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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hfn
タイトルCrystal Structures of the Synechocystis Photoreceptor Slr1694 Reveal Distinct Structural States Related to Signaling
要素Synechocystis Photoreceptor (Slr1694)
キーワードELECTRON TRANSPORT / Beta Sheet ferredoxin-like fold / flavin binding protein / photoreceptor
機能・相同性
機能・相同性情報


blue light photoreceptor activity / FAD binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1540 / Sensors of blue-light using FAD / BLUF domain profile. / BLUF domain / Sensors of blue-light using FAD / Acylphosphatase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits - #100 / Helix Hairpins / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich ...Helix Hairpins - #1540 / Sensors of blue-light using FAD / BLUF domain profile. / BLUF domain / Sensors of blue-light using FAD / Acylphosphatase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits - #100 / Helix Hairpins / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Activator of photopigment and puc expression
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Yuan, H. / Anderson, S. / Masuda, S. / Dragnea, V. / Moffat, K. / Bauer, C.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Crystal structures of the Synechocystis photoreceptor Slr1694 reveal distinct structural states related to signaling.
著者: Yuan, H. / Anderson, S. / Masuda, S. / Dragnea, V. / Moffat, K. / Bauer, C.E.
履歴
登録2006年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Synechocystis Photoreceptor (Slr1694)
B: Synechocystis Photoreceptor (Slr1694)
C: Synechocystis Photoreceptor (Slr1694)
D: Synechocystis Photoreceptor (Slr1694)
E: Synechocystis Photoreceptor (Slr1694)
F: Synechocystis Photoreceptor (Slr1694)
G: Synechocystis Photoreceptor (Slr1694)
H: Synechocystis Photoreceptor (Slr1694)
I: Synechocystis Photoreceptor (Slr1694)
J: Synechocystis Photoreceptor (Slr1694)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,80420
ポリマ－176,24010
非ポリマー4,56310
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.927, 118.109, 97.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is not decided yet.

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要素

#1: タンパク質
Synechocystis Photoreceptor (Slr1694)


