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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mwh | ||||||
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タイトル | The 1.4 Ang crystal structure of the ArsD arsenic metallochaperone provides insights into its interactions with the ArsA ATPase | ||||||
要素 | Arsenical resistance operon trans-acting repressor arsD | ||||||
キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / ALPHA+BETA / ARSENICAL RESISTANCE / REPRESSOR (リプレッサー) / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSCRIPTION REGULATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to arsenic-containing substance / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Ye, J. / Ajees, A.A. / Yang, J. / Rosen, B.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010 タイトル: The 1.4 A crystal structure of the ArsD arsenic metallochaperone provides insights into its interaction with the ArsA ATPase. 著者: Ye, J. / Ajees, A.A. / Yang, J. / Rosen, B.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mwh.cif.gz | 53.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mwh.ent.gz | 38.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mwh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/3mwh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/3mwh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12020.948 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: arsD, R773 / プラスミド: pTYB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P46003 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 25% PEG 6000, 0.1M Calcium acetate, 0.1M HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月13日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→40.46 Å / Num. obs: 13712 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.12 % / Rsym value: 0.091 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 3.05 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Num. unique all: 13712 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3KGK 解像度: 2.05→40.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 13.46 / SU ML: 0.167 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.96 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→40.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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