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- PDB-3qnj: Crystal structure of the substrate binding domain of E.coli DnaK ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qnj
タイトルCrystal structure of the substrate binding domain of E.coli DnaK in complex with the antimicrobial peptide oncocin
要素
  • Chaperone protein DnaK
  • antimicrobial peptide oncocin
キーワードCHAPERONE/ANTIMICROBIAL PROTEIN / peptide/protein binding / CHAPERONE-ANTIMICROBIAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / inclusion body / protein folding chaperone / heat shock protein binding / ATP-dependent protein folding chaperone / ADP binding ...stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / inclusion body / protein folding chaperone / heat shock protein binding / ATP-dependent protein folding chaperone / ADP binding / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / protein refolding / response to heat / DNA replication / protein-containing complex assembly / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / zinc ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #10 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Chaperone DnaK / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #10 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Chaperone DnaK / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / ATPase, nucleotide binding domain / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperone protein DnaK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Oncopeltus fasciatus (昆虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Zahn, M. / Straeter, N.
引用ジャーナル: Chembiochem / : 2011
タイトル: Rational Design of Oncocin Derivatives with Superior Protease Stabilities and Antibacterial Activities Based on the High-Resolution Structure of the Oncocin-DnaK Complex.
著者: Knappe, D. / Zahn, M. / Sauer, U. / Schiffer, G. / Strater, N. / Hoffmann, R.
履歴
登録2011年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein DnaK
B: Chaperone protein DnaK
C: antimicrobial peptide oncocin
D: antimicrobial peptide oncocin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,83910
ポリマ-52,2634
非ポリマー5766
2,666148
1
A: Chaperone protein DnaK
C: antimicrobial peptide oncocin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3244
ポリマ-26,1322
非ポリマー1922
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chaperone protein DnaK
D: antimicrobial peptide oncocin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5166
ポリマ-26,1322
非ポリマー3844
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Chaperone protein DnaK
D: antimicrobial peptide oncocin
ヘテロ分子

A: Chaperone protein DnaK
C: antimicrobial peptide oncocin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,83910
ポリマ-52,2634
非ポリマー5766
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area5320 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area22970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.664, 161.137, 44.629
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Chaperone protein DnaK / HSP70 / Heat shock 70 kDa protein / Heat shock protein 70


分子量: 23820.777 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 389-607 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / : K12 / 遺伝子: dnaK, groP, grpF, seg / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P0A6Y8
#2: タンパク質・ペプチド antimicrobial peptide oncocin


