PDB-3qnj: Crystal structure of the substrate binding domain of E.coli DnaK ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qnj

タイトル

Crystal structure of the substrate binding domain of E.coli DnaK in complex with the antimicrobial peptide oncocin

要素

Chaperone protein DnaK
antimicrobial peptide oncocin

キーワード

CHAPERONE/ANTIMICROBIAL PROTEIN / peptide/protein binding / CHAPERONE-ANTIMICROBIAL PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / inclusion body / protein folding chaperone / heat shock protein binding / ATP-dependent protein folding chaperone / ADP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Oncopeltus fasciatus (昆虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Zahn, M. / Straeter, N.

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2011
タイトル: Rational Design of Oncocin Derivatives with Superior Protease Stabilities and Antibacterial Activities Based on the High-Resolution Structure of the Oncocin-DnaK Complex.
著者: Knappe, D. / Zahn, M. / Sauer, U. / Schiffer, G. / Strater, N. / Hoffmann, R.

履歴

登録	2011年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qnj.cif.gz	184.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qnj.ent.gz	151.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qnj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3qnj_validation.pdf.gz	464.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qnj_full_validation.pdf.gz	469.4 KB	表示
XML形式データ	3qnj_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	3qnj_validation.cif.gz	27.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/3qnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/3qnj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1dkx 1dky 1dkz 3dpo 3dpp 3dpq
類似構造データ	4hyb-2 4ezo-2 3dpp-1 4ezw-3 4e81-1 4ezo-1 3dpq-1 4jwc-1 4hy9-2 4hyb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Chaperone protein DnaK

B: Chaperone protein DnaK

C: antimicrobial peptide oncocin

D: antimicrobial peptide oncocin

ヘテロ分子

52.8 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Chaperone protein DnaK

C: antimicrobial peptide oncocin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.3 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Chaperone protein DnaK

D: antimicrobial peptide oncocin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.5 kDa, 2 ポリマー
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3

B: Chaperone protein DnaK

D: antimicrobial peptide oncocin

ヘテロ分子

A: Chaperone protein DnaK

C: antimicrobial peptide oncocin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
52.8 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.664, 161.137, 44.629
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Chaperone protein DnaK / HSP70 / Heat shock 70 kDa protein / Heat shock protein 70 分子量: 23820.777 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 389-607 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dnaK, groP, grpF, seg / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P0A6Y8
#2: タンパク質・ペプチド	antimicrobial peptide oncocin 分子量: 2310.741 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence is derived from oncopeltus fasciatus and optimized for the treatment of Gram-negative pathogens 由来: (合成) Oncopeltus fasciatus (昆虫)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.96 %
結晶化	温度: 292 K / pH: 4 詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.8943
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月23日
放射	モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8943 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→25 Å / Num. obs: 25775 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 35.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 17.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.28→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.868 / SU B: 15.333 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.284	1010	3.9 %	RANDOM
R_work	0.211	-	-	-
obs	0.213	24726	97.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.289 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.91 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3307	0	30	148	3485

