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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ppz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CTR1 kinase domain in complex with staurosporine | ||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase CTR1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Kinase (キナーゼ) / ATP binding (アデノシン三リン酸) / Phosphorylation (リン酸化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of post-embryonic root development / regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase / gibberellin biosynthetic process / negative regulation of ethylene-activated signaling pathway / sugar mediated signaling pathway / response to ethylene / regulation of stem cell division / ethylene-activated signaling pathway / response to sucrose / response to fructose ...regulation of post-embryonic root development / regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase / gibberellin biosynthetic process / negative regulation of ethylene-activated signaling pathway / sugar mediated signaling pathway / response to ethylene / regulation of stem cell division / ethylene-activated signaling pathway / response to sucrose / response to fructose / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / response to hypoxia / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å | ||||||
データ登録者 | Mayerhofer, H. / Panneerselvam, S. / Mueller-Dieckmann, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2012 タイトル: Protein kinase domain of CTR1 from Arabidopsis thaliana promotes ethylene receptor cross talk. 著者: Mayerhofer, H. / Panneerselvam, S. / Mueller-Dieckmann, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ppz.cif.gz | 230.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ppz.ent.gz | 186.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ppz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/3ppz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/3ppz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35459.387 Da / 分子数: 2 / 断片: Kinase domain (UNP RESIDUES 540-821) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At5g03730, CTR1, F17C15_150 / プラスミド: pETM11/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 cc4 参照: UniProt: Q05609, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-STU / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.21 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M K2SO4, 15% w/v PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月31日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.99→47.636 Å / Num. all: 17349 / Num. obs: 17053 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % |
反射 シェル | 解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 5.4 % / Num. unique all: 2648 / % possible all: 97.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3C4C 解像度: 2.99→46.2 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 0.04 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.896 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.99→46.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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