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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ph9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the human anterior gradient protein 3 | ||||||
要素 | Anterior gradient protein 3 homolog | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / Thioredoxin fold / protein disulfide isomerase (プロテインジスルフィドイソメラーゼ) / endoplasmic reticulum (小胞体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å | ||||||
データ登録者 | Nguyen, V.D. / Ruddock, L.W. / Salin, M. / Wierenga, R.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2018 タイトル: Crystal structure of human anterior gradient protein 3. 著者: Nguyen, V.D. / Biterova, E. / Salin, M. / Wierenga, R.K. / Ruddock, L.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ph9.cif.gz | 110.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ph9.ent.gz | 85.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ph9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/3ph9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/3ph9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1senS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17932.678 Da / 分子数: 2 / 断片: Anterior gradient protein 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cytoplasmic / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGR3, BCMP11, UNQ642/PRO1272 / プラスミド: pet23a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)plysS 参照: UniProt: Q8TD06, プロテインジスルフィドイソメラーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.41 % |
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結晶化 | 温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25 % PEG 4000, 0.2 M MgCl2, 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris-Cl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月11日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond (001) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 24330 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 22.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 15.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1SEN 解像度: 1.83→45.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 5.642 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.492 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.83→45.62 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1671 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.83→1.877 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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