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- PDB-3pih: T. maritima UvrA in complex with fluorescein-modified DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pih
タイトルT. maritima UvrA in complex with fluorescein-modified DNA
要素
  • DNA (32-MER)
  • UvrABC system protein A
キーワードHYDROLASE/DNA / hydrolase (加水分解酵素) / ABC ATPase / DNA repair (DNA修復) / nucleotide excision repair (ヌクレオチド除去修復) / UvrB / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


excinuclease ABC activity / excinuclease repair complex / SOS response / nucleotide-excision repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
UvrA, interaction domain / UvrA interaction domain / UvrABC system subunit A / UvrA DNA-binding domain / UvrA DNA-binding domain / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Dna Ligase; domain 1 / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. ...UvrA, interaction domain / UvrA interaction domain / UvrABC system subunit A / UvrA DNA-binding domain / UvrA DNA-binding domain / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Dna Ligase; domain 1 / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ピロリン酸塩 / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / UvrABC system protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Jaciuk, M. / Nowak, E. / Nowotny, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure of UvrA nucleotide excision repair protein in complex with modified DNA.
著者: Jaciuk, M. / Nowak, E. / Skowronek, K. / Tanska, A. / Nowotny, M.
履歴
登録2010年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UvrABC system protein A
D: DNA (32-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,5127
ポリマ－112,9602
非ポリマー5525
水43224
1
A: UvrABC system protein A
D: DNA (32-MER)
ヘテロ分子

A: UvrABC system protein A
D: DNA (32-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,02414
ポリマ－225,9194
非ポリマー1,10410
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area9370 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area81370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.510, 107.510, 108.256
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42

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要素

#1: タンパク質 UvrABC system protein A / UvrA protein / Excinuclease ABC subunit A


分子量: 103118.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
遺伝子: uvrA, TM_0480 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYV0
#2: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 9841.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA oligo
#3: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸 / ピロリン酸塩


分子量: 177.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 49-52% MPD, 0.1-0.2 M ammonium phosphate and 0.1 M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 26300 / Num. obs: 19081 / % possible obs: 72.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 62.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2R6F

2r6f


解像度: 2.9→48.08 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2651 1275 5.03 %random
Rwork0.198 ---
obs0.2014 -92.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.751 Å2 / ksol: 0.272 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.9588 Å2-0 Å20 Å2
2---3.9588 Å2-0 Å2
3---7.9176 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6395 653 21 24 7093
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067247
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0469951
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6042735
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631147
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041174
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.01620.3927930.25231755X-RAY DIFFRACTION61
3.0162-3.15340.33511400.26292362X-RAY DIFFRACTION83
3.1534-3.31960.3551420.23172716X-RAY DIFFRACTION94
3.3196-3.52750.31011750.21332777X-RAY DIFFRACTION97
3.5275-3.79980.30991400.18572853X-RAY DIFFRACTION98
3.7998-4.1820.25471350.17432866X-RAY DIFFRACTION99
4.182-4.78670.23291450.16082900X-RAY DIFFRACTION100
4.7867-6.02880.26361540.20822893X-RAY DIFFRACTION100
6.0288-48.08650.20811510.20182936X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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