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- PDB-3nz2: Crystal Structure of Hexapeptide-Repeat containing-Acetyltransfer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nz2
タイトルCrystal Structure of Hexapeptide-Repeat containing-Acetyltransferase VCA0836 Complexed with Acetyl Co Enzyme A from Vibrio cholerae O1 biovar eltor
要素Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / beta-helix / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


O-acyltransferase activity / acetyltransferase activity / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Maltose/galactoside acetyltransferase / Maltose acetyltransferase / Maltose acetyltransferase / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) ...Maltose/galactoside acetyltransferase / Maltose acetyltransferase / Maltose acetyltransferase / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / 酢酸 / 1,4-ブタンジオール / Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar eltor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Kim, Y. / Maltseva, N. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Hexapeptide-Repeat containing-Acetyltransferase VCA0836 Complexed with Acetyl Co Enzyme A from Vibrio cholerae O1 biovar eltor
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
B: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
C: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
D: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
E: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
F: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
G: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
H: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
I: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
J: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
K: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
L: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)271,76345
ポリマ－260,75712
非ポリマー11,00633
水18,4111022
1
A: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
B: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
C: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
D: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
E: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
F: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,94324
ポリマ－130,3796
非ポリマー5,56518
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
H: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
I: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
J: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
K: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
L: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,81921
ポリマ－130,3796
非ポリマー5,44115
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
B: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
C: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,98513
ポリマ－65,1893
非ポリマー2,79610
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8170 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area24650 Å2
手法PISA
4
D: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
E: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
F: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,95811
ポリマ－65,1893
非ポリマー2,7688
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7780 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area24680 Å2
手法PISA
5
G: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
H: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
I: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,86410
ポリマ－65,1893
非ポリマー2,6747
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7350 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area24650 Å2
手法PISA
6
J: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
K: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
L: Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,95611
ポリマ－65,1893
非ポリマー2,7668
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7330 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area25160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.316, 135.801, 120.535
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase


分子量: 21729.754 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar eltor (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: VC_A0836 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q9KLB0

-
非ポリマー , 7種, 1055分子

#2: 化合物
ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) / アセチルCoA


分子量: 809.571 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸 / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル / 1,4-ブタンジオール


分子量: 90.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1022 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M Acetate pH 4.5, 20% (v/v) 1,4-butanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月30日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 100668 / Num. obs: 100668 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 29.8 % / Rsym value: 0.177 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.778 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBID 3ECT

3ect


解像度: 2.35→46.632 Å / SU ML: 0.36 / Isotropic thermal model: mixed / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2534 5018 5.01 %
Rwork0.188 --
obs0.1912 100184 96.89 %
all-100184 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.869 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.0717 Å2-0 Å2-1.0181 Å2
2---1.8922 Å20 Å2
3---10.9638 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→46.632 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17020 0 690 1022 18732
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01318136
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.44324634
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.7957217
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0962722
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0113151
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.4340.32324920.24149232X-RAY DIFFRACTION94
2.434-2.53140.30695030.22679567X-RAY DIFFRACTION98
2.5314-2.64660.29054870.22299616X-RAY DIFFRACTION98
2.6466-2.78610.29315030.19959551X-RAY DIFFRACTION98
2.7861-2.96070.26645180.18029469X-RAY DIFFRACTION97
2.9607-3.18920.24615030.17489398X-RAY DIFFRACTION96
3.1892-3.51010.24625080.17369313X-RAY DIFFRACTION95
3.5101-4.01770.22874730.16969444X-RAY DIFFRACTION96
4.0177-5.06090.20645070.15369673X-RAY DIFFRACTION98
5.0609-46.64160.25565240.21849903X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1548-0.0774-0.00670.0682-0.0350.0544-0.02580.0292-0.0534-0.04110.02360.03520.02190.0624-0.00620.0852-0.0149-0.01120.1044-0.0130.02485.6749-1.702547.9313
20.1883-0.03840.03550.55860.07410.57440.06170.0456-0.01880.118-0.02270.1760.04560.0064-0.00380.042-0.00930.02960.0282-0.01160.0578-8.615915.153960.0164
30.149-0.10980.08950.19660.03310.2532-0.06440.0482-0.06420.07210.05690.0502-0.05190.0233-0.01620.07580.01030.02580.0407-0.01220.02915.4174-2.230972.8382
40.24830.10560.09820.20840.01850.3551-0.09470.14150.1294-0.03660.02010.0593-0.03480.00650.06720.0453-0.0044-0.03750.11030.02310.091732.235937.495545.7251
50.69330.02910.17450.1940.15840.23940.00360.0799-0.1162-0.0002-0.0586-0.0005-0.00380.04350.03460.0411-0.0089-0.00450.040.00580.074444.229421.639260.1577
60.860.2804-0.02950.2460.21450.4065-0.0405-0.14140.34320.0283-0.05720.16830.0051-0.01660.08620.03440.0035-0.00990.0562-0.06460.162431.007239.873470.2416
70.255-0.10160.10180.6159-0.14320.2848-0.02540.1678-0.0433-0.04150.00180.10330.01780.05710.02140.02120.0034-0.00860.0755-0.00320.183842.727952.2446108.2846
81.115-0.02990.15060.2276-0.10570.0750.01120.0631-0.2702-0.00010.01540.0166-0.01080.0028-0.0270.00290.0132-0.00480.01690.05590.153941.681252.648132.3963
90.36140.08450.10890.23490.12360.34480.01540.05610.09860.0165-0.07030.18890.05670.01970.04960.0376-0.0022-0.03010.05190.01060.171228.190768.8259121.0684
100.33650.09870.12610.5512-0.12840.10640.01210.01080.01950.0677-0.02970.0868-0.03680.03310.0090.03220.00720.00820.0357-0.00930.019668.252793.2018130.5801
110.25720.0776-0.02540.2148-0.03740.0138-0.03440.11540.01630.03080.06890.042-0.0422-0.0367-0.03350.04520.0092-0.00870.09150.02950.023868.512491.5426106.4601
120.28180.15010.04840.2011-0.10920.17010.09140.0092-0.0530.0832-0.052-0.0361-0.0471-0.0441-0.02370.0472-0.0048-0.00570.0814-0.00020.022580.726476.3433119.5867
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F
7X-RAY DIFFRACTION7chain G
8X-RAY DIFFRACTION8chain H
9X-RAY DIFFRACTION9chain I
10X-RAY DIFFRACTION10chain J
11X-RAY DIFFRACTION11chain K
12X-RAY DIFFRACTION12chain L

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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