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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mzi | ||||||
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タイトル | Crystallographic structure of the pseudo-Signaling State of the BLUF Photoreceptor PixD (slr1694) Y8F mutant | ||||||
要素 | Activator of photopigment and puc expression | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / BLUF (blue-light using FAD) domain / signaling state / phototaxis (走光性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.304 Å | ||||||
データ登録者 | Yuan, H. / Bauer, C.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011 タイトル: Mutational and Structural Studies of the PixD BLUF Output Signal That Affects Light-Regulated Interactions with PixE. 著者: Yuan, H. / Dragnea, V. / Wu, Q. / Gardner, K.H. / Bauer, C.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mzi.cif.gz | 360.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mzi.ent.gz | 301.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mzi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/3mzi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/3mzi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2hfnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17341.738 Da / 分子数: 6 / 変異: Y8F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 株: PCC 6803 / 遺伝子: slr1694 / プラスミド: pTYB12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TunerDE3 / 参照: UniProt: P74295 #2: 化合物 | ChemComp-FMN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, 0.01 M Spermidine, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.24 Å |
検出器 | タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal 7000 with Si(111) crystals プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.24 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 37424 / % possible obs: 53.9 % / Observed criterion σ(F): 3.4 / Observed criterion σ(I): 4.5 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 13.08 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.217 / Mean I/σ(I) obs: 4.49 / Rsym value: 0.245 / % possible all: 8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2HFN; chain A 解像度: 2.304→49.925 Å / Isotropic thermal model: overall / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.33 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F / 詳細: twin law "h,-k,-h-l" was used during refinement
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.928 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.304→49.925 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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