PDB-3qxq: Structure of the bacterial cellulose synthase subunit Z in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qxq

タイトル

Structure of the bacterial cellulose synthase subunit Z in complex with cellopentaose

要素

Endoglucanase

セルラーゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / GH8 glycoside hydrolase / cellulose synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

セルラーゼ /

cellulase activity / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zimmer, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Apo- and cellopentaose-bound structures of the bacterial cellulose synthase subunit BcsZ.
著者: Mazur, O. / Zimmer, J.

履歴

登録	2011年3月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月10日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qxq.cif.gz	562.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qxq.ent.gz	466 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qxq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/3qxq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/3qxq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qxfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qxf-4 3qxf-2 6y8f-d 6hfs-d 3qxf-1 3qxf-3 5y6t-d 3quw-1 1lrm-d 6zbw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Endoglucanase

B: Endoglucanase

C: Endoglucanase

D: Endoglucanase

ヘテロ分子

166 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Endoglucanase

ヘテロ分子

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3

C: Endoglucanase

ヘテロ分子

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4

D: Endoglucanase

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.678, 99.605, 93.073
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.98, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Endoglucanase /

セルラーゼ / Carboxymethylcellulase / CMCase / Cellulase / Endo-1 / 4-beta-glucanase

分子量: 40598.582 Da / 分子数: 4 / 変異: E55Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: bcsZ, bcsC, yhjM, b3531, JW3499 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37651,

セルラーゼ

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ... / beta-cellopentaose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖, Oligosaccharide

オリゴ糖
クラス: 代謝

代謝 / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellopentaose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 12-18% PEG3350, 50mM sodium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97242 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月4日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 108218 / Num. obs: 81078 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.65 / R_sym value: 0.57 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

解像度: 2.2→35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 11.903 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22742	4040	5 %	RANDOM
R_work	0.16774	-	-	-
obs	0.17076	76666	98.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.188 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.28 Å²	0 Å²	-0.63 Å²
2-	-	3.95 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10912	0	224	617	11753

