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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pl9 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of spinach minor light-harvesting complex CP29 at 2.80 angstrom resolution | ||||||||||||
要素 | Chlorophyll A-B binding proteinLight-harvesting complexes of green plants | ||||||||||||
キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / CP29 / Chlorophyll A-B binding protein / light-harvesting complex / membrane protein (膜タンパク質) / plant (植物) / chloroplast (葉緑体) / thylakoid (チラコイド) / photosystem II (光化学系II) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosynthesis, light harvesting / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / phosphoprotein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Spinacia oleracea (ホウレンソウ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Pan, X.W. / Li, M. / Wan, T. / Wang, L.F. / Jia, C.J. / Hou, Z.Q. / Zhao, X.L. / Zhang, J.P. / Chang, W.R. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011 タイトル: Structural insights into energy regulation of light-harvesting complex CP29 from spinach. 著者: Pan, X. / Li, M. / Wan, T. / Wang, L. / Jia, C. / Hou, Z. / Zhao, X. / Zhang, J. / Chang, W. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3pl9.cif.gz | 79.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3pl9.ent.gz | 60.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3pl9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/3pl9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/3pl9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 26735.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: F2Z293*PLUS |
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#8: 糖 |
-非ポリマー , 7種, 96分子
#2: 化合物 | ChemComp-CLA / #3: 化合物 | ChemComp-CHL / #4: 化合物 | ChemComp-LUT / ( | #5: 化合物 | ChemComp-XAT / ( | #6: 化合物 | ChemComp-NEX / ( | #7: 化合物 | ChemComp-G3P / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.39 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100mM MES, pH 6.5, 2.80% (w/v) HTG, 19% (w/v) PEG 1000, 0.1M sodium chloride, 0.19M ammonium sulfate , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.99985 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月15日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99985 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 15959 / Num. obs: 14714 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.586 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 627 / % possible all: 40.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8→42.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 3581533.95 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.4318 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→42.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.048 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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