分子量: 17624.018 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P74295
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M tri-sodium Citrate 20% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.12714 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12714 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→48.51 Å / Num. obs: 163678 / % possible obs: 97.34 %
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→48.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 5.423 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26649 8644 5 %RANDOM
Rwork0.24008 ---
obs0.24142 163678 97.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.131 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11195 0 310 148 11653
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02211746
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4411.99815993
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.08851402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.67524.469546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.27151981
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.9231580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.21778
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.25468
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.28147
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2418
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3740.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9251.57386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.263211466
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.09135390
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2044.54527
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 679 -
Rwork0.332 12272 -
obs--99.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.33760.1561-0.39142.57110.3711.88430.04010.14730.0653-0.0806-0.06940.4039-0.1454-0.28830.0293-0.08780.0426-0.0029-0.06010.0185-0.0796-80.160927.875557.6362
21.9005-0.328-0.42733.07971.11972.157-0.07730.1779-0.19180.0162-0.18010.61630.2276-0.45110.2574-0.1108-0.08670.0335-0.0139-0.06060.0217-83.89946.125857.3147
31.8653-0.64230.05213.1697-0.12251.82730.04470.17830.2716-0.2637-0.0496-0.551-0.15380.2170.0048-0.0508-0.04640.0826-0.0640.01440.0355-42.525123.037244.5803
40.9153-0.0495-0.13022.52170.35372.01270.04090.04920-0.24770.0215-0.25770.05520.039-0.0623-0.0064-0.02030.0415-0.0536-0.0145-0.0423-46.96921.804542.3
52.33130.09171.03252.3246-0.34642.83350.0168-0.14330.071-0.053-0.0627-0.236-0.11240.37580.0459-0.2016-0.0422-0.0931-0.00760.00060.0168-18.670117.049276.2004
61.5866-0.4172-0.19153.6235-0.291.904-0.0093-0.0659-0.0284-0.0189-0.1029-0.40960.14720.24250.1122-0.18410.0578-0.0745-0.03660.0520.0701-22.5945-4.847773.7313
72.53550.484-0.79892.6261-0.23112.27570.123-0.67220.17590.22430.0034-0.1657-0.02320.2721-0.1264-0.1961-0.104-0.13720.1549-0.0985-0.192-41.280618.9485109.1983
83.2020.879-0.25842.756-0.29841.75130.0335-0.8778-0.31610.3431-0.1258-0.14420.23130.39350.0923-0.0895-0.0552-0.15110.22990.1711-0.2045-43.6926-2.8587107.8707
91.98230.50110.37333.10770.39612.12220.0712-0.23430.24020.3096-0.10780.0812-0.1578-0.10730.0366-0.0612-0.09470.0336-0.0497-0.0357-0.15-79.236725.68897.5132
101.351-0.0841-0.43364.46630.32773.18070.022-0.1169-0.09640.4328-0.11440.25680.3125-0.10590.09240.0212-0.11570.0316-0.05830.0159-0.1534-82.12343.708497.3143
112.5453-0.3171-1.1881.94940.04871.65050.17010.11880.2374-0.0944-0.0236-0.1592-0.2529-0.0996-0.1464-0.02640.02580.0254-0.11390.0287-0.1247-65.930632.16953.9628
120.94540.51550.40590.3321-0.19373.5450.013-0.061-0.28640.1908-0.07090.00360.5215-0.40470.05790.0229-0.10680.0648-0.0781-0.0042-0.0799-82.9444-0.660370.8251
130.9819-0.52331.63641.4843-0.24633.0521-0.09110.26860.35940.2412-0.0447-0.4243-0.3120.36530.1358-0.0682-0.0878-0.0459-0.02260.03560.1064-34.421326.958556.6816
141.5338-0.1636-0.97621.2648-0.1490.6786-0.04860.2329-0.23860.0132-0.04340.10820.1368-0.08170.092-0.0194-0.04560.0088-0.0226-0.0612-0.0656-61.0013-2.887447.293
