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Yorodumi- PDB-2gf4: Crystal structure of Vng1086c from Halobacterium salinarium (Halo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2gf4 | ||||||
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Title | Crystal structure of Vng1086c from Halobacterium salinarium (Halobacterium halobium). Northeast Structural Genomics Target HsR14 | ||||||
Components | Protein Vng1086c | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Hsr14 / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Halobacterium sp. (Halophile) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.07 Å | ||||||
Authors | Benach, J. / Zhou, W. / Jayaraman, S. / Forouhar, F.F. / Janjua, H. / Xiao, R. / Ma, L.-C. / Cunningham, K. / Wang, D. / Acton, T.B. ...Benach, J. / Zhou, W. / Jayaraman, S. / Forouhar, F.F. / Janjua, H. / Xiao, R. / Ma, L.-C. / Cunningham, K. / Wang, D. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of Vng1086c from Halobacterium salinarium (Halobacterium halobium). Northeast Structural Genomics Target HsR14 Authors: Benach, J. / Zhou, W. / Jayaraman, S. / Forouhar, F.F. / Janjua, H. / Xiao, R. / Ma, L.-C. / Cunningham, K. / Wang, D. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2gf4.cif.gz | 48.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2gf4.ent.gz | 36.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2gf4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/2gf4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/2gf4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: x, -y, -z |
-Components
#1: Protein | Mass: 11655.225 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Halobacterium sp. (Halophile) / Species: Halobacterium salinarum / Strain: NRC-1 / Gene: VNG1086C / Plasmid: pET21 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): XL10 / References: UniProt: Q9HQM9 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: under oil / pH: 5 Details: 0.55M Calcium acetate 0.1 M Sodium acetate; 1ul+1ul used 25% ethylene glycol as cryoprotectant (1.5ul mother liquor + 0.5ul 100% EG), pH 5.0, Under oil, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X4A / Wavelength: 0.97877 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Feb 28, 2006 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97877 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 5.3 % / Av σ(I) over netI: 9.2 / Number: 159459 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 1.03 / D res high: 2 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 29978 / % possible obs: 99.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell | ID: 1
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Reflection | Resolution: 2→20 Å / Num. obs: 29978 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 9.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Num. unique obs: 2992 / Χ2: 1.027 / % possible all: 100 |
-Phasing
Phasing | Method: SAD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set site |
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Phasing dm | FOM : 0.59 / FOM acentric: 0.59 / FOM centric: 0.6 / Reflection: 13220 / Reflection acentric: 11878 / Reflection centric: 1342 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.07→20 Å / Isotropic thermal model: Overall / Cross valid method: THROUGHOUT / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Bsol: 54.36 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.07→20 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 44
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Xplor file |
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