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	11485
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.87	1.962	15621
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.422	5	1350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.404	23.625	549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.266	15	1851
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.616	15	85
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	8789
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.809	1.5	6743
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.434	2	10806
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.755	3	4742
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.139	4.5	4814
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.102	3	11485
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.275	282	-
R_work	0.182	5546	-
obs	-	-	97.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7501	3.2687	2.2786	4.4621	3.7421	3.2998	-0.1719	0.2112	0.3922	-0.221	0.1931	0.0598	-0.1666	0.1197	-0.0212	0.1015	0.016	0.0171	0.1084	0.0727	0.2114	-17.3975	23.2323	-16.0186
2	3.2324	0.0289	0.6369	1.6578	0.8449	1.8596	0.0284	0.4277	-0.1311	-0.2309	0.0181	-0.0608	0.0711	-0.0245	-0.0465	0.0979	0.0208	0.0011	0.1488	-0.0054	0.0363	-29.6223	13.9395	-21.317
3	3.8812	1.3361	1.661	1.7209	-0.1939	1.2051	-0.2134	0.1988	0.2901	-0.0089	0.105	0.0281	-0.179	0.0039	0.1083	0.1391	0.0838	0.0616	0.1114	0.0943	0.1253	-30.0022	25.2554	-16.0843
4	3.3979	-3.7111	0.5114	4.1472	-0.2672	2.4135	0.2485	0.1405	0.0364	-0.3625	-0.1435	0.0095	-0.2671	-0.4107	-0.105	0.1195	0.002	0.0002	0.1764	0.0818	0.1204	-43.2969	21.6838	-19.1816
5	1.601	0.5176	-0.2735	1.0754	0.3319	3.0256	-0.0067	0.27	-0.093	-0.1599	-0.0598	0.1743	0.1407	-0.2719	0.0665	0.0986	0.0024	-0.0204	0.1887	0.0302	0.1164	-44.1256	13.3994	-19.3851
6	1.0775	0.6538	-0.139	3.7054	-0.0404	0.9507	0.024	0.1226	0.391	0.0182	-0.0148	0.0756	-0.1192	-0.1169	-0.0093	0.078	0.0423	0.0069	0.0552	0.0393	0.1545	-34.1817	24.8775	-6.4659
7	1.8542	1.0512	-0.5472	2.0709	-1.7226	1.9354	0.0561	0.1186	0.4265	0.1289	0.1025	0.1837	-0.2403	-0.2324	-0.1586	0.1167	0.0751	0.0311	0.1013	0.0192	0.1722	-42.0381	27.2334	-4.9801
8	2.1829	-0.4822	-1.3311	0.5662	-0.6812	2.9427	-0.1094	0.0241	-0.2178	-0.0091	0.1226	0.1248	0.1436	-0.3856	-0.0132	0.0934	-0.014	0.015	0.1416	-0.0078	0.0824	-45.2994	10.0323	3.3167
9	1.6388	0.1636	-2.0601	0.1469	-0.3227	2.6949	0.1	-0.108	0.0614	0.1191	-0.0262	-0.0136	-0.2412	0.1354	-0.0738	0.1027	0.0016	-0.0127	0.0238	-0.0105	0.0933	-32.5034	16.8752	1.2943
10	0.5016	-0.5266	0.3971	4.6637	-1.8935	1.1131	-0.035	-0.2045	0.2287	0.3437	-0.0411	-0.202	-0.222	-0.0772	0.0761	0.1304	0.0226	0.0313	0.1111	-0.0847	0.142	-36.1748	20.7509	7.6112
11	3.9779	-0.1365	-1.3653	1.7956	-0.1991	2.4376	-0.1213	-0.1408	-0.3822	0.0744	0.045	0.2305	0.294	-0.3771	0.0763	0.111	-0.035	-0.0073	0.1007	0.017	0.1108	-38.0529	2.1985	8.9017
12	3.3632	0.1339	-0.3778	0.9714	0.4882	4.0118	-0.1175	0.1745	0.0255	-0.1834	0.0018	0.1317	0.0487	-0.2336	0.1157	0.0651	0.0013	-0.0127	0.029	0.0043	0.0366	-27.8054	8.2029	0.2098
13	2.5246	-1.185	-0.4475	9.0193	-2.2021	3.6834	-0.0733	-0.4428	0.3608	0.8214	0.2077	0.0371	-0.4493	-0.1279	-0.1343	0.1543	0.0129	-0.0212	0.1058	-0.0655	0.1273	-23.3162	16.4117	11.5682
14	5.5972	-5.0125	-4.0869	4.8104	3.38	3.2306	-0.1647	-0.1709	-0.1901	0.02	-0.0152	0.0986	0.2385	0.262	0.1798	0.1453	0.0364	-0.0437	0.1012	0.0519	0.1386	-17.1379	3.02	6.551
15	5.9049	-0.1588	-2.5902	1.745	0.0724	1.4711	-0.2136	-0.1848	-0.5501	0.1367	0.0062	-0.2139	0.1407	0.0702	0.2074	0.1248	-0.0032	-0.0251	0.0137	0.0123	0.1225	-20.5459	-0.8685	3.0409
16	2.5781	0.0468	-0.3302	4.4764	-1.6297	2.4339	0.0281	0.2408	-0.2054	0.0023	0.1256	-0.1276	0.1897	-0.102	-0.1538	0.0477	0.0098	0.0027	0.0305	-0.0061	0.087	-19.5919	3.3008	-3.1732
17	12.2596	0.2854	-1.0557	0.0288	0.2477	3.6069	-0.1079	-0.9374	0.4076	-0.0156	-0.0062	0.009	-0.2665	0.1436	0.1142	0.1508	0.006	-0.0491	0.0747	-0.0128	0.173	-11.4161	12.3532	4.161
18	4.1642	-0.8342	2.0125	0.8535	-0.3845	3.0798	0.1255	0.4034	-0.1517	-0.0801	-0.0647	-0.0238	0.0426	-0.04	-0.0609	0.0757	0.0094	0.0135	0.0678	-0.005	0.0985	-17.2113	10.011	-10.9399
19	5.7291	1.1528	-4.2213	1.4579	-3.8319	10.4314	-0.1367	0.4459	-0.4672	-0.1985	0.0925	0.073	0.4623	-0.301	0.0442	0.1215	0.0162	-0.0732	0.0883	-0.0431	0.2083	0.4897	7.21	-15.3737
20	2.3788	0.3702	-0.515	1.659	-0.2117	2.0205	0.0074	0.4312	-0.0555	-0.201	0.0714	-0.01	0.0969	0.095	-0.0787	0.0967	0.0337	-0.0157	0.1613	-0.0403	0.0552	12.983	10.2004	-17.6462
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64	5.1961	-0.0515	3.3692	4.4138	-8.8909	19.9701	0.5138	0.4147	-0.0245	0.0645	-0.1691	0.1853	0.1562	0.707	-0.3446	0.1519	0.0682	-0.0253	0.4042	-0.0748	0.1374	14.0996	2.8713	-57.1771
65	0.7217	0.5704	-0.5263	5.8936	-0.0884	0.4221	-0.0911	0.0121	-0.0396	-0.4147	0.1091	-0.0563	0.0502	0.0833	-0.0179	0.2579	0.0336	0.0157	0.4549	-0.0678	0.2162	18.5338	3.8389	-64.0144
66	0.7644	0.3064	0.9078	1.6895	0.5382	1.1879	0.034	0.1507	-0.1663	-0.0767	-0.043	-0.0274	0.0691	0.1512	0.0091	0.3173	0.077	0.0363	0.3844	-0.0701	0.4402	14.9616	-14.7403	-60.353
67	3.0469	-1.7712	-1.5781	1.5329	-0.3081	3.8874	-0.2483	0.1085	-0.4168	0.1999	-0.1438	0.1655	0.188	0.258	0.3921	0.3041	0.0613	-0.0401	0.2935	-0.0276	0.2719	8.2488	-10.7606	-50.9216
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72	3.5726	1.0984	0.9704	1.262	0.7894	1.8075	0.0449	-0.0578	-0.1963	-0.0264	0.0581	0.0169	-0.0194	0.128	-0.103	0.1374	0.0384	-0.0264	0.1933	0.0172	0.1014	-3.3794	2.9607	-47.9754

