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- PDB-5zx9: Crystal structure of apo form fibronectin-binding protein Apa fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zx9
タイトルCrystal structure of apo form fibronectin-binding protein Apa from Mycobacterium tuberculosis
要素Alanine and proline-rich secreted protein Apa
キーワードPROTEIN BINDING / substrate binding / Cyclolavandulyl diphosphate synthase / inhibitor
機能・相同性Fibronectin-attachment / Fibronectin-attachment protein (FAP) domain / extracellular matrix binding / cellular response to starvation / cell surface / extracellular region / Alanine and proline-rich secreted protein Apa
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Gao, J. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2019
タイトル: Functional and structural investigations of fibronectin-binding protein Apa from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Kuo, C.J. / Gao, J. / Huang, J.W. / Ko, T.P. / Zhai, C. / Ma, L. / Liu, W. / Dai, L. / Chang, Y.F. / Chen, T.H. / Hu, Y. / Yu, X. / Guo, R.T. / Chen, C.C.
履歴
登録2018年5月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanine and proline-rich secreted protein Apa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8342
ポリマ－32,7421
非ポリマー921
水4,756264
1
A: Alanine and proline-rich secreted protein Apa
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,00212
ポリマ－196,4496
非ポリマー5536
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area13850 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area39750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.666, 118.666, 117.894
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-643-

HOH

21A-729-

HOH

31A-730-

HOH

41A-740-

HOH

51A-743-

HOH

61A-747-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Alanine and proline-rich secreted protein Apa / 45 kDa glycoprotein / 45/47 kDa antigen / Antigen MPT-32 / FAP-B / Fibronectin attachment protein / ...45 kDa glycoprotein / 45/47 kDa antigen / Antigen MPT-32 / FAP-B / Fibronectin attachment protein / Immunogenic protein MPT32


分子量: 32741.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: 1860c / プラスミド: pET46Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WIR7
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.58 % / Mosaicity: 0.865 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 8000, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M (NH4)2SO4, 10% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月16日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→25 Å / Num. obs: 46832 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16.8 % / Biso Wilson estimate: 25.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 1.078 / Net I/σ(I): 17.8 / Num. measured all: 787523
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
1.55-1.6113.40.99946450.8240.2811.152100
1.61-1.6716.20.72446470.9280.1851.171000.747
1.67-1.7516.40.546590.9630.1271.2161000.516
1.75-1.8416.70.30946690.9830.0781.0751000.319
1.84-1.95170.20446420.9920.0511.0251000.21
1.95-2.117.30.14946730.9950.0371.0821000.154
2.1-2.3117.70.10646800.9970.0261.0661000.11
2.31-2.6517.80.0847110.9980.0191.0821000.083
2.65-3.34180.07247070.9990.0170.9381000.074
3.342-2517.50.04147990.9990.011.0299.10.042

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→23.479 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1704 2000 4.27 %
Rwork0.1566 44822 -
obs0.1572 46822 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 114.26 Å2 / Biso mean: 35.0786 Å2 / Biso min: 18.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→23.479 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1244 0 6 264 1514
Biso mean--44.89 49.43 -
残基数----165
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0161392
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4571910
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.109204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01253
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.514844
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5425-1.5810.27651400.22143149328998
1.581-1.62380.19691410.206131603301100
1.6238-1.67150.21161420.184631863328100
1.6715-1.72550.19361430.173631793322100
1.7255-1.78710.18771410.158231843325100
1.7871-1.85860.17381430.16331873330100
1.8586-1.94320.15771420.158531883330100
1.9432-2.04560.19511430.160332023345100
2.0456-2.17370.18351420.156732033345100
2.1737-2.34140.17321440.157331943338100
2.3414-2.57670.14961430.160132263369100
2.5767-2.9490.18611440.165532263370100
2.949-3.7130.17911450.149532433388100
3.713-23.4820.14711470.1473295344299
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.1762 Å / Origin y: 5.8597 Å / Origin z: 72.1697 Å
111213212223313233
T0.1747 Å2-0.0311 Å2-0.0047 Å2-0.1851 Å2-0.0045 Å2--0.177 Å2
L1.4191 °20.2993 °20.0259 °2-0.6193 °20.1569 °2--0.9458 °2
S0.0652 Å °-0.0692 Å °0.0026 Å °0.0761 Å °-0.0181 Å °-0.0385 Å °-0.0311 Å °0.0718 Å °0.0002 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA110 - 401
2X-RAY DIFFRACTION1allA501 - 764

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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