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- PDB-3nz0: Non-phosphorylated TYK2 kinase with CMP6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nz0
タイトルNon-phosphorylated TYK2 kinase with CMP6
要素Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / protein kinase (プロテインキナーゼ) / tyrosine phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


type III interferon-mediated signaling pathway / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of NK T cell proliferation / interleukin-12-mediated signaling pathway / Interleukin-12 signaling / Interleukin-35 Signalling ...type III interferon-mediated signaling pathway / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of NK T cell proliferation / interleukin-12-mediated signaling pathway / Interleukin-12 signaling / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / growth hormone receptor binding / Other interleukin signaling / extrinsic component of plasma membrane / Interleukin-20 family signaling / type I interferon-mediated signaling pathway / Interleukin-6 signaling / positive regulation of interleukin-17 production / MAPK3 (ERK1) activation / Interleukin-10 signaling / MAPK1 (ERK2) activation / positive regulation of natural killer cell proliferation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Regulation of IFNA/IFNB signaling / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / type II interferon-mediated signaling pathway / Signaling by CSF3 (G-CSF) / positive regulation of T cell proliferation / non-specific protein-tyrosine kinase / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cytoplasmic side of plasma membrane / cellular response to virus / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of protein localization to nucleus / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / protein tyrosine kinase activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Potential therapeutics for SARS / 細胞分化 / 細胞骨格 / intracellular signal transduction / 免疫応答 / protein phosphorylation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular exosome / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor, TYK2, N-terminal / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor, TYK2, N-terminal / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IZA / Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Eigenbrot, C. / Ultsch, M.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: A new regulatory switch in a JAK protein kinase.
著者: Tsui, V. / Gibbons, P. / Ultsch, M. / Mortara, K. / Chang, C. / Blair, W. / Pulk, R. / Stanley, M. / Starovasnik, M. / Williams, D. / Lamers, M. / Leonard, P. / Magnuson, S. / Liang, J. / Eigenbrot, C.
履歴
登録2010年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2952
ポリマ－34,9861
非ポリマー3091
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.590, 64.910, 83.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2


分子量: 34986.059 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase domain JH1 / 変異: Asp1023Asn / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29597, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-IZA / 2-TERT-BUTYL-9-FLUORO-3,6-DIHYDRO-7H-BENZ[H]-IMIDAZ[4,5-F]ISOQUINOLINE-7-ONE / 2-(1,1-DIMETHYLETHYL)9-FLUORO-3,6-DIHYDRO-7H-BENZ[H]-IMIDAZ[4,5-F]ISOQUINOLIN-7-ONE / ピリドン6


分子量: 309.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H16FN3O
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 0
詳細: KSCN, PEG3350, hexafluoro-2-propanol, pH 0.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月1日
放射モノクロメーター: coated mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 24750 / Num. obs: 24354 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 11

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2B7A

2b7a


解像度: 2→28.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 9.769 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25347 1096 5.2 %RANDOM
Rwork0.20879 ---
all0.212 20110 --
obs0.21102 20105 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.401 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2331 0 23 173 2527
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222446
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.021694
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2851.9773318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87934100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6255287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.70323.025119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.67815419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.711518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02523
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.2520
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.21805
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.21159
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.21183
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2410.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8662.51865
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3412.5577
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.18352310
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3762.51281
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.27951008
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.108 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 128 -
Rwork0.231 2874 -
obs--98.56 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.3108 Å / Origin y: -4.5397 Å / Origin z: -0.1512 Å
111213212223313233
T-0.014 Å2-0.0051 Å20.0001 Å2--0.0185 Å2-0.0011 Å2---0.0403 Å2
L0.6099 °2-0.2892 °20.0926 °2-0.5572 °2-0.087 °2--0.2571 °2
S-0.0211 Å °-0.0354 Å °0.037 Å °0.0389 Å °0.0217 Å °-0.0023 Å °-0.0165 Å °-0.0034 Å °-0.0006 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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