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	23 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	29 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	57 - 79
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	80 - 87
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	88 - 112
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	113 - 131
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	132 - 157
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	158 - 180
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	181 - 186
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	187 - 213
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	214 - 235
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	236 - 254
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	255 - 269
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	270 - 275
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	276 - 290
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	291 - 305
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	306 - 314
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	315 - 340
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	23 - 30
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	31 - 79
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	80 - 87
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	88 - 112
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	113 - 118
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	119 - 142
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	143 - 157
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	158 - 181
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	182 - 211
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	212 - 216
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	217 - 235
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	236 - 254
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	255 - 264
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	265 - 275
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	276 - 307
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	308 - 312
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	313 - 329
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	330 - 340
37	X-RAY DIFFRACTION	37	C	23 - 30
38	X-RAY DIFFRACTION	38	C	31 - 60
39	X-RAY DIFFRACTION	39	C	61 - 79
40	X-RAY DIFFRACTION	40	C	80 - 87
41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	88 - 112
42	X-RAY DIFFRACTION	42	C	113 - 118
43	X-RAY DIFFRACTION	43	C	119 - 143
44	X-RAY DIFFRACTION	44	C	144 - 157
45	X-RAY DIFFRACTION	45	C	158 - 181
46	X-RAY DIFFRACTION	46	C	182 - 202
47	X-RAY DIFFRACTION	47	C	203 - 212
48	X-RAY DIFFRACTION	48	C	213 - 218
49	X-RAY DIFFRACTION	49	C	219 - 235
50	X-RAY DIFFRACTION	50	C	236 - 251
51	X-RAY DIFFRACTION	51	C	252 - 275
52	X-RAY DIFFRACTION	52	C	276 - 294
53	X-RAY DIFFRACTION	53	C	295 - 329
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71	X-RAY DIFFRACTION	71	D	290 - 305
72	X-RAY DIFFRACTION	72	D	306 - 340

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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