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万見
- PDB-3pv8: Crystal Structure of Bacillus DNA Polymerase I Large Fragment Bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pv8
タイトルCrystal Structure of Bacillus DNA Polymerase I Large Fragment Bound to DNA and ddTTP-dA in Closed Conformation
要素
  • DNA (5'-D(*C*AP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DT))-3')
  • DNA polymerase I
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA Polymerase I / protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / Thymine-Adenine / closed conformation / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA修復 / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 ...DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA polymerase I
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Wang, W. / Beese, L.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structural evidence for the rare tautomer hypothesis of spontaneous mutagenesis.
著者: Wang, W. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S.
履歴
登録2010年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月2日Group: Database references
改定 1.22011年11月9日Group: Database references
改定 1.32017年1月11日Group: Other
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase I
D: DNA polymerase I
B: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DT))-3')
C: DNA (5'-D(*C*AP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DT))-3')
F: DNA (5'-D(*C*AP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,60113
ポリマ－148,3316
非ポリマー1,2697
水32,8411823
1
A: DNA polymerase I
B: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DT))-3')
C: DNA (5'-D(*C*AP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7526
ポリマ－74,1663
非ポリマー5873
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6210 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area27570 Å2
手法PISA
2
D: DNA polymerase I
E: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DT))-3')
F: DNA (5'-D(*C*AP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8487
ポリマ－74,1663
非ポリマー6834
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6400 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area27240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.890, 109.300, 150.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 DNA polymerase I /


分子量: 67490.289 Da / 分子数: 2
断片: Bacillus Fragment (analogous to E. coli Klenow Fragment)
変異: D598A, F710Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
遺伝子: polA, GK2730 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q5KWC1, DNAポリメラーゼ

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DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DT))-3')


分子量: 2650.762 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA primer strand / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*C*AP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')


分子量: 4024.649 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA template strand / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 4種, 1830分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-D3T / 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / ddTTP


タイプ: DNA OH 3 prime terminus / 分子量: 466.169 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O13P3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1823 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM A STRAIN OF GEOBACILLUS SPECIES WHOSE SEQUENCE IS ...AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM A STRAIN OF GEOBACILLUS SPECIES WHOSE SEQUENCE IS NOT AVAILABLE IN THE UNIPROT DATABASE. IT DIFFERS FROM UNP Q5KWC1 BY THIS SINGLE RESIDUE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.72 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: Ammonium Sulfate, MPD, MgSO4, MES, pH 5.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Ammonium Sulfate11
2MPD11
3MgSO411
4MES11
5Ammonium Sulfate12
6MPD12
7MgSO412
8MES12

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.97121 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97121 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→100 Å / Num. obs: 231085 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 14.94
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.52-1.610.4924.2195.4
1.61-1.720.3116.7198.2
1.72-1.860.1919.7198.6
1.86-2.030.1412.3195
2.03-2.270.09217.2196.7
2.27-2.630.0721.3198.9
2.63-3.220.05725.7199.7
3.22-4.540.04930.8199.4
4.54-1000.03638.4197.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.1_743精密化
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 2HVI with insertion site base pair, metal ions, and protein residues 681-727 deleted.

2hvi


解像度: 1.52→88.422 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.36 / σ(F): 2.35 / 位相誤差: 19.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2114 10319 4.64 %
Rwork0.1853 --
obs0.1865 222603 93.91 %
all-237031 -
溶媒の処理減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.623 Å2 / ksol: 0.411 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7489 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.2945 Å20 Å2
3----0.4544 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→88.422 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9289 848 73 1823 12033
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910543
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24514455
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2814085
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671615
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061724
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.52-1.53730.25913120.24355935X-RAY DIFFRACTION80
1.5373-1.55540.25963370.23016405X-RAY DIFFRACTION86
1.5554-1.57430.27493500.22476643X-RAY DIFFRACTION90
1.5743-1.59430.24673540.21796729X-RAY DIFFRACTION90
1.5943-1.61520.22513580.20886790X-RAY DIFFRACTION91
1.6152-1.63740.24363580.20726804X-RAY DIFFRACTION92
1.6374-1.66080.22793650.19756948X-RAY DIFFRACTION93
1.6608-1.68560.22333660.19346949X-RAY DIFFRACTION93
1.6856-1.71190.2283670.18876979X-RAY DIFFRACTION93
1.7119-1.740.22633690.18717010X-RAY DIFFRACTION94
1.74-1.770.25193710.18997038X-RAY DIFFRACTION95
1.77-1.80220.21833750.18527130X-RAY DIFFRACTION96
1.8022-1.83680.23713750.18457131X-RAY DIFFRACTION96
1.8368-1.87430.2273760.18157136X-RAY DIFFRACTION95
1.8743-1.91510.25243250.20436184X-RAY DIFFRACTION83
1.9151-1.95960.28253370.26266402X-RAY DIFFRACTION86
1.9596-2.00860.21393190.17897287X-RAY DIFFRACTION97
2.0086-2.0630.20052620.17227462X-RAY DIFFRACTION98
2.063-2.12370.18932990.17187423X-RAY DIFFRACTION98
2.1237-2.19220.18582880.17117471X-RAY DIFFRACTION98
2.1922-2.27060.24543130.22746503X-RAY DIFFRACTION87
2.2706-2.36150.20472700.16877319X-RAY DIFFRACTION96
2.3615-2.4690.20823130.1717495X-RAY DIFFRACTION99
2.469-2.59920.19393140.17067520X-RAY DIFFRACTION99
2.5992-2.7620.19223190.17887556X-RAY DIFFRACTION99
2.762-2.97530.22363520.18467558X-RAY DIFFRACTION99
2.9753-3.27470.20023840.18257559X-RAY DIFFRACTION99
3.2747-3.74860.18223880.16797537X-RAY DIFFRACTION99
3.7486-4.72280.17353990.16177647X-RAY DIFFRACTION99
4.7228-88.57170.22824040.20377734X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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