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- PDB-3p04: Crystal Structure of the BCR protein from Corynebacterium glutami... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p04
タイトルCrystal Structure of the BCR protein from Corynebacterium glutamicum. Northeast Structural Genomics Consortium Target CgR8
要素Uncharacterized BCR
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / sepF homolog / DUF552 / PSI-Biology / NESG / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / cell division (細胞分裂) / cytoplasma
機能・相同性
機能・相同性情報


FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Cell division protein SepF / SepF-like protein / Cell division protein SepF/SepF-related / SepF-like superfamily / Cell division protein SepF / Translation Initiation Factor IF3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division protein SepF
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Hamilton, H. / Xiao, R. / Patel, D.J. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. ...Vorobiev, S. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Hamilton, H. / Xiao, R. / Patel, D.J. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the BCR protein from Corynebacterium glutamicum. Northeast Structural Genomics Consortium Target CgR8.
著者: Vorobiev, S. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Hamilton, H. / Xiao, R. / Patel, D.J. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2010年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized BCR
B: Uncharacterized BCR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7092
ポリマ－19,7092
非ポリマー00
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.867, 57.885, 76.424
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized BCR


分子量: 9854.664 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 64-141 / 変異: R120H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
遺伝子: cg2363, Cgl2152 / プラスミド: CgR8-64-141-21.27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) +magic / 参照: UniProt: Q8NNN6
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.13 %
結晶化温度: 278 K / 手法: microbatch under paraffin oil / pH: 5.1
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium citrate, pH 5.1, Microbatch under Paraffin oil, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97899 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月21日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97899 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 15202 / Num. obs: 15202 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique all: 1516 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→38.212 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 702 4.64 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.207 15823 99.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.188 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.212 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1133 0 0 91 1224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.403
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.334
精密化 TLS

S33: -0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1810.04670.30420.2750.21940.1130.0242-0.0044-0.0563-0.0548-0.02780.0176-0.0356-0.01180.07270.0210.00480.0676-0.00080.077226.097333.329539.0424
20.1848-0.69840.1460.75410.02590.8367-0.04-0.06010.0093-0.0160.04140.02310.0540.00390.0297-0.01350.01070.0217-0.03150.000125.295425.135621.9482
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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