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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mtg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human S-adenosyl homocysteine hydrolase-like 1 protein | ||||||
要素 | Putative adenosylhomocysteinase 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / alpha/beta domain / tetramer (四量体) / catalytic domain / co-factor binding domain / NAD / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of monoatomic ion transmembrane transporter activity / epithelial fluid transport / DAG and IP3 signaling / regulation of mRNA 3'-end processing / S-adenosylmethionine cycle / PLC beta mediated events / positive regulation of sodium ion transport / : / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / regulation of cardiac conduction ...regulation of monoatomic ion transmembrane transporter activity / epithelial fluid transport / DAG and IP3 signaling / regulation of mRNA 3'-end processing / S-adenosylmethionine cycle / PLC beta mediated events / positive regulation of sodium ion transport / : / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / regulation of cardiac conduction / Role of phospholipids in phagocytosis / Ion homeostasis / protein export from nucleus / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / regulation of monoatomic anion transport / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / VEGFR2 mediated cell proliferation / Regulation of insulin secretion / angiotensin-activated signaling pathway / response to calcium ion / one-carbon metabolic process / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum membrane / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å | ||||||
データ登録者 | Wisniewska, M. / Siponen, M.I. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...Wisniewska, M. / Siponen, M.I. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Moche, M. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Schutz, P. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / van der Berg, S. / Wahlberg, E. / Weigelt, J. / Welin, M. / Schuler, H. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: Crystal structure of human S-adenosyl homocysteine hydrolase-like 1 protein 著者: Wisniewska, M. / Siponen, M.I. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, I. / ...著者: Wisniewska, M. / Siponen, M.I. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Moche, M. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Schutz, P. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / van der Berg, S. / Wahlberg, E. / Weigelt, J. / Welin, M. / Schuler, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mtg.cif.gz | 351.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mtg.ent.gz | 290.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mtg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/3mtg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/3mtg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3gvpS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49476.805 Da / 分子数: 2 / 断片: SAHH-like domain (unp residues 89:530) / 変異: T508A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AHCYL1, DCAL, Irbit, XPVKONA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) R3 pRARE / 参照: UniProt: O43865, adenosylhomocysteinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.37 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M tri-sodium citrate dehydrate, 18% PEG 3350,0.1 M CHES, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月26日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Monochromator, Si111 プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.64→46.625 Å / Num. obs: 30565 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 69.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 |
反射 シェル | 解像度: 2.64→2.78 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / Rsym value: 0.414 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3gvp 解像度: 2.64→33.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9165 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8688 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 83.62 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 1.018 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.64→33.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.64→2.73 Å / Total num. of bins used: 15
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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