151.96870.1898-1.19290.74151.30523.57850.1506-0.38270.45710.0345-0.08470.0647-0.26840.3568-0.0658-0.1694-0.0802-0.10830.0332-0.09460.0708-26.321923.541887.7771
164.2202-1.07682.20981.214-0.59173.08020.12560.3198-0.398-0.2404-0.08440.08630.47180.3583-0.0412-0.11780.0268-0.0484-0.1219-0.0335-0.008-33.3013-8.306563.6054
172.6584-0.89750.44581.99250.53860.35580.2285-0.27310.4410.0775-0.020.1554-0.00830.1431-0.2085-0.2011-0.1891-0.09230.0104-0.103-0.1472-53.800727.409105.1214
182.649-0.4223-1.65670.18690.86994.1055-0.1606-0.4852-0.56920.03160.0277-0.18210.54640.0590.1329-0.0586-0.0184-0.1133-0.01990.1608-0.0176-37.6732-9.199795.1168
191.00180.2493-0.86672.1053-0.5542.70620.1197-0.0710.2665-0.0882-0.1615-0.0537-0.2133-0.11980.0418-0.0433-0.0460.064-0.1138-0.0336-0.0995-77.479832.308683.886
204.9276-0.89421.72462.632-0.82271.8230.1991-0.3105-0.54820.2299-0.0592-0.32020.13440.0279-0.1399-0.0177-0.1193-0.0396-0.05170.0854-0.1322-69.3685-4.5588100.0789
212.9481-0.87-1.163713.3416.29526.72330.00210.01020.15040.00410.0892-0.1196-0.26850.0057-0.0913-0.06650.00040.0105-0.09220.0339-0.116-65.401829.336959.8559
225.675-1.46930.690712.60743.05597.75180.04970.2172-0.17230.4712-0.15330.05481.02930.06630.10360.0591-0.04060.0545-0.14680.0338-0.1719-76.99450.328569.2886
234.7295-2.1793-1.892531.06150.99937.80570.0020.29470.39330.3799-0.3404-0.0634-0.032-0.68060.3384-0.1998-0.0619-0.0859-0.0857-0.0578-0.0997-39.933225.82559.1527
243.3544-4.4658-0.436417.82530.28522.9157-0.06440.1118-0.09370.2548-0.0536-0.04170.0729-0.09590.118-0.0727-0.06020.0191-0.0712-0.0238-0.128-57.1982-1.704252.8677
257.03063.5115-2.334616.4726-6.2377.79190.23380.05650.35740.53540.06760.1422-0.1159-0.0814-0.3014-0.2088-0.0219-0.0679-0.0998-0.0712-0.0293-30.73322.589183.3628
264.80870.4839-0.957720.9541-6.34266.1006-0.1897-0.2471-0.2904-0.08760.2508-0.20860.1155-0.0928-0.0611-0.21010.0125-0.0944-0.1238-0.0005-0.0438-36.5886-5.680268.3545
2711.77987.0558-2.720216.5517-0.78893.55180.2491-0.01250.336-0.03220.0262-0.0755-0.16910.2684-0.2753-0.2445-0.0841-0.1279-0.0217-0.0705-0.1948-50.938125.159699.6344
286.58442.368-0.017510.347-1.53616.20150.0437-0.3068-0.1026-0.0061-0.01970.0190.2261-0.2124-0.024-0.1619-0.0458-0.0745-0.02050.1118-0.1732-43.0674-6.13993.2007
299.05656.1193-3.062917.66151.66768.8429-0.0343-0.7676-0.2178-0.1041-0.2561-0.4141-0.15950.70540.2904-0.0768-0.05830.0566-0.03790.0527-0.1523-71.772729.240484.9411
303.6253.10242.115316.68864.05186.96560.39810.4702-0.28290.0523-0.295-0.52790.10940.0591-0.1031-0.1182-0.0059-0.0206-0.06760.0363-0.1584-68.5729-2.200294.1767
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA7 - 907 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2BB7 - 907 - 90
3X-RAY DIFFRACTION3CC7 - 907 - 90
4X-RAY DIFFRACTION4DD7 - 907 - 90
5X-RAY DIFFRACTION5EE7 - 907 - 90
6X-RAY DIFFRACTION6FF7 - 907 - 90
7X-RAY DIFFRACTION7GG7 - 907 - 90
8X-RAY DIFFRACTION8HH7 - 907 - 90
9X-RAY DIFFRACTION9II7 - 907 - 90
10X-RAY DIFFRACTION10JJ7 - 907 - 90
11X-RAY DIFFRACTION11AA91 - 13091 - 130
12X-RAY DIFFRACTION12BB91 - 13091 - 130
13X-RAY DIFFRACTION13CC91 - 13091 - 130
14X-RAY DIFFRACTION14DD91 - 13091 - 130
15X-RAY DIFFRACTION15EE91 - 13091 - 130
16X-RAY DIFFRACTION16FF91 - 13091 - 130
17X-RAY DIFFRACTION17GG91 - 13091 - 130
18X-RAY DIFFRACTION18HH91 - 13091 - 130
19X-RAY DIFFRACTION19II91 - 13091 - 130
20X-RAY DIFFRACTION20JJ91 - 13091 - 130
21X-RAY DIFFRACTION21AA131 - 140131 - 140
22X-RAY DIFFRACTION22BB131 - 140131 - 140
23X-RAY DIFFRACTION23CC131 - 140131 - 140
24X-RAY DIFFRACTION24DD131 - 140131 - 140
25X-RAY DIFFRACTION25EE131 - 140131 - 140
26X-RAY DIFFRACTION26FF131 - 140131 - 140
27X-RAY DIFFRACTION27GG131 - 140131 - 140
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29X-RAY DIFFRACTION29II131 - 140131 - 140
30X-RAY DIFFRACTION30JJ131 - 140131 - 140

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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