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- PDB-3qxf: Structure of the bacterial cellulose synthase subunit Z -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qxf
タイトルStructure of the bacterial cellulose synthase subunit Z
要素Endoglucanaseセルラーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / cellulase (セルラーゼ) / GH8 / cellulose synthesis / cellulose degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


セルラーゼ / cellulase activity / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 8, conserved site / Glycosyl hydrolases family 8 signature. / Glycoside hydrolase, family 8 / Glycosyl hydrolases family 8 / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / グリコシルトランスフェラーゼ / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Zimmer, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Apo- and cellopentaose-bound structures of the bacterial cellulose synthase subunit BcsZ.
著者: Mazur, O. / Zimmer, J.
履歴
登録2011年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase
B: Endoglucanase
C: Endoglucanase
D: Endoglucanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,0864
ポリマ－164,0864
非ポリマー00
水27,3291517
1
A: Endoglucanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0221
ポリマ－41,0221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endoglucanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0221
ポリマ－41,0221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Endoglucanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0221
ポリマ－41,0221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Endoglucanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0221
ポリマ－41,0221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.817, 87.933, 91.754
Angle α, β, γ (deg.)69.96, 74.36, 78.22
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Endoglucanase / セルラーゼ / Carboxymethylcellulase / CMCase / Cellulase / Endo-1 / 4-beta-glucanase


分子量: 41021.621 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: bcsZ, bcsC, yhjM, b3531, JW3499 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37651, セルラーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 30-40% PEG300, 0.1M sodium citrate/phosphate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97874 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月4日
詳細: Si 111, Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator, sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97874 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 131388 / Num. obs: 121857 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
X-PLORモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→24.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.702 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17793 6479 5 %RANDOM
Rwork0.13571 ---
obs0.13787 121857 97.69 %-
all-131388 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å2-0.17 Å20.53 Å2
2---0.66 Å20.16 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→24.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10888 0 0 1517 12405
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02211232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9211.93815252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.20651348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.24223.574554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.834151842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0761588
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.0218800
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7891.56726
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.458210780
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.81834506
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1484.54470
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.985311232
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 470 -
Rwork0.156 8810 -
obs--95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0990.05060.01060.4036-0.17210.4036-0.0325-0.0218-0.0003-0.02290.0164-0.02180.0193-0.03670.01610.02440.00050.00480.0240.00140.004312.593324.6696-27.3819
20.07890.02030.08140.8039-0.03030.15640.0037-0.00930.0202-0.062-0.0083-0.05330.0293-0.01010.00460.0373-0.00190.01360.0055-0.00310.02062.044245.592513.0389
30.40870.0815-0.10480.2783-0.04910.11900.0184-0.0080.0017-0.00380.003-0.01050.00130.00370.0049-0.0037-0.00570.02820.00840.015-8.52913.178212.2029
40.4808-0.0141-0.00720.4147-0.02130.14830.0206-0.02650.04910.0027-0.02440.01490.0037-0.00040.00380.00420.0044-0.00390.0215-0.01090.020512.58187.823645.7742
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 360
2X-RAY DIFFRACTION2B24 - 360
3X-RAY DIFFRACTION3C24 - 360
4X-RAY DIFFRACTION4D24 - 360

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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