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	3477
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.855	1.987	4714
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.445	5	453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.687	26.139	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.59	15	660
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.945	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	547
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	2573
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.771	1.5	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.362	2	3576
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.678	3	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.288	4.5	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.28→2.34 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	76	-
R_work	0.245	1713	-
obs	-	-	93.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8745	-0.6392	1.6663	0.7821	-1.0452	4.1299	-0.066	-0.1384	0.0735	0.0001	0.0135	-0.0235	0.0026	-0.1673	0.0525	0.0715	0.0264	-0.0038	0.0951	-0.0481	0.0463	11.2728	-31.7698	6.486
2	20.2211	-0.6912	20.6181	0.6843	-0.599	26.0498	-0.0569	-0.5172	-0.7492	0.0343	0.4774	0.0476	-1.3574	-0.5098	-0.4205	0.3628	0.0221	-0.0167	0.3354	-0.0122	0.2301	-1.2655	-36.5213	0.2003
3	1.6039	0.2089	1.8091	0.7245	0.2569	2.1097	0.0138	0.1308	-0.0552	-0.0564	0.0467	-0.1194	0.0106	0.0665	-0.0606	0.0534	0.0082	0.0323	0.1132	-0.0257	0.0892	7.2892	-31.467	-7.2425
4	1.0207	0.7418	0.6125	1.649	-0.0053	0.6135	0.1456	-0.1217	-0.2334	-0.0214	-0.0016	0.0441	0.1255	-0.1271	-0.144	0.1352	-0.0287	-0.0245	0.1463	-0.0039	0.2239	-2.9856	-41.0725	-8.0513
5	8.0825	0.8109	1.6301	0.1792	0.2506	0.6038	0.0695	-0.3269	-0.6323	0.0126	0.0246	-0.1335	0.0978	-0.0813	-0.094	0.0953	-0.024	0.0202	0.0935	-0.0265	0.159	5.7119	-44.3153	2.2122
6	5.9612	1.6915	2.3634	0.6987	0.9617	1.4011	0.0619	-0.0645	-0.2761	-0.0671	0.0007	-0.105	-0.0275	-0.0065	-0.0627	0.1292	0.0203	0.0168	0.0848	-0.0384	0.1641	17.8818	-38.8261	-0.2486
7	0.3098	-0.6181	1.0749	5.0718	-0.4199	4.799	-0.2115	-0.0713	0.0802	0.3032	0.2199	-0.3681	-0.654	-0.0256	-0.0084	0.2616	0.0453	-0.0825	0.2263	-0.1016	0.2286	15.5671	-18.3644	0.9535
8	17.5404	1.5113	0.6102	3.5138	-2.3587	2.0704	-0.0016	0.5064	-0.022	-0.0713	-0.031	0.2976	0.2011	0.0399	0.0326	0.1701	0.04	0.044	0.0754	-0.0495	0.2539	-5.4482	-21.7945	-11.6636
9	4.9851	-5.3617	6.5542	6.9183	-6.0805	9.5268	0.8059	-0.1969	-0.7347	-0.8053	0.2416	1.0803	1.2955	-0.1588	-1.0475	0.5359	0.0579	-0.4748	0.9491	-0.1303	1.1185	-21.4265	-20.7444	-24.8967
10	20.0024	-1.3447	3.2778	6.2714	-2.4776	5.5488	-0.2328	1.7272	-0.553	-0.4417	0.1287	0.6178	-0.1204	0.2492	0.1042	0.1457	0.0587	-0.0556	0.2665	-0.0167	0.1278	-4.163	-16.5687	-19.5398
11	20.1702	1.058	9.423	4.8529	1.9643	4.8883	0.3003	-0.7972	-0.2257	0.0118	-0.4263	0.9903	0.0973	-0.598	0.126	0.2075	0.1376	-0.009	0.4258	0.0895	0.5068	-14.8229	-13.8609	-15.3971
12	0.56	-0.2776	0.0542	0.1419	0.0004	0.1945	-0.0538	-0.1101	-0.0244	-0.002	0.0524	0.0115	-0.1829	0.0111	0.0014	0.1944	0.0139	0.0189	0.1301	-0.021	0.0631	21.2546	-29.1081	-28.2028
13	3.5736	-2.1381	-1.5358	2.0492	2.0192	2.5823	-0.1097	0.1448	0.08	0.0067	0.195	0.022	-0.0514	0.2932	-0.0854	0.1351	0.0151	-0.0075	0.1368	0.0418	0.0767	23.2235	-19.632	-22.1536
14	0.8064	1.4158	2.0112	6.733	3.0349	5.0801	-0.0796	0.1084	0.0056	-0.3011	0.0719	-0.0511	-0.197	0.2798	0.0076	0.035	-0.0083	0.0243	0.0514	0.0134	0.0914	30.775	-10.7141	-16.7978
15	3.0944	2.1958	1.1886	3.2426	0.8747	0.8944	0.1491	-0.185	0.0817	0.2524	-0.116	-0.0388	0.0444	-0.0197	-0.0331	0.104	0.0224	0.0302	0.0313	0	0.0296	25.7448	-14.2172	-10.6726
16	2.3897	3.767	2.0965	8.0063	4.0847	3.2718	0.1264	0.233	-0.0984	0.2989	0.0796	-0.5962	0.1234	0.1544	-0.206	0.1619	0.0401	-0.0124	0.1879	0.0221	0.1623	33.1728	-22.2205	-17.8125
17	3.0668	1.36	0.0492	6.4791	0.1514	1.4352	0.0131	0.1027	-0.5948	-0.0047	0.1942	0.1909	0.1773	-0.0727	-0.2072	0.2157	0.0264	0.0286	0.2056	-0.0288	0.2073	19.7111	-24.0806	-17.7129
18	13.4885	8.5724	9.2531	11.6981	8.0615	10.9159	-0.0143	0.1549	-0.0716	-0.0514	0.0874	0.2039	0.0489	0.0521	-0.073	0.1272	0.0906	-0.0025	0.07	-0.0084	0.1618	14.818	-3.0752	-15.4816
19	12.6916	13.0224	-0.132	14.1884	3.2934	14.2626	0.7012	-1.2954	-0.2484	0.7512	-0.9577	-0.2251	0.2582	1.2766	0.2565	0.4608	0.2771	-0.0335	0.978	-0.2573	0.488	25.8884	6.1331	0.2873
20	4.0865	4.2636	3.9368	12.3323	11.1836	15.0263	0.1455	-0.376	0.0158	1.2159	0.2371	0.1364	0.6916	0.3185	-0.3826	0.3862	0.2242	0.0831	0.3549	-0.0979	0.1596	15.1943	7.7443	0.6456
21	15.8901	3.1175	4.4293	2.069	-2.2159	8.4155	-0.2388	-0.5366	0.4331	0.2044	0.0789	0.1068	-0.3226	0.145	0.16	0.3558	0.2983	0.0092	0.6878	0.0075	0.3437	12.4417	9.4698	-8.1721
22	41.1197	7.17	-20.3542	40.0379	-7.6643	10.5132	1.8709	0.5576	2.1569	0.3625	-0.9746	0.0026	-0.8837	-0.1457	-0.8963	0.8695	0.1621	-0.2772	0.6537	-0.2658	0.9763	25.6383	18.1086	-1.8135
23	4.2935	4.5042	5.5854	20.7287	-4.5054	24.0691	-0.1048	-0.054	0.3511	-0.2863	-0.2784	1.1311	-0.1061	-1.0593	0.3831	0.0842	-0.0291	-0.0254	0.2436	0.0031	0.212	-3.672	-32.1054	-7.7562
24	14.8417	3.62	-7.5291	24.7009	-26.396	83.4118	-0.0953	-0.8126	0.1341	1.6592	-0.0337	0.225	-1.2355	-0.4665	0.129	0.1291	0.0046	0.0228	0.0616	-0.0184	0.0134	25.8846	-10.1742	-6.6584

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	389 - 419
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	420 - 430
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	431 - 453
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	454 - 473
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	474 - 495
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	496 - 511
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	512 - 527
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	528 - 547
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	548 - 568
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	569 - 580
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	581 - 598
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	389 - 401
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	402 - 420
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	421 - 431
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	432 - 469
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	470 - 490
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	491 - 524
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	525 - 542
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	543 - 552
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	556 - 580
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	581 - 594
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	595 - 602
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	3 - 10
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	4 - 13

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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