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Veillonella parvula DSM 2008 (バクテリア) 株: ATCC 10790 / DSM 2008 / JCM 12972 / Te3 / 遺伝子: Vpar_0111 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: D1BQI7
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.44 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Ammonium cetate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 17% PEG 10,000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月5日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→50 Å / Num. all: 61111 / Num. obs: 60921 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 37.8
反射シェル	解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 1.68 / Num. unique all: 2901 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SHELXDE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.25→45.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 1.383 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.045
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1789	3087	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1484	-	-	-
all	0.1499	60848	-	-
obs	0.1499	60848	99.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.6 Å² / B_iso mean: 18.0427 Å² / B_iso min: 7.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→45.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1745	0	0	401	2146

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	1941
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.56	1.983	2650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.174	5	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.012	24.138	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.755	15	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.692	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	293
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.521	1.5	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.303	2	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.144	3	741
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.557	4.5	682
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.581	3	1941

LS精密化シェル

解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	246	-
R_work	0.294	4043	-
all	-	4289	-
obs	-	4289	96.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0754	0.0271	-0.0142	0.1038	0.0469	0.0295	0.0001	-0.0002	-0.0022	0.0123	0.0029	-0.0106	0.0015	0.0016	-0.003	0.0102	0.0009	-0.0025	0.0073	0.0003	0.0125	50.3344	52.1975	20.1478
2	0.215	-0.0911	0.0639	0.0834	-0.0173	0.0572	-0.0059	0.0246	0.0117	-0.0027	0.0018	-0.0132	-0.0063	0.0048	0.0041	0.0068	-0.0022	-0.0004	0.008	0.001	0.012	38.2591	54.2825	4.0435
3	0.1528	-0.131	0.0349	0.1886	-0.023	0.0143	-0.0133	-0.0121	-0.0127	0.0185	0.0114	0.017	-0.0019	-0.0091	0.0019	0.0069	0.0004	0.0021	0.0097	0.0008	0.0115	28.3985	50.6181	15.5516

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	73 - 152
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	153 - 217

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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