分子量: 2310.741 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence is derived from oncopeltus fasciatus and optimized for the treatment of Gram-negative pathogens
由来: (合成) Oncopeltus fasciatus (昆虫)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.96 %
結晶化温度: 292 K / pH: 4
詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.8943
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月23日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8943 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→25 Å / Num. obs: 25775 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 35.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 17.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.28→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 15.333 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 1010 3.9 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.213 24726 97.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.289 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.91 Å20 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---3.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3307 0 30 148 3485
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0223477
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8551.9874714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4455453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.68726.139158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.5915660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9451519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2547
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212573
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7711.52208
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36223576
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.67831269
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2884.51129
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.34 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 76 -
Rwork0.245 1713 -
obs--93.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8745-0.63921.66630.7821-1.04524.1299-0.066-0.13840.07350.00010.0135-0.02350.0026-0.16730.05250.07150.0264-0.00380.0951-0.04810.046311.2728-31.76986.486
220.2211-0.691220.61810.6843-0.59926.0498-0.0569-0.5172-0.74920.03430.47740.0476-1.3574-0.5098-0.42050.36280.0221-0.01670.3354-0.01220.2301-1.2655-36.52130.2003
31.60390.20891.80910.72450.25692.10970.01380.1308-0.0552-0.05640.0467-0.11940.01060.0665-0.06060.05340.00820.03230.1132-0.02570.08927.2892-31.467-7.2425
41.02070.74180.61251.649-0.00530.61350.1456-0.1217-0.2334-0.0214-0.00160.04410.1255-0.1271-0.1440.1352-0.0287-0.02450.1463-0.00390.2239-2.9856-41.0725-8.0513
58.08250.81091.63010.17920.25060.60380.0695-0.3269-0.63230.01260.0246-0.13350.0978-0.0813-0.0940.0953-0.0240.02020.0935-0.02650.1595.7119-44.31532.2122
65.96121.69152.36340.69870.96171.40110.0619-0.0645-0.2761-0.06710.0007-0.105-0.0275-0.0065-0.06270.12920.02030.01680.0848-0.03840.164117.8818-38.8261-0.2486
70.3098-0.61811.07495.0718-0.41994.799-0.2115-0.07130.08020.30320.2199-0.3681-0.654-0.0256-0.00840.26160.0453-0.08250.2263-0.10160.228615.5671-18.36440.9535
817.54041.51130.61023.5138-2.35872.0704-0.00160.5064-0.022-0.0713-0.0310.29760.20110.03990.03260.17010.040.0440.0754-0.04950.2539-5.4482-21.7945-11.6636
94.9851-5.36176.55426.9183-6.08059.52680.8059-0.1969-0.7347-0.80530.24161.08031.2955-0.1588-1.04750.53590.0579-0.47480.9491-0.13031.1185-21.4265-20.7444-24.8967
1020.0024-1.34473.27786.2714-2.47765.5488-0.23281.7272-0.553-0.44170.12870.6178-0.12040.24920.10420.14570.0587-0.05560.2665-0.01670.1278-4.163-16.5687-19.5398
1120.17021.0589.4234.85291.96434.88830.3003-0.7972-0.22570.0118-0.42630.99030.0973-0.5980.1260.20750.1376-0.0090.42580.08950.5068-14.8229-13.8609-15.3971
120.56-0.27760.05420.14190.00040.1945-0.0538-0.1101-0.0244-0.0020.05240.0115-0.18290.01110.00140.19440.01390.01890.1301-0.0210.063121.2546-29.1081-28.2028
133.5736-2.1381-1.53582.04922.01922.5823-0.10970.14480.080.00670.1950.022-0.05140.2932-0.08540.13510.0151-0.00750.13680.04180.076723.2235-19.632-22.1536
140.80641.41582.01126.7333.03495.0801-0.07960.10840.0056-0.30110.0719-0.0511-0.1970.27980.00760.035-0.00830.02430.05140.01340.091430.775-10.7141-16.7978
153.09442.19581.18863.24260.87470.89440.1491-0.1850.08170.2524-0.116-0.03880.0444-0.0197-0.03310.1040.02240.03020.031300.029625.7448-14.2172-10.6726
162.38973.7672.09658.00634.08473.27180.12640.233-0.09840.29890.0796-0.59620.12340.1544-0.2060.16190.0401-0.01240.18790.02210.162333.1728-22.2205-17.8125
173.06681.360.04926.47910.15141.43520.01310.1027-0.5948-0.00470.19420.19090.1773-0.0727-0.20720.21570.02640.02860.2056-0.02880.207319.7111-24.0806-17.7129
1813.48858.57249.253111.69818.061510.9159-0.01430.1549-0.0716-0.05140.08740.20390.04890.0521-0.0730.12720.0906-0.00250.07-0.00840.161814.818-3.0752-15.4816
1912.691613.0224-0.13214.18843.293414.26260.7012-1.2954-0.24840.7512-0.9577-0.22510.25821.27660.25650.46080.2771-0.03350.978-0.25730.48825.88846.13310.2873
204.08654.26363.936812.332311.183615.02630.1455-0.3760.01581.21590.23710.13640.69160.3185-0.38260.38620.22420.08310.3549-0.09790.159615.19437.74430.6456
2115.89013.11754.42932.069-2.21598.4155-0.2388-0.53660.43310.20440.07890.1068-0.32260.1450.160.35580.29830.00920.68780.00750.343712.44179.4698-8.1721
2241.11977.17-20.354240.0379-7.664310.51321.87090.55762.15690.3625-0.97460.0026-0.8837-0.1457-0.89630.86950.1621-0.27720.6537-0.26580.976325.638318.1086-1.8135
234.29354.50425.585420.7287-4.505424.0691-0.1048-0.0540.3511-0.2863-0.27841.1311-0.1061-1.05930.38310.0842-0.0291-0.02540.24360.00310.212-3.672-32.1054-7.7562
2414.84173.62-7.529124.7009-26.39683.4118-0.0953-0.81260.13411.6592-0.03370.225-1.2355-0.46650.1290.12910.00460.02280.0616-0.01840.013425.8846-10.1742-6.6584
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A389 - 419
2X-RAY DIFFRACTION2A420 - 430
3X-RAY DIFFRACTION3A431 - 453
4X-RAY DIFFRACTION4A454 - 473
5X-RAY DIFFRACTION5A474 - 495
6X-RAY DIFFRACTION6A496 - 511
7X-RAY DIFFRACTION7A512 - 527
8X-RAY DIFFRACTION8A528 - 547
9X-RAY DIFFRACTION9A548 - 568
10X-RAY DIFFRACTION10A569 - 580
11X-RAY DIFFRACTION11A581 - 598
12X-RAY DIFFRACTION12B389 - 401
13X-RAY DIFFRACTION13B402 - 420
14X-RAY DIFFRACTION14B421 - 431
15X-RAY DIFFRACTION15B432 - 469
16X-RAY DIFFRACTION16B470 - 490
17X-RAY DIFFRACTION17B491 - 524
18X-RAY DIFFRACTION18B525 - 542
19X-RAY DIFFRACTION19B543 - 552
20X-RAY DIFFRACTION20B556 - 580
21X-RAY DIFFRACTION21B581 - 594
22X-RAY DIFFRACTION22B595 - 602
23X-RAY DIFFRACTION23C3 - 10
24X-RAY DIFFRACTION24D4 - 13

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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