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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3o61 | ||||||
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タイトル | Structure of the E100A E.coli GDP-mannose hydrolase (yffh) in complex with GDP-mannose and Mg++ | ||||||
要素 | GDP-mannose pyrophosphatase nudK | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / nudix / GDP_mannose / biofilm (バイオフィルム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GDP-mannose hydrolase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Amzel, L.M. / Gabelli, S.B. / Boto, A.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2011 タイトル: Structural studies of the Nudix GDP-mannose hydrolase from E. coli reveals a new motif for mannose recognition. 著者: Boto, A.N. / Xu, W. / Jakoncic, J. / Pannuri, A. / Romeo, T. / Bessman, M.J. / Gabelli, S.B. / Amzel, L.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3o61.cif.gz | 316.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3o61.ent.gz | 260.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3o61.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/3o61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/3o61 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 21715.598 Da / 分子数: 4 / 変異: E100A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2467, JW2451, nudK, yffH / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P37128, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 |
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-非ポリマー , 5種, 123分子
#2: 化合物 | ChemComp-GDD / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.26 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20-26% PEG 3350, 0.2 M Mg Cl, 0.1 M Tris HCL pH 8.5, 4mM GDP-mannose at a ratio of 1:1 protein:reservoir, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9787 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月14日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9787 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.45→32.4 Å / Num. obs: 32636 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 2.217 / Net I/σ(I): 14.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3O52 解像度: 2.45→32.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 21.735 / SU ML: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.333 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 80.26 Å2 / Biso mean: 53.14 Å2 / Biso min: 28.81 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→32.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.451→2.515 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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