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- PDB-3ovq: Crystal Structure of hRPE and D-Ribulose-5-Phospate Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ovq
タイトルCrystal Structure of hRPE and D-Ribulose-5-Phospate Complex
要素Ribulose-phosphate 3-epimeraseリブロース-5-リン酸-3-エピメラーゼ
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / D-Ribulose-5-Phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


リブロース-5-リン酸-3-エピメラーゼ / D-ribulose-phosphate 3-epimerase activity / ペントースリン酸経路 / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
リブロース-5-リン酸-3-エピメラーゼ / Ribulose-phosphate 3-epimerase family signature 2. / Ribulose-phosphate 3-epimerase family signature 1. / Ribulose-phosphate 3-epimerase-like / Ribulose-phosphate 3 epimerase family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リブロース-5-リン酸 / : / リブロース-5-リン酸-3-エピメラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.999 Å
データ登録者Liang, W.G. / Ouyang, S.Y. / Shaw, N. / Joachimiak, A. / Zhang, R.G. / Liu, Z.J.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2011
タイトル: Conversion of D-ribulose 5-phosphate to D-xylulose 5-phosphate: new insights from structural and biochemical studies on human RPE
著者: Liang, W.G. / Ouyang, S.Y. / Shaw, N. / Joachimiak, A. / Zhang, R.G. / Liu, Z.J.
履歴
登録2010年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年12月21日Group: Structure summary
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose-phosphate 3-epimerase
B: Ribulose-phosphate 3-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,69113
ポリマ－49,9092
非ポリマー3,78211
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area17010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.785, 43.535, 72.269
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ribulose-phosphate 3-epimerase / リブロース-5-リン酸-3-エピメラーゼ / D-Ribulose-5-Phosphate 3-Epimerase


分子量: 24954.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPE, HUSSY-17 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96AT9, リブロース-5-リン酸-3-エピメラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 糖 ChemComp-5RP / RIBULOSE-5-PHOSPHATE / リブロ-ス5-りん酸 / リブロース-5-リン酸


タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H11O8P
#4: 化合物
ChemComp-XPE / 3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL / DECAETHYLENE GLYCOL / デカエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 458.541 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42O11 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.61 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M Sodium choride, 0.1M BIS-TRIS, 25%(w/v) Polyethylene glycol 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 35837 / Num. obs: 35837 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 6.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OVP

3ovp


解像度: 1.999→25.939 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8959 / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 17.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.191 1324 5.08 %
Rwork0.1472 --
obs0.1495 26067 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.225 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 95.23 Å2 / Biso mean: 31.9733 Å2 / Biso min: 14.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1534 Å20 Å21.7322 Å2
2--5.2555 Å20 Å2
3----3.1021 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.999→25.939 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3326 0 99 154 3579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073832
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0335213
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07559
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005695
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2611522
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9991-2.07910.19531340.12552675280998
2.0791-2.17370.19821200.12442752287299
2.1737-2.28820.18041450.1292742288799
2.2882-2.43150.17681390.13482718285799
2.4315-2.6190.20741370.14327372874100
2.619-2.88230.19751620.154627502912100
2.8823-3.29870.21031700.164227432913100
3.2987-4.15320.17421470.134127802927100
4.1532-25.94140.18091700.150928463016100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4362-0.37110.00990.7918-0.13160.01480.35850.29650.4287-0.3498-0.13610.34620.1723-0.17030.00480.2098-0.07240.03950.3462-0.05390.256418.09828.385726.2648
20.57240.2121-0.710.4228-0.64261.01190.0426-0.0869-0.1117-0.0009-0.0109-0.0803-0.09560.15150.00010.1998-0.02620.00070.2282-0.00430.208418.41664.179318.042
30.1111-0.0156-0.03470.37-0.28810.2188-0.0827-0.113-0.3484-0.0378-0.0322-0.3186-0.00340.38670.00010.23270.0113-0.01480.32880.03490.339826.306-3.13921.4499
40.69650.19960.10390.3706-0.34672.0477-0.0068-0.0478-0.33490.0094-0.008-0.10850.4122-0.0058-00.2193-0.0175-0.0010.14320.03210.20298.6227-7.768924.8536
50.9864-0.1381-0.84530.62950.5691.92540.1148-0.34950.17110.2654-0.03780.0115-0.31250.013900.2701-0.02270.0120.2216-0.01080.19666.29116.689133.3916
60.0436-0.119-0.00480.32260.0090.11480.09340.52320.7112-0.42140.4214-0.6951-1.20160.870.0130.5879-0.24410.14870.4211-0.02070.376122.634517.735322.6764
7-0.0155-0.0158-0.00060.0256-0.03640.0148-0.0238-1.3308-0.05860.78360.0898-0.28980.0148-0.5123-0.00020.5153-0.0861-0.04380.8159-0.14450.398519.159514.784537.9134
80.096-0.0231-0.26540.011-0.12352.158-0.3298-0.3503-0.14030.2086-0.0299-0.43030.60580.135-0.02270.1807-0.0014-0.01620.2693-0.0220.152923.3509-2.4559-8.2385
90.1173-0.06230.08290.0619-0.10080.15440.1165-0.0018-0.281-0.0029-0.1487-0.1710.15040.19860.00010.2113-0.04940.00670.2960.01110.26928.01111.75921.9138
100.269-0.00510.49680.77620.68671.39-0.01440.04080.1544-0.07570.0728-0.0165-0.07230.108300.1322-0.00570.00670.1542-0.00160.197415.29792.52071.4561
111.4309-0.07690.00441.2858-0.2241.039-0.00730.0970.0874-0.11440.02340.10650.0031-0.154300.12670.0106-0.0240.14960.02080.1555.3237-1.5104-7.3063
121.76840.3674-0.0640.92930.63260.492-0.10920.0584-0.2493-0.07070.1262-0.22140.20850.1947-0.00010.23490.01080.00960.2672-0.01840.247717.7345-12.3696-12.6692
130.0841-0.2037-0.07360.5037-0.06770.2002-0.14180.21910.0466-0.0023-0.0212-0.3981-0.37290.74640.00020.28370.04110.02980.3143-0.02890.400331.9658-4.7137-10.4066
140.0766-0.1233-0.05720.18690.10880.11540.30320.01790.5785-0.5044-0.059-0.7317-0.47160.31920.0080.52930.1737-0.11010.3710.03010.310525.5941-8.7485-25.6814
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 4:14)A4 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 15:52)A15 - 52
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 53:68)A53 - 68
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 69:125)A69 - 125
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 126:197)A126 - 197
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 198:208)A198 - 208
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 209:222)A209 - 222
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 5:11)B5 - 11
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 12:31)B12 - 31
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 32:75)B32 - 75
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 76:143)B76 - 143
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 144:199)B144 - 199
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 200:218)B200 - 218
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 219:223)B219